|
|
Detekce variability rDNA u rostlin
Menšíková, Simona
Oblast ITS1–5,8S–ITS2 ribozomální DNA představuje jeden z nejoblíbenějších molekulárních markerů ve fylogenetice. Podrobných analýz 5,8S rDNA je však nedostatek a většina se zabývá kompletní oblastí včetně vnitřních transkribovaných mezerníků ITS. V této závěrečné práci byly sekvence 5,8S rDNA podrobeny bioinformatické analýze za účelem srovnání variability ribozomálních genů jednoděložných a vyšších dvouděložných rostlin. Analyzovaná sekvenční data oblastí ITS1–5,8S rDNA–ITS2 byla získána experimentálním přístupem z izolované DNA a vyhledáním v databázích nukleových kyselin. Variabilita byla hodnocena celkem u 114 sekvencí pro každou skupinu. Na základě mnohačetného přiřazení sekvencí proběhla identifikace konzervovaných oblastí a kvantifikace genových mutací. Vyšší heterogenita byla detekována u sekvencí 5,8S rDNA skupiny vyšších dvouděložných rostlin, nebyl však potvrzen statisticky signifikantní rozdíl v zastoupení variabilních míst (15,2 % a 19,3 %) ani v celkovém počtu mutací. Manuální detekce pseudogenů, založená na vyhledání rostlinných konzervovaných motivů 5,8S rDNA, délce sekvencí, obsahu GC bází a in silico predikci sekundární struktury, odhalila celkem 12 potenciálně nefunkčních kopií genu 5,8S rDNA.
|
host ::
RSS.