|
|
GenExLib C/C++ knihovna, Referenční příručka
Kovář, Bohumil ; Schier, Jan ; Kuneš, Michal
Tato technická zpráva obsahuje referenční příručku pro GenExLib C++ softwarovou knihovnu pro analýzu mikroskopických snímků, pořízených metodou FISH. Účelem knhovny je poskytnout metody pro detekci buněčných jader a fluorescenčních signálů, obsažených ve snímku a pro vyhodnocení jejich tvaru a základních statistických parametrů. Referenční příručka obsahuje detailní popis instalace knihovny a popis jejího použití v uživatelově kódu.
|
|
|
GenEx Software library for object detection in genetical analysis evaluation: User manual
Schier, Jan ; Kovář, Bohumil ; Kuneš, Michal
This technical report contains user manual for the GenEx library for evaluation of FISH microscopy images. The purpose of the library is to find and filter objects in images from fluorescence microscope and to detect fluorescence signals contained in these objects. The library has been designed to be used for diagnostics of the Turner syndrome chromosome aneuploidies in chromosome X, in other words, to find the (roughly round) interphase nuclei and to count the associated hybridization signals. It is characterized by the following features: - separate processing channels for DAPI and for the fluorescence signals. - no restrictions on the number of the signal channels - output in the form of a CSV-file.
|
|
|
Použití Matlabu pro kvantitativní analýzu růstu kvasinek
Schier, Jan ; Kovář, Bohumil
Kvantitativní analýza růstu se používá v mikrobiologii, genetice a medicínském výzkumu pro určení vlivu testované látky na růst kolonií určitého organismu (v našem článku se zabýváme koloniemi kvasinek). Jako příklady testované látky lze uvést antibiotika, mutageny, nebo léčiva. Pro vyhodnocení experimentu jsou kolonie, naočkované na Petriho misky, snímány digitální kamerou v temné komoře. Pro každý snímek je poté třeba určit pro následné statistické vyhodnocení relativní plochu porostu a celkový počet kolonií. V současné laboratorní praxi jsou tyto parametry často získávány ručním počítáním, což je proces s omezenou přesností a vysokou chybovostí. Rovněž, s ohledem na časovou náročnost ručního počítání, je omezené množství snímků, které lze rozumně zpracovat. V našem článku popisujeme nástroj pro poloautomatické počítání snímků misek, vytvořený v programovacím jazyku Matlab.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.