|
|
Regulation of gene expression and biological properties of cells: the potential of Mediator complex subunit 28
Kostrouchová, Markéta ; Mandys, Václav (vedoucí práce) ; Rudolf, Emil (oponent) ; Bouchal, Jan (oponent)
V modelovém systému C. elegans bylo zjišťováno zda ortolog Mediátorové podjednotky MED28 je součástí genomu hlístic a zda je jeho duální lokalizace a funkce zachována také u těchto organismů s cílem dále charakterizovat jeho regulační potenciál. Práce prokázala, že protein původně označený v bioinformatických databázích jako ortolog MED28, v nomenklatuře C. elegans MDT-28, je ve skutečnosti jediný ortolog savčího proteinu perilipinu. Dále bylo zjištěno, že skutečný ortolog MED28 u hlístic je identický s dříve necharakterizovaným hypotetickým proteinem F28F8.5, který byl na základě této práce překlasifikován jako skutečný MDT-28. Bylo prokázáno, že F28F8.5 (MDT-28) je nezbytný pro četné vývojové a růstové procesy a má, podobně jako savčí MED28, duální jadernou a cytoplasmatickou lokalizaci. MDT-28 byl pomocí bioinformatických nástrojů identifikován jako cíl pro acetylaci lysinů, což bylo prokázáno i experimentálně. Valproová kyselina, která je známým inhibitorem deacetyláz histonů, zvyšovala úroveň acetylace MDT-28 a snižovala jadernou lokalizaci MDT-28, což ukazuje, že jaderná lokalizace MDT-28 je regulovatelná. Získané výsledky naznačují, že ortology MED28 mají evolučně zachovalý potenciál integrovat regulační signály z cytoplasmatických strukturních proteinů s regulací genové exprese na úrovni...
|
|
|
Změny proteomu maligních buněk navozené krátkodobým působením valproové kyseliny
Kostrouchová, Markéta ; Mandys, Václav (vedoucí práce)
Nádory jsou klonální onemocnění mnohobuněčných organismů, které vznikají akumulací genetických mutací a postupnou indukcí epigenetických jevů jež mají za následek transkripční útlum tumor supresorových genů a naopak aktivací exprese tumor propagujících genů. Toto umožňuje nádorovým buňkám, v kombinaci se změněnou odpovědí hostitelského organismu, aby překonaly regulační kaskády, které řídí správnou kooperaci buněk v mnohobuněčném organismu. Epigenetická regulace se uskutečňuje na úrovni DNA metylací CpG ostrůvků a na úrovni post-translační modifikace chromatinových proteinů, histonů na prvním místě. Post-translační modifikace histonů zahrnuje fosforylaci, acetylaci, metylaci, biotinylaci, poly(ADP ribosylaci), ubiqvitinaci a sumoylaci. Histonová acetylace je spojena s transkripční aktivací neboli "otevřeností" chromatinu k regulaci transkripčními faktory. Histony jsou acetylované histon acetyltransferásami (HATs, histone acetyltransferases). Histonová acetylace je dynamický proces, který je zvrátitelný histon deacetylásami (HDACs, histone deacetylases), což jsou enzymy odstraňující acetylový zbytek z acetylovaných histonů. Snížená genová exprese navozená nízkou acetylací histonů je součástí nádorově specifického transkripčního profilu, který je charakterizován utlumenou expresí nebo kompletní eliminací...
|
host ::
RSS.