|
|
Analýza vzniku střevních nádorů iniciovaných onkogenem BRAF V600E
Herrmannová, Terezie ; Hrčkulák, Dušan (vedoucí práce) ; Vomastek, Tomáš (oponent)
Kolorektální karcinom představuje celosvětově jedno z nejčastěji diagnostikovaných nádorových onemocnění a je příčinou více než devíti procent úmrtí v důsledku neoplázie. Jednou z možností vzniku kolorektálního karcinomu je tzv. serátní cesta, pro kterou je charakteristická přítomnost onkogenní mutace BRAF V600E. Nádory vznikající touto cestou nereagují na klasickou terapii, a proto jsou v současné době studovány na molekulární úrovni. Onkogenní varianta kinázy BRAF aktivuje MAPK signalizaci a je považována za hlavní příčinu vzniku střevního nádoru serátního typu. Samotná přítomnost tohoto onkogenu však není dostatečná pro rozvoj nádoru, který vyžaduje další změny v rámci genomu buňky. V této práci se snažíme objasnit, jaký má mutace BRAF V600E efekt na buňky střevního epitelu. Vedle toho se pokoušíme identifikovat možnou kooperaci mezi mutací genu BRAF a narušením signalizací p53 a Wnt, jejichž komponenty jsou v kolorektálním karcinomu rovněž často mutovány. Jako model pro studium procesů spojených s aktivací BRAF V600E využíváme myší kmen s regulovatelnou expresí mutované varianty genu Braf. Z těchto myší izolujeme střevní organoidy a následně provádíme in vitro analýzy. Ke splnění vytyčených cílů využíváme především biochemickou a proliferační analýzu a genom organoidů modifikujeme pomocí...
|
|
|
The role of TCF4 transcription factor in intestinal epithelial stem cells and tumors
Hrčkulák, Dušan ; Kořínek, Vladimír (vedoucí práce) ; Machoň, Ondřej (oponent) ; Macůrková, Marie (oponent)
Shrnutí Tcf4 je nejstudovanějším členem konzervované rodiny transkripčních faktorů Tcf/Lef po více než 20 posledních let. Tento transkripční faktor je nejdůležitějším efektorem kanonické signalizace proteinů Wnt ve střevním epitelu a to ve spolupráci s aktivátorem transkripce β- cateninem. Správná regulace signální dráhy Wnt-β-catenin je klíčová pro homeostázi ve střevě a vznik střevních nádorů. K dnešnímu datu bylo vytvořeno již několik modelů, které umožňují měnit hladinu nebo aktivitu proteinu Tcf4 v živém organismu a studovat tak jeho funkci. Ve vzorcích zdravé i nádorové tkáně byly provedeny expresní a sekvenační studie genu, který kóduje tento protein, s cílem odhalit funkci TCF4 v rozvoji lidských kolorektálních karcinomů. Analýzy získaných dat se lišily v pohledu na schopnost Tcf4 aktivovat či tlumit expresi cílových genů a podporovat či potlačovat průběh buněčného cyklu. V této studii jsme analyzovali veřejně přístupná data exprese TCF4 a jeho paralogů v lidských tkáních a nádorech. Zároveň jsme zkoumali funkci proteinu Tcf4 v myší tkáni za pomoci nově vytvořeného myšího modelu. V myších z tohoto nového kmene, které nesly alelu Tcf4flox5 , jsme mohli cíleně a regulovaně vyřadit produkci Tcf4 z obou zjištěných promotorů kódujících známé izoformy tohoto genu. Eliminace Tcf4 v buňkách střevního...
|
|
|
Function and regulation of ETV4 and MSX1 transcription factors in colon cancer progression
Hrčkulák, Dušan ; Kříž, Vítězslav (vedoucí práce) ; Libusová, Lenka (oponent)
Rakovina tlustého střeva je jedním z nejčastěji diagnostikovaných nádorových onemocnění moderního světa a způsobí přibližně sedm procent všech úmrtí spojených s nádorovým bujením. Vzhledem k nízké účinnosti tradiční léčby je nutné se intenzivně zabývat molekulárními mechanismy vzniku tohoto onemocnění. Kanonická signální dráha ligandů Wnt je za fyziologických podmínek zásadní pro obnovu střevního epitelu, ale její přílišná aktivace vede ke vzniku nádorů. Přestože je tato signální dráha předmětem podrobného studia, její vliv a následný přenos signálu není ještě dokonale objasněn. Jako model pro výzkum nádorového bujení způsobeného nefyziologickou signalizací ligandů Wnt používáme myší kmen nesoucí mutovanou verzi proteinu APC, který v této signalizaci působí jako nádorový supresor. Předběžná expresní analýza nádorových buněk ze střeva zmiňované myši odhalila významné zvýšení exprese u dvou transkripčních faktorů: ETV4 a MSX1. V tomto projektu se snažíme potvrdit, že jsou tyto proteiny závislé na kanonické signalizaci ligandů Wnt a důležité pro rozvoj rakoviny tlustého střeva. Zkoumáme jejich regulaci a funkci pomocí luciferázových reportérů, qRT-PCR, imunohistochemie, in situ hybridizace, knockdown a knockout experimentů. Funkční studie provádíme také na buněčných liniích odvozených od kolorektálních...
|
|
|
Strukturní základy buněčné invasivity
Hrčkulák, Dušan ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Hájková, Zuzana (oponent)
Individuální buněčná invasivita může být améboidního a mezenchymálního typu. Mezenchymální invasivita je závislá především na formování adhezivních struktur, jako jsou podosomy, invadopodia a fokální adheze, na které je zejména zaměřena tato práce. Fokální adheze jsou velmi komplexní a na jejich tvorbě a regulaci se podílí množství proteinů. Jejich základem jsou integriny, které extracelulárně zprostředkovávají vazbu na extracelulární matrix. Intracelulární doména integrinů interaguje přes plakové proteiny talin a vinculin s aktinovým cytoskeletem. Tvorba fokálních adhezí je závislá na mechanickém tahu, který vytváří cytoskelet, a jejich stabilita je regulována také pomocí signál přenášejících protein tyrozinkináz FAK a Pyk2. Tyto proteinkinázy jsou lokalizovány do fokálních adhezí díky interakci s paxillinem a do tamních proteinových komplexů jsou sdružovány pomocí adaptérových proteinů, například p130Cas. Lokalizace proteinů do fokálních adhezí, jejich aktivita a vzájemné specifické interakce jsou závislé na 3D struktuře těchto proteinů. Tato práce shrnuje některé známé 3D struktury vybraných proteinů, jejich interakční potenciál a vliv na fokální adheze. Její součástí je také souhrn všech známých struktur šesti zmiňovaných proteinů.
|
host ::
RSS.