|
|
Objasňování příčin neurogenetických onemocnění analýzou dat z MPS pomocí moderních algoritmů
Staněk, David ; Laššuthová, Petra (vedoucí práce) ; Halbhuber, Zbyněk (oponent) ; Kemlink, David (oponent)
7 Souhrn V rámci disertační práce "Objasňování příčin neurogenetických onemocnění ana- lýzou dat z MPS pomocí moderních algoritmů" jsme zpracovávali MPS data sek- venovaná pomocí panelu genů, celoexomového (WES) a celogenomového (WGS) sekvenování. Sekvenování panelem genů Při sekvenování pomocí panelu genů jsme využívali na našem pracovišti navržený panel genů, které jsou asociovány s onemocněním. Obecnou podmínkou pro zařazení genu do panelu jsou minimálně dvě nezávislé publikace asociující gen s onemocněním a nebo alespoň jedna publikace popisu- jící kauzální varianty v genu ve dvou nebo více nepříbuzných pacientech. Těmto kritériím v případě panelu pro epileptickou encefalopatii (EE) vyhovovalo t.č. 112 genů. Sekvenování pomocí panelu genů bylo provedeno u 257 pacientů s epileptickou encefalopatií. Patogenní či pravděpodobně patogenní variantu jsme nalezli u 28 % případů (72 z 257 pacientů). U patogenních a pravděpodobně patogenních 76 variant jsme provedli další ana- lýzu variant - rozdělili jsme varianty dle genů do skupin dle dědičnosti a dle původu varianty na de novo, zděděné a s neznámým původem. Ze 112 genů v panelu jsme nalezli patogenní nebo pravděpodobně patogenní variantu ve 33 genech, z nich se nejčastěji jednalo o geny s autozomálně dominantní dědičností (50 variant ve 22 genech). Dle...
|
|
|
Molekulárně genetické profilování nádorů urogenitálního traktu
Martínek, Petr ; Hes, Ondřej (vedoucí práce) ; Šíma, Radek (oponent) ; Daniš, Dušan (oponent) ; Halbhuber, Zbyněk (oponent)
Dizertační práce je komentovaným souborem jedenácti článků publikovaných v impaktovaných časopisech vztahujících se k tématu molekulárně genetického profilování nádorů urogenitálního traktu. V úvodu je rozebírána historie vzniku a vývoje klasifikačních jednotek a stručný přehled aktuálních molekulárně genetických profilů vybraných typů nádorů ledvin. Jsou popsány hlavní signální dráhy využívané v cílené léčbě renálních karcinomů a princip účinku korespondujících preparátů. Dále jsou zmíněny směry, kterými se ubírá dnešní výzkum nových biomarkerů, a úvod je zakončen stručným přehledem molekulárně-genetických metod používaných v klasifikaci renálních karcinomů. Ve výsledcích jsou shrnuty hlavní morfologické, imunohistochemické a molekulárně-genetické nálezy studovaných skupin renálních karcinomů. Výsledky jsou porovnány se stávajícími charakteristikami známých nádorových jednotek a z případných nalezených nesrovnalostí jsou vyvozeny závěry o možných nových entitách nebo příbuznosti zkoumaných nádorů. V závěru jsou zhodnoceny vhodnost a omezení použitých molekulárně- genetických metod v kontextu úskalí, která sebou přináší zkoumaný materiál a záměry popisovaných studií.
|
|
|
Molekulárně genetické profilování nádorů urogenitálního traktu
Martínek, Petr ; Hes, Ondřej (vedoucí práce) ; Šíma, Radek (oponent) ; Daniš, Dušan (oponent) ; Halbhuber, Zbyněk (oponent)
Dizertační práce je komentovaným souborem jedenácti článků publikovaných v impaktovaných časopisech vztahujících se k tématu molekulárně genetického profilování nádorů urogenitálního traktu. V úvodu je rozebírána historie vzniku a vývoje klasifikačních jednotek a stručný přehled aktuálních molekulárně genetických profilů vybraných typů nádorů ledvin. Jsou popsány hlavní signální dráhy využívané v cílené léčbě renálních karcinomů a princip účinku korespondujících preparátů. Dále jsou zmíněny směry, kterými se ubírá dnešní výzkum nových biomarkerů, a úvod je zakončen stručným přehledem molekulárně-genetických metod používaných v klasifikaci renálních karcinomů. Ve výsledcích jsou shrnuty hlavní morfologické, imunohistochemické a molekulárně-genetické nálezy studovaných skupin renálních karcinomů. Výsledky jsou porovnány se stávajícími charakteristikami známých nádorových jednotek a z případných nalezených nesrovnalostí jsou vyvozeny závěry o možných nových entitách nebo příbuznosti zkoumaných nádorů. V závěru jsou zhodnoceny vhodnost a omezení použitých molekulárně- genetických metod v kontextu úskalí, která sebou přináší zkoumaný materiál a záměry popisovaných studií.
|
|
|
Genetické změny adnexálních nádorů kůže
Grossmann, Petr ; Kazakov, Dmitry (vedoucí práce) ; Daniš, Dušan (oponent) ; Halbhuber, Zbyněk (oponent) ; Feit, Josef (oponent)
1. Gen CYLD 1.6. Závěr Celkově náš tým objevil dohromady 19 nových germinálních mutací (22% všech známých), přičemž se autor podílel na objevu 7. Zvláště zajímavým nálezem byl objev nové intronové mutace genu CYLD a charakterizace molekulárních procesů vedoucích k inaktivaci tohoto genu. Autor dále potvrdil přítomnost LOH jako nejčastějšího druhého inaktivačního zásahu. Zároveň nalezl skupinu pacientů s fenotypem BSS/MFT, kteří nenesou mutaci genu CYLD, což by mohlo naznačovat i možnou přítomnost jiného mutovaného genu v patogenezi BSS/MFT. V neposlední řadě pak byla provedena genotypově-fenotypová korelační analýza s negativním výsledkem. 2. MMR ("mismatch repair") geny hMLH1, hMSH2, hMSH6 2.8 Závěr V této studii pacienta s fenotypickými projevy MTS syndromu byly analyzovány MMR geny způsobující tento syndrom na potenciální přítomnost kauzální mutace. U pacientů s MTS je drtivá většina mutací nalézána v genech MSH2 a MLH1. Gen MSH6 je alterován velmi vzácně. Dosud byly popsány pouze 3 případy. V této práci byla u 3 pacientů z jedné rodiny nalezena kauzální germinální mutace v genu MSH6, čímž se podařilo významně rozšířit skupinu pacientů se syndromem MTS nesoucí alteraci tohoto genu. 3. Gen PRKAR1A 3.6 Závěr V této práci byl studován pacient s Carneyho komplexem za jehož vznikem, minimálně v 70% případů,...
|
|
| |
host ::
RSS.