|
|
Simulace polymerů pomocí brownovské dynamiky
Hájková, Alexandra ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Posel, Zbyšek (oponent)
Název práce: Simulace polymerů pomocí brownovské dynamiky Autor: Alexandra Hájková Vedoucí diplomové práce: RNDr. Filip Uhlík, Ph.D. Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Abstrakt: Tato práce se zabývá simulacemi makromolekul pomocí brownovské dynamiky se zahrnutím hydrodynamických interakcí. Pro aproximaci hydrodynamických interakci v ta- kovýchto simulacích se obvykle používá Rotne-Prager-Yamakavowa (RPY) tenzoru. Při po- užití Choleského rozkladu RPY tenzoru je časová náročnost jednoho kroku simulace úměrná O(N3), což činí takové simulace velice výpočetně náročnými. Tato práce nabízí nový způsob aproximace hydrodynamických interakcí pomocí toeplitzovské matice jíž lze rozložit v čase úměrném O(N2) a tím značně urychlit simulaci. V této práci je nová metoda implementová- na, důsledně otestována oproti referenční RPY aproximaci a aplikována na lineární, cyklické a hvězdicové makromolekuly. Klíčová slova: brownovská dynamika, makromolekuly, hydrodynamické interakce, Rotne- Prager-Yamakavův tenzor, toeplitzovská matice, Choleského rozklad 1
|
host ::
RSS.