|
|
Structural dynamics of the light-sensitive transcription factor EL222
Chaudhari, Aditya ; Fuertes Vives, Gustavo (vedoucí práce) ; Sedlák, Erik (oponent) ; Möglich, Andreas (oponent)
(CZ) Absorpce modrého světla proteiny obsahujícími LOV doménu (z anglického light-oxygen-voltage) spouští fyziologické reakce. Jeden z proteinů obsahujících tuto doménu, bakteriální transkripční faktor EL222, je zde použit jako modelový systém pro studium světlem vyvolaných strukturních a dynamických změn. EL222 reguluje expresi genů závislou na světle a je využíván v optogenetických aplikacích. EL222 se skládá ze dvou domén: světlo-citlivé LOV domény a DNA vazebné domény helix-loop-helix. V nepřítomnosti světla jsou tyto domény ve vzájemné blízkosti, což brání vázání DNA. Avšak po vystavení světlu vzniká kovalentní vazba mezi flavin mononukleotidem (FMN) a blízkým cysteinem, což spouští konformační změny umožňující vázání DNA. Cílem této studie je odhalit neznámý molekulární mechanismus, který řídí přechod mezi oběma stavy. K dosažení tohoto cíle jsme využili kombinaci technik časově rozlišené spektroskopie, pokročilých metod kinetické analýzy a začlenění nekanonických aminokyselin (ncAA). Ty v tomto případě slouží jako infračervené sondy mikroprostředí použité pro porozumění změn vyvolaných osvětlením. Vnitřní elektronické a vibrační změny FMN ve vodném roztoku byly studovány pomocí femtosekundové stimulované Ramanovy spektroskopie (FSRS). Po excitaci byla pozorována řada ultra-rychlých přechodů,...
|
|
|
Studying protein interactions with expanded genetic code
Tekel, Andrej ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Fuertes Vives, Gustavo (oponent)
Příroda, používající proteiny tvořené nejčastěji repertoárem 20 aminokyselin, je schopna velkého množství obdivuhodných věcí, z nichž mnoho stále neumíme napodobit. Avšak je třeba podotknout, že množina chemických koster dostupných přírodě je limitována. Proto je rozumné předpokládat, že bychom mohli udělat věci lepšími, začneme-li využí- vat i chemické kostry dosud přírodou nevyužívané. Přesně na této ideji stojí koncept rozšířeného genetického kódu, osvobození od limitací standardního genetického kódu. Tato práce si klade za cíl shrnout různé postupy v této problematice, a to hlavně v kon- textu proteinových interakcí. Pokusím se zvýraznit metody, kterými umíme rozšiřovat genetický kód v současné době, specifické chemické a fyzikální vlastnosti nekanonických aminokyselin a biofyzikální metody, které z takových aminokyselin mohou profitovat. Klíčová slova: rozšířený genetický kód, nekanonická aminokyselina, amber kodon, fluo- rescence, magnetická rezonance, síťování, klik chemie
|
host ::
RSS.