|
|
Computational Methods for Annotation Analysis of Genetic Variations
Fülöp, Tibor ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Analysis and interpretation of DNA variations is very crucial for research trying to solve genetic background of heritability, diseases and other traits. This thesis briefly introduces the field of molecular biology and basic principles of genetics, discusses genetic variation annotation methods, genome-wide association studies and enrichment analysis methods with their implementation algorithms. As a part of this thesis, we introduce a novel web tool called Varanto that can be used to annotate, visualize and analyse genetic variations. It can be used to perform hypergeometric test based annotation enrichment analysis for a set of genetic variations. Varanto includes a web based user interface developed using Shiny web application framework for R. Varanto's performance and functionality is tested and showcased by performance benchmarks and by analysing and interpreting data from previously published genome-wide association studies.
|
|
|
Mikroskopická dopravní simulace s GUI
Fülöp, Tibor ; Petrlík, Jiří (oponent) ; Korček, Pavol (vedoucí práce)
V současnosti se silniční doprava výrazně rozvíjí a narůstá počet vozidel na komunikacích. Cílem práce je navrhnout mikroskopický simulátor silniční dopravy s grafi ckým uživatelským prostředím, se kterým bude možné experimentovat. Simulátor umožňuje pomocí uživatelského rozhraní konstrukci silniční topologie s cestami s více pruhy a křižovatkami. Podporuje neoznačené křižovatky, křižovatky s hlavní cestou a semafory. Během simulace silničního provozu generuje a grafi cky zobrazuje makroskopické data. Je založen na celulární automatu, model se inspiruje Nagel-Schreckenbergovým dopravním modelem. V práci se nacházejí výsledky simulací základních dopravních situací.
|
|
|
Mikroskopická dopravní simulace s GUI
Fülöp, Tibor ; Petrlík, Jiří (oponent) ; Korček, Pavol (vedoucí práce)
V současnosti se silniční doprava výrazně rozvíjí a narůstá počet vozidel na komunikacích. Cílem práce je navrhnout mikroskopický simulátor silniční dopravy s grafi ckým uživatelským prostředím, se kterým bude možné experimentovat. Simulátor umožňuje pomocí uživatelského rozhraní konstrukci silniční topologie s cestami s více pruhy a křižovatkami. Podporuje neoznačené křižovatky, křižovatky s hlavní cestou a semafory. Během simulace silničního provozu generuje a grafi cky zobrazuje makroskopické data. Je založen na celulární automatu, model se inspiruje Nagel-Schreckenbergovým dopravním modelem. V práci se nacházejí výsledky simulací základních dopravních situací.
|
|
|
Computational Methods for Annotation Analysis of Genetic Variations
Fülöp, Tibor ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Analysis and interpretation of DNA variations is very crucial for research trying to solve genetic background of heritability, diseases and other traits. This thesis briefly introduces the field of molecular biology and basic principles of genetics, discusses genetic variation annotation methods, genome-wide association studies and enrichment analysis methods with their implementation algorithms. As a part of this thesis, we introduce a novel web tool called Varanto that can be used to annotate, visualize and analyse genetic variations. It can be used to perform hypergeometric test based annotation enrichment analysis for a set of genetic variations. Varanto includes a web based user interface developed using Shiny web application framework for R. Varanto's performance and functionality is tested and showcased by performance benchmarks and by analysing and interpreting data from previously published genome-wide association studies.
|
host ::
RSS.