|
|
The effect of 6S-like RNAs on physiological differentiation of Streptomyces coelicolor
Burýšková, Barbora ; Bobek, Jan (vedoucí práce) ; Branny, Pavel (oponent)
Rozmanitost bakterií a jejich genomů může zapříčinit konzervaci funkčních molekulárních motivů na úrovni strukturní místo konzervace na úrovni sekvencí. V případě regulační 6S RNA byly nalezeny sekvenční homology u více než sta bakteriálních druhů. U bakterií rodu Strepomyces však nebyl nalezen žádný. Jedinečný genom těchto bakterií, důležitých pro svou schopnost produkce antibiotik, má vysoký obsah G-C párů bází a je představitelem unikátních genomů fylogeneticky staré větve Aktinobakterií. Funkce nekódující 6S RNA je dána její sekundární strukturou. 6S RNA svou strukturou napodobují cílové promotorové sekvence a vychytávají tak sigma faktory, které jsou součástí transkripčního aparátu. Tímto napomáhají přepínání souborů exprimovaných genů během vývojových přechodů. Pomocí porovnání in silico predikovaných sekundárních struktur známých 6S RNA byl vytvořen počítačový model, který predikoval 6S-like RNA u Streptomycet. Cílem této práce bylo ověřit expresi těchto 6S-like RNA predikovaných u Streptomyces coelicolor pomocí RT-PCR a RNA koimunoprecipitace (RNA CoIP). Výsledkem této práce je detekce šesti nových ncRNA transkriptů, které by mohly být homology 6S RNA u Streptomycet. Tato zjištění rovněz potvrdila in silico predikční metodu, kterou byly nalezeny nekóducíjí bakteriální RNA na základě...
|
|
|
The effect of 6S-like RNAs on physiological differentiation of Streptomyces coelicolor
Burýšková, Barbora ; Bobek, Jan (vedoucí práce) ; Branny, Pavel (oponent)
Rozmanitost bakterií a jejich genomů může zapříčinit konzervaci funkčních molekulárních motivů na úrovni strukturní místo konzervace na úrovni sekvencí. V případě regulační 6S RNA byly nalezeny sekvenční homology u více než sta bakteriálních druhů. U bakterií rodu Strepomyces však nebyl nalezen žádný. Jedinečný genom těchto bakterií, důležitých pro svou schopnost produkce antibiotik, má vysoký obsah G-C párů bází a je představitelem unikátních genomů fylogeneticky staré větve Aktinobakterií. Funkce nekódující 6S RNA je dána její sekundární strukturou. 6S RNA svou strukturou napodobují cílové promotorové sekvence a vychytávají tak sigma faktory, které jsou součástí transkripčního aparátu. Tímto napomáhají přepínání souborů exprimovaných genů během vývojových přechodů. Pomocí porovnání in silico predikovaných sekundárních struktur známých 6S RNA byl vytvořen počítačový model, který predikoval 6S-like RNA u Streptomycet. Cílem této práce bylo ověřit expresi těchto 6S-like RNA predikovaných u Streptomyces coelicolor pomocí RT-PCR a RNA koimunoprecipitace (RNA CoIP). Výsledkem této práce je detekce šesti nových ncRNA transkriptů, které by mohly být homology 6S RNA u Streptomycet. Tato zjištění rovněz potvrdila in silico predikční metodu, kterou byly nalezeny nekóducíjí bakteriální RNA na základě...
|
|
|
Využití křemičitých struktur rozsivek a chrysomonád v nanotechnologiích
Burýšková, Barbora ; Němcová, Yvonne (vedoucí práce) ; Urbánková, Pavla (oponent)
Rozsivky a chrysomonády (chrysofyta) jsou jednobuněčné organismy se schopností biomineralizace dovedené k dokonalosti. Zabudováváním křemíku do svých schránek tvoří rozsivky propracované křemičité 3D struktury nesoucí hierarchicky uspořádané póry různé velikosti (na úrovni mikro- a nanoměřítka). Rozsivky se v přírodě vyskytují téměř ve všech vodních a aeroterestrických prostředích. Podílejí se na globálním cyklu Si a představují významné primární producenty. Jejich schránky (frustuly) mají druhově specifickou morfologii. Frustula má unikátní optické, fotonické a mechanické vlastnosti. Na Zemi je více než 12 000 druhů rozsivek, což představuje poměrně obrovskou diverzitu tvarů křemičitých schránek, které lze využít v nanotechnologích, přesto se zatím experimentálně pracuje jen s několika málo druhy. Silifikující chrysofyta mají buňky pokryté šupinami stejného chemického složení, jako frustuly rozsivek. Využití křemičitých šupin těchto organismů v nanotechnologiích je zatím zcela na počátku. Cílem bakalářské práce je shrnout znalosti o využití rozsivek a chrysomonád ve vznikajících technologiích, a sumarizovat dosud publikované informace o využití frustul pro biosensing. Perspektivní je využití frustul pro dopravu a selektivní uvolnění terapeutických látek, což by mohlo otevřít rozsivkám široké pole...
|
host ::
RSS.