|
|
Modelling Binding of Insulin Variants toward Insulin Receptor Based on Recent Structural Breakthroughs
Černeková, Michaela ; Lepšík, Martin (vedoucí práce) ; Biedermannová, Lada (oponent)
Inzulínový receptor je dimérny signálny proteín skladajúci sa z mnoho domén. Pozostáva z mimobunkovej časti, transmembránoveho úseku a vnútrobunkovej kinázovej domény. Počas väzby inzulínu k inzulínovému receptoru dochádza ku konformačným zmenám u oboch z nich, čo spúšťa signálnu kaskádu skrz kinázovú doménu. Poruchy vo funkcii inzulínu a inzulínového receptoru spôsobujú diabetes mellitus, celosvetovo rozšírené ochorenie, ktoré môže vznikať ako následok genetických faktorov, ale aj životného štýlu a prejavuje sa zvýšenou hladinou glukózy v krvi. Bežnou formou liečby diabetes mellitus je podávanie inzulínových analógov s rôznymi molekulárnymi vlastnosťami. Interakcie medzi inzulínom a inzulínovým receptorom vo väzobnej kapse sa rozdeľujú na dve skupiny nazývané "site1" a "site2". Zatiaľ čo molekulárne detaily interakcií v site1 sú už známe, reziduá patriace k site2 sa ešte nepodarilo celkom objasniť. Je teda dôležité ozrejmiť väzobné vlastnosti inzulínu a inzulínového receptoru, najmä interakcie v site2, keďže to by mohlo prispieť k zlepšenému návrhu nových inzulínových analógov. V tejto práci sme využili nedávne prelomy v štruktúrnej biológii inzulínového receptoru, na to aby sme študovali väzobné interakcie metódami výpočtovej chémie. Takto bolo možné pozorovať nekovalentné interakcie a...
|
|
|
Noncovalent interactions of aromatic systems and their role in proteins and organocatalysis
Biedermannová, Lada ; Havlas, Zdeněk (vedoucí práce) ; Fišer, Jiří (oponent) ; Otyepka, Michal (oponent) ; Sklenář, Vladimír (oponent)
7 Závérďnéshrnutí Cílem předkládané práce bylo zkoumat interakce aromatických skupin a jejich význam v procesech chemického a biologického rozpoznáváni. Především byla s pomocí vysoce přesných kvantově chemických v'ýpočtůstudována úloha aromatických residui v hydrofobním jádře proteinu pro stabilitu jeho naivní struktury. Bylo ukízáno, žeinterakce aromatických residuí nejen s ostatnímu aromatickými a s alífatickými řetězci, ale také interakce s peptidovou části hlavního řetězce mohou poskýovat ýmamný příspěvek ke stabilizaci proteinu. Dále byly detai|ně studovány dva specifičtějšípřipady aromatických interakcí, interakce s pro|inem a interakce aromářpeptidová vazba. Kapitola o IEM se věnova|a aromatic|cým interakcím v širšímkontextu interakci všech residui v proteinu. Bylo ukfuáno' že aromatickri residua hraji klíčovouúlohu ve stabilizaci modelového proteinu Trp.cage. Dále by|o ukrázríno, že IEM muže bý použita jako spolehlivá metoda pro identifikaci těchto kličových residuí. Bylo testováno několik výpočetníchmetod, a z výsledků vyplyvá' žemetoda IEM' použitá společně se silorrým polem parm94 a GB modelem rozpouštědla' poskytuje uspokojivé výsledky pfi zanedbatelném výpočetnim časei pro velké proteiny, cožčini tuto metodu užitečnýmnástrojem pro analýzu struktury proteinů s mnoha mohými aplikacemi. Pos|edni...
|
host ::
RSS.