|
|
Fyzické mapování vazebně neidentifikovaných oblastí pomocí BAC klonů u Xenopus tropicalis
Špirhanzlová, Petra ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent)
Xenopus leavis, který byl ve 20.století oblíbeným modelovým organismem je v současné době nahrazován diploidním druhem Xenopus tropicalis, který má nejenkratší generační dobu, ale i menší genom. Jedním z nedostatků Xenopus tropicalis je absence úplné vazebné a fyzické mapy. Podle JGI genomové databáze (assembly 4.1) se nachází na krátkém raménku chromozómu 2 a 7 nemapované oblasti, do kterých byly v novější verzi (assembly 7.1) přiřazena řada BAC klonů s osekvenovaným jedním nebo oběma konci. Vyvstává ovšem otázka, zda tyto 100 bp dlouhé sekvence stačí k unikátnímu zařazení BAC klonu do genomu Xenopus tropicalis. S cílem ověření správnosti zařazení těchto BAC klonů v JGI databázi byly vybrány BAC klony, které se podle databáze nachází na krátkém raménku chromozómu 2. Pomocí fluorescenční in situ hybridizace byly tyto BAC klony lokalizovány na metafázních chromozómech. Vybrané BAC klony vykazovaly signál na krátkém raménku chromozómu 1, místo na krátkém raménku chromozómu 2 a ve většině případech byly opačně orientované, což ukazuje na to, že koncová sekvence 100 pb je pravděpodobně nedostatečná k unikátní identifikaci BAC klonu do chromozómu.V rámci této práce byl zaveden funkční protokol pro izolaci a značení BAC DNA
|
|
|
Fyzické mapování vazebně neidentifikovaných oblastí pomocí BAC klonů u Xenopus tropicalis
Špirhanzlová, Petra ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent)
Xenopus leavis, který byl ve 20.století oblíbeným modelovým organismem je v současné době nahrazován diploidním druhem Xenopus tropicalis, který má nejenkratší generační dobu, ale i menší genom. Jedním z nedostatků Xenopus tropicalis je absence úplné vazebné a fyzické mapy. Podle JGI genomové databáze (assembly 4.1) se nachází na krátkém raménku chromozómu 2 a 7 nemapované oblasti, do kterých byly v novější verzi (assembly 7.1) přiřazena řada BAC klonů s osekvenovaným jedním nebo oběma konci. Vyvstává ovšem otázka, zda tyto 100 bp dlouhé sekvence stačí k unikátnímu zařazení BAC klonu do genomu Xenopus tropicalis. S cílem ověření správnosti zařazení těchto BAC klonů v JGI databázi byly vybrány BAC klony, které se podle databáze nachází na krátkém raménku chromozómu 2. Pomocí fluorescenční in situ hybridizace byly tyto BAC klony lokalizovány na metafázních chromozómech. Vybrané BAC klony vykazovaly signál na krátkém raménku chromozómu 1, místo na krátkém raménku chromozómu 2 a ve většině případech byly opačně orientované, což ukazuje na to, že koncová sekvence 100 pb je pravděpodobně nedostatečná k unikátní identifikaci BAC klonu do chromozómu.V rámci této práce byl zaveden funkční protokol pro izolaci a značení BAC DNA
|
|
|
Molekulární podstata zárodečné plazmy u obojživelníků
Špirhanzlová, Petra ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Nedvídek, Josef (oponent)
1. Abstrakt Zárodečná plazma rodu Xenopus vzniká v previtellogenních oocytech v rámci oblasti bohaté na mitochondrie, která se nazývá mitochondriální oblak (mitochondrial cloud). Po vzniku je zárodečná plazma lokalizovaná v rámci celého vegetálního kortexu ve formě malých ostrůvků. Po oplození se formuje do velkých částic spočívajících na vegetálním pólu embrya a následně je distribuována mezi blastomery přímo obklopující vegetální pól. Zárodečná plazma se skládá z velkého množství germinálních granulí, mitochondrií, ribozomů a RNA. Je dokázáno, že některé RNA v ní obsažené jsou zodpovědné za formování linie primordiálních zárodečných buněk. XDead end protein je zodpovědný za formování primordiálních zárodečných buněk a za jejich řádnou migraci a přežití. Fatvg zasahuje do správné segregace determinantů zárodečných buněk a předpokládá se, že odstranění Fatvg z embryí má za následek inhibici kortikální rotace a transportu organel. Xdazl je nutný pro ranou diferenciaci PGC a je nepřímo požadován pro migraci PGC přes entoderm. Některé proteiny zárodečné plazmy, například Fatvg a Xcat-2 se uplatňují mimo jiné v určování dorzo-ventrální osy.
|
host ::
RSS.