|
|
Vztah elektrofyziologické aktivity a dynamické funkční konektivity rozsáhlých mozkových sítí ve fMRI datech
Lamoš, Martin ; Hlinka, Jaroslav (oponent) ; Kremláček, Jan (oponent) ; Jan, Jiří (vedoucí práce)
Funkční mozková konektivita odráží určitý stav mozku. Vrůstající zájem o studium dynamiky funkční konektivity mezi jednotlivými rozsáhlými mozkovými sítěmi je doprovázen snahou nalézt její elektrofyziologické koreláty. Část takové neurální aktivity však může zůstat nerozpoznána, protože se během analýzy EEG dat velmi často používá různých omezení v prostorové a spektrální doméně. Zde představený přístup slepě odhaluje multimodální EEG spektrální vzorce, které se vztahují k dynamice BOLD funkční konektivity sítí. Slepá dekompozice EEG spektrogramu pomocí paralelní faktorové analýzy byla představena jako užitečný nástroj k odhalení vzorů neurální aktivity, kde každý vzor obsahuje tři signatury (prostorovou, časovou a spektrální). Na rozdíl od standardních přístupů, kdy dochází k průměrování signálů z jednotlivých elektrod, vybírají se pouze podskupiny elektrod, či se využívá standardních frekvenčních pásem, tato slepá dekompozice bere v potaz kompletní trilineární strukturu EEG dat. Simultánně měřená BOLD fMRI data jsou odděleně od EEG rozložena pomocí analýzy nezávislých komponent. Na časových průbězích komponent je odhadována dynamická funkční konektivita pomocí výpočtu korelačního koeficientu v plovoucím okně. Funkční konektivita síťových stavů je následně odvozena na základě hodnot těchto korelačních koeficientů. Použitím ANOVA testů jsou na závěr nalezeny tři EEG spektrální vzory vztahující se k dynamice funkční konektivity síťových stavů. Předchozí výzkum odhalil vztah mezi fluktuacemi EEG spektrálních vzorů a hemodynamikou rozsáhlých mozkových sítí. Tato práce ukazuje, že zmíněný vztah lze nalézt také na úrovni dynamiky funkční konektivity mezi jednotlivými rozsáhlými mozkovými sítěmi, kdy nejsou použita žádná standardní prostorová a spektrální omezení ve zpracování EEG dat.
|
|
|
Segmentation of blood-vessel tree in whole-body MRI data
Guricová, Karolína ; Lamoš, Martin (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
The text brie y describes the anatomy and properties of the blood-vessel system to introduce the characteristics that enable segmentation. Firstly, some of the methods for segmentation of tubular structures from 3D CT or MRI scan are described. Moreover, the approaches using the second derivatives and Hessian matrix are elaborated. To determine the 'vesselness' in the original image, the eigenvalues of Hessian matrix of each voxel of the MRI data volume are computed. Several methods to produce the segmented output image based on these eigenvalues are suggested. The segmentation is implemented in MATLAB. The segmented arterial system is visualized with VTK encoded in Python. Additionally, a GUI is designed to allow measurements within the segmented volume. The lengths of the arteries are measured as a linear approximation of their paths and the results are presented in this work. The limitations of this method
|
|
|
Zasílání servisních zpráv v prostředí Windows
Popelka, Petr ; Lamoš, Martin (oponent) ; Sekora, Jiří (vedoucí práce)
V této práci je popsán proces komunikace v síti Ethernet založený na modelu TCP/IP. Na základě tohoto modelu byla navržena a realizována aplikace klient – server, která by mohla být využita pro zasílání servisních zpráv mezi skupinami lékařů a pracovištěm OKB ve FN Brno. Práce zmiňuje současné vybavení laboratoře a způsob komunikace jednotlivých zařízení s laboratorním informačním systémem pomocí protokolu ASTM. Tato komunikace pak může být využita k rozvoji dalších funkcí navržené aplikace.
|
|
|
Soubor nástrojů pro práci s neurovědními daty
Malý, Lukáš ; Harabiš, Vratislav (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce bylo vytvořit soubor nástrojů pro práci s daty z funkční magnetické rezonance (fMRI) a elektroencefalografie (EEG) v prostředí MATLAB s využitím softwarového balíku SPM. V první části práce je popsán fyziologický původ těchto dat na úrovni neuronů, základy zobrazování pomocí magnetické rezonance, princip fMRI experimentu, předzpracování a zpracování dat z fMRI, jejich interpretace, dále je popsána funkce a princip elektroencefalografie a nakonec je popsáno simultánní snímání EEG-fMRI. Ve druhé části práce jsou popsány funkce a možnosti souboru nástrojů pro práci s neurovědními daty nazvaného Neural Data Toolbox (NDTb).
|
|
|
Projevy fyziologického šumu ve fMRI datech
Skoupý, Radim ; Mareček, Radek (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
V této bakalářské práci se zabývám projevy fyziologického šumu ve fMRI datech. Práce zahrnuje základní teorii v oblasti BOLD signálu -- jeho charakteru, zabývá se zpracováním naměřených dat, možnostmi jejich úpravy, filtracemi i tvorbě výsledných statistických parametrických map. Stěžejní částí je studium možností filtrace fyziologického šumu metodou Retroicor, která modeluje fyziologický šum na základě báze sinových a kosinových bázových funkcí.
|
|
|
Vliv délky reakčního času na amplitudu neuronální odezvy po vzácných podnětech v obraze funkční magnetické rezonance
Klimeš, Filip ; Bartoň, Marek (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
Cílem mé bakalářské práce je poskytnout základní představu o funkční magnetické rezonanci. Teoretická část se zabývá obecnými principy, metodami měření a analýzy dat fMRI. Dílčím a zároveň stěžejním cílem je navrhnout způsoby modelování délky reakčního času v rámci koncepce obecného lineárního modelu. Úkolem v praktické části bylo se seznámit s toolboxem SPM a navržené způsoby realizovat na skupinová data. Realizace probíhala ve dvou úrovních: předzpracování a analýza naměřených dat. Předzpracovaná data byla podrobena analýze jednotlivce i skupinové analýze. Důležitým bodem práce je zhodnocení výsledků obou analýz a tím i jednotlivých přístupů k modelování reakčního času a jeho vlivu na amplitudu neuronální odezvy po vzácných podnětech v obraze funkční magnetické rezonance.
|
|
|
Detekce měkkých a tvrdých exudátů ve snímcích sítnice
Válková, Hana ; Lamoš, Martin (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá automatizovanou detekcí měkkých a tvrdých exudátů ve snímcích sítnice lidského oka. Práce v úvodu popisuje problematiku diabetu v souvislosti s poškozením sítnice oka. Především je popsána diabetická retinopatie, její projevy a postup onemocnění. Další část je věnována popisu volně přístupné databáze DIARETDB1, která obsahuje mimo jiné sadu snímků s různým stupněm onemocnění, hodnocení snímků od expertů a vyhodnocovací protokol. V další části pojednává o několika metodách automatické detekce tvrdých a měkkých exudátů. Praktická část bakalářské práce je zaměřena na vytvoření metody pro detekci exudátů. Metoda sestává z předzpracování, byla realizována vybraná metoda pro adaptivní transformaci kontrastu. Dále obsahuje popis zvolené metodiky prahování, výběr příznaků na základě intenzity lézí a jejich okolí, použití klasifikátoru Ho Kashyap s následnou klasifikaci lézí v obrazech. Závěrem je provedeno zhodnocení realizované metody.
|
|
|
Nástroj pro analýzu pohybu subjektů při měření funkční magnetickou rezonancí
Šejnoha, Radim ; Lamoš, Martin (oponent) ; Gajdoš, Martin (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá analýzou pohybu subjektů při měření funkční magnetickou rezonancí (fMRI). Je zaměřena na metody detekce a odstranění pohybových artefaktů ve fMRI snímcích. Práce se věnuje metrikám, sloužícím k vyhodnocení míry pohybu měřených osob. Metriky jsou společně s korekcí pohybu implementovány ve dvou navržených programech v prostředí MATLAB. V práci je provedeno srovnání míry pohybu skupiny zdravých subjektů a skupiny pacientů trpících Parkinsonovou chorobou. Na závěr jsou navrženy limitní hodnoty jednotlivých metrik. Z těch je vyvozeno vhodné kritérium pro odstranění subjektu ze studie, z důvodu excesivního pohybu v datech.
|
|
|
Hemodynamický model v analýze efektivní mozkové konektivity pomocí fMRI
Holeček, Tomáš ; Harabiš, Vratislav (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
Modelování hemodynamické odezvy na základě změny synaptické aktivity bývá využíváno při mapování aktivních oblastí mozku nebo při analýze funkční organizace mozku pomocí funkční magnetické rezonance. Jednu z metod modelování tvoří hemodynamický model. Jeho hlavní součástí je balónový model. Hemodynamický model bývá mj. využíván při analýze aktivních oblastí pomocí obecného lineárního modelu a při analýze efektivní mozkové konektivity pomocí dynamického kauzálního modelování. Tato bakalářská práce je zaměřená na popis funkce hemodynamického modelu, jeho parametry a vliv jednotlivých parametrů na odezvu.
|
|
|
MRI image segmantation based on edge detection
Simichanidis, Michail ; Lamoš, Martin (oponent) ; Harabiš, Vratislav (vedoucí práce)
The aim of this thesis is to present the basic segmentation techniques uses in the field of medical image processing and by using a 3D viewer able to visualize 3D images, implement a segmentation module based on edges detection and evaluate the results. The proposed viewer is a 3D viewer build using matlab GUI and is able to load a volume of images representing the human head. The proposed segmentation module is based on the use of edge detectors particularly the Canny algorithm.
|
host ::
RSS.