|
|
Electrochemical Investigation of Different Boron Cluster Compounds in Water-based Electrolytes
Fojt, Lukáš ; Vespalec, Radim ; Fojta, Miroslav ; Grüner, Bohumír
Boron cluster compounds (BCC) belongs to one or the proud sing compounds which ace used for medical treatment Their use for biochemical purposes is connected with use of water-based environments. Up to now, the BCC were predominantly characterized in non-aqueous milieus Therefore, we decided to undertake electrochemical research of BCC in water-based electrolytes. We have investigated several boron clusters with structures containing different number of vertexes (from 3 to 18), The structures were modified by endo- and exo- skeletal substituents. All used BCC were electrochemically active in broad potential region. which implies their possible use as biomarkers with tunable electrochemical response.
|
|
|
Searching for Electrochemical Reduction Mechanism of Azidophenyl DNA Labels
Daňhel, Aleš ; Trošanová, Zuzana ; Balintová, Jana ; Hocek, Michal ; Fojta, Miroslav
This contribution brings new information to sporadic scientific results concerned to electrochemical reduction of aromatic azides. Selected compounds used as perspective DNA labels or their structural constituents such as, 4-azidophenyltrifluoroboronic acid, 4-azidophenyl modified deoxycytidine and next probable analogous compounds and/or products of their reduction, were voltammetrically studied and compared to each other in order to reveal a mechanism of their electrochemical reduction at mercury electrodes in aqueous media. Preliminary results obtained by cyclic voltammetry at mercury and carbon based electrodes and by mass spectrometry of the products isolated from batch electrolysis on mercury pool by preparative chromatography are discussed.
|
|
|
Voltametrická analýza nukleosidtrifosfátů a oligonukleotidů značených antrochinonem na zlatých elektrodách
Vidláková, Pavlína ; Balintová, Jana ; Havran, Luděk ; Hocek, Michal ; Fojta, Miroslav
Elektrochemická aktivita nukleových kyselin byla objevena v 50. letech 20. století a od té doby je používána ke studiu struktury a interakcí přirozených i modifikovaných molekul nukleových kyselin i syntetických oligonukleotidů. Přestože je přirozená DNA sama o sobě elektrochemicky aktivní a je možné ji studovat na různých typech elektrod, je pro řadu analytických aplikací praktické použít DNA značenou elektroaktivními molekulami (například komplexy přechodných kovů, amino- nebo nitroskupinami, antrachinonem apod.). Tyto látky podléhají redoxním reakcím a dávají takto modifikované DNA nové elektrochemické vlastnosti, které je možné využít pro studium struktury a interakcí nukleových kyselin a v oblasti DNA diagnostiky.
|
|
|
Voltammetric Behavior of 4-Aminophthalimide Label using Hanging Mercury Drop Electrode
Ferenčíková, Z. ; Daňhel, Aleš ; Riedl, Jan ; Hocek, Michal ; Fojta, Miroslav
4-aminophthalimide (API), covalently attached to nucleotide (dCTP or dATP) has recently beendesigned as a fluorescent label for the detection of DNA-protein interaction. However API is electrochemically reducible and therefore it is possible to use alternatively the API-modified nuclotides as DNA redox labels. The electrochemical behavior of labeled nucleotides and labeled DNA was studied using cyclic voltammetry and transfer stripping cyclic voltammetry at hanging mercury drop electrode. Observed CVs showed irreversible reduction signals of 4-aminophthalimide label without production of consequently oxidizable/reducible species.
|
|
|
Redox značení DNA - od jednoduché detekce DNA pomocí modifikace komplexy oxidu osmičelého k ratiometrické analýze sekvencí
Havran, Luděk ; Balintová, Jana ; Vidláková, Pavlína ; Macíčková-Cahová, Hana ; Pivoňková, Hana ; Hocek, Michal ; Fojta, Miroslav
Elektrochemické metody našly široké uplatnění jak v analýze DNA a studiu jejích interakcí s různými látkami, tak i při vývoji senzorů pro detekci hybridizace DNA. DNA je přirozeně elektroaktivní molekula, která poskytuje na různých typech pracovních elektrod řadu analyticky využitelných elektrochemických signálů. Pro některé typy analýz, zvláště pak při vývoji DNA hybridizačních senzorů, se osvědčilo užití redox aktivních značek. Jedním ze způsobů jak zavést do DNA elektroaktivní značku je její modifikace pomocí komplex oxidu osmičelého s dusíkatými ligandy (Os,L). Vznikající adukty poskytují na rtuťových i uhlíkových elektrodách elektrochemické signály v důsledku redukce/oxidace atomu osmia v molekule aduktu. Tato metoda značení DNA našla uplatnění ve vysoce citlivé analýze DNA a také v analýze nukleotidových sekvencí. Další z metod pro přípravu redox značené DNA je enzymatická inkorporace značených deoxyribonukleotid trifosfátů (dNTP) pomocí DNA polymeráz. Značené dNTP lze připravit jednoduchou cross-coupling reakcí ve vodném prostředí. V tomto příspěvku bude demonstrována aplikace různých redox aktivních značek v elektrochemické analýze DNA.
|
|
|
Magnetic Beads-Based Electrochemical Techniques for DNA-Protein Interaction Monitoring
Fojta, Miroslav ; Pivoňková, Hana ; Němcová, Kateřina ; Horáková Brázdilová, Petra ; Havran, Luděk ; Orság, Petr ; Vidláková, Pavlína ; Macíčková-Cahová, Hana ; Balintová, Jana ; Hocek, Michal
Electrochemical techniques, in connection with separation of nucleoprotein complexes at magnetic beads, are suitable for the monitoring of DNA-protein interactions. For the detection of complexes captured at the beads it is possible to utilize intrinsic electrochemical activity of the protein, intrinsic structure-selective signals of the DNA, or indicator DNA substrates tail-labeled with electroactive moieties.
|
|
| |
|
|
Utilisation of enzymatic labelling with 4-aminophtalimide and 4-hydroxybenzylideneimidazolinone fluorescent derivates for monitoring of DNA-protein interaction
Orság, Petr ; Pivoňková, Hana ; Riedl, Jan ; Hocek, Michal ; Fojta, Miroslav
The 5’-substituted deoxycytosine triphosphates with conjugated solvatochromic derivates of 4-aminophtalimide (API) and derivates of the green fluorescent protein, 4-hydroxybenzylideneimidazolinone (HBI) were synthetized and successfully tested for enzymatic incorporation using primer extension assay. Site specifically labelled oligonucleotide probes were prepared and tested for interaction with p53 and SSB proteins, displaying distinct DNA-binding properties. The incorporation of multiple fluorescent labels did not interfere with natural protein binding and protein interaction leaded in both cases the to the gradual ratiometric increase of the fluorescence intensity moreover accompanied with the changes of the fluorescence emission spectra profile. Neither effect was observed after incubation with BSA, non-DNA binding protein, confirming the specificity of the interaction. Modified nucleoside triphosphates with conjugated fluorescence labels derivates of API and HBI can be used as substrates for preparation of the specific oligonucleotide labelled probes and provide the novel tool for studying and monitoring the DNA-protein interaction.
|
|
|
Electrochemical analysis of DNA using switchable redox moieties
Fojta, Miroslav ; Daňhel, Aleš ; Horáková Brázdilová, Petra ; Plucnara, Medard ; Pivoňková, Hana ; Havran, Luděk ; Vidláková, Pavlína ; Raindlová, Veronika ; Balintová, Jana ; Macíčková-Cahová, Hana ; Hocek, Michal
Labelling of DNA with electrochemically active moieties proved to be a convenient way to the development of electrochemical techniques for the sequence-specific DNA sensing. Through combinations of various labels differing in redox potentials, independent redox coding of different DNA sequences or individual nucleobases can be attained. Applications possibilities of electrochemistry in analysis of modified DNAs are further extended by facile monitoring of chemical conversion of reactive groups on DNA during post-labelling with ultimate redox labels. In addition, controlled in situ electrochemical conversions of specific intrinsic and extrinsic DNA components can be utilized to switch their electrochemical signals and improve signal resolution.
|
|
| |
host ::
RSS.