|
|
Hledání korelátů změn tepové frekvence v fMRI datech
Jurečková, Kateřina ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Bartoň, Marek (vedoucí práce)
Tato diplomová práce pojednává o problematice hledání korelátů změn tepové frekvence v datech funkční magnetické rezonance. Nejprve je popsán princip funkční magnetické rezonance, vznik BOLD signálu, akvizice dat, jejich předzpracování a analýza. Dále je popsána variabilita tepové frekvence a její vliv na data funkční magnetické rezonance. V praktické části se práce věnuje předzpracování časových průběhů tepové frekvence do podoby využitelné k hledání korelátů mezi variabilitou tepové frekvence a daty získaných z funkční magnetické rezonance pomocí obecného lineárního modelu. Popis postupu při statistické analýze a vyhodnocení získaných výsledků (hledaných korelátů) je provedeno v závěru práce.
|
|
|
Porovnání metod efektivní a funkční konektivity ve funkční magnetické rezonanci
Gajdoš, Martin ; Schwarz, Daniel (oponent) ; Jan, Jiří (vedoucí práce)
Funkční magnetická rezonance (fMRI) je důležitá neurozobrazovací metoda, používaná ke studiu mozku. Cílem této práce je vytvořit softwarový nástroj pro porovnání dvou souměřitelných metod pro zjišťování funkční a efektivní konektivity ve fMRI datech. V této práci jsou shrnuty základní poznatky o zobrazování magnetickou rezonancí a o zobrazování pomocí fMRI. Dále se práce zabývá metodami funkční a efektivní konektivity, detailně metodami dynamického kauzálního modelování (DCM), analýzy nezávislých komponent (ICA) a Grangerova kauzálního modelování (GCM). V práci je představena praktická implementace metody DCM v toolboxu SPM a metody ICA v toolboxu GIFT. Následně se práce zabývá simulacemi pro porovnání souměřitelných metod DCM a GCM. Simulace jsou prováděny především za účelem zjištění chování modelů v závislosti na několika parametrech, čehož bylo dosaženo použitím Monte Carlo simulací. Ke konci práce je podrobně popsán návrh a realizace softwarového nástroje Connectivity_simulator, který umožňuje provést porovnání metod GCM a DCM na základě uživatelem specifikovaných vstupních parametrů simulace, a výsledky této simulace přehledně zobrazit.
|
|
|
Lokalizace skalpových EEG elektrod ve strukturálních MRI datech
Koutek, Petr ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Harabiš, Vratislav (vedoucí práce)
Cílem této práce je navržení algoritmu určeného pro lokalizování skalpových EEG elektrod v strukturálních datech MRI. Algoritmus využívá skutečnosti, že na vizualizovaném povrchu hlavy jsou viditelné elektrody. Povrch hlavy je rozdělen na menší celky, které jsou z 3D prostoru převedeny do 2D prostoru. Ve 2D prostoru jsou elektrody lokalizovány pomocí registračních technik. Vytvořený algoritmus je schopen správně detekovat až 73% EEG elektrod, za předpokladu, že má subjekt krátké vlasy. V případě dlouhých vlasů je počet správně detekovaných elektrod 49%. Pravděpodobnost falešné detekce je 22% u subjektů s krátkými vlasy a 35% u subjektů s dlouhými vlasy. Algoritmus by měl ulehčit proces lokalizování EEG elektrod při vyšetřeních kombinující zobrazovací modality typu EEG a MRI.
|
|
|
Nástroj pro automatické hodnocení kvality EEG dat
Meloun, Jan ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem nástroje pro automatické hodnocení kvality EEG dat. V teoretické části práce se nachází teoretický základ z oblasti anatomie centrální nervové soustavy a mozku, následuje popis vzniku a šíření akčního potenciálu nervovou soustavou. Dále se teoretická část práce věnuje elektroencefalografii (EEG) a popisem EEG záznamu včetně typických artefaktů v něm. Následuje popis používaných metod pro detekci a odstranění artefaktů. Především se jedná o metody extrahující příznak kvality dat. V praktické části práce se nachází popis návrhu nástroje pro automatické hodnocení kvality EEG, jeho testování na umělých a reálných datech. Poslední část práce se věnuje diskusi výsledků s ohledem na úspěšnost detekce kanálů nebo úseků s artefakty a možné další rozšíření nástroje.
|
|
|
Nástroj pro automatické hodnocení kvality EEG dat
Meloun, Jan ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem nástroje pro automatické hodnocení kvality EEG dat. V teoretické části práce se nachází popis vzniku a šíření akčního potenciálu nervovou soustavou. Dále také teoretickým popisem EEG záznamu a jeho artefakty. Následuje popis používaných metod pro detekci artefaktů. V praktické části práce se nachází popis návrhu nástroje pro automatické hodnocení kvality EEG včetně diskuze výsledků na poskytnutých datech.
|
|
|
Functional connectivity and brain structure assessment in patients at risk of synucleinopathies
Klobušiaková, Patrícia ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Mekyska, Jiří (vedoucí práce)
Synucleinopathy is a neurodegenerative disorder characterized by the presence of pathological protein -synuclein in neurons. So far, treatment that could heal or permanently stop this disease is not known. The aim of this work is to identify prodromal stages of synucleinopathies using functional connectivity processed applying graph metrics and assessing cortical thickness and subcortical structures volumes from magnetic resonance imaging data, and to verify specificity and sensitivity of combinations of parameters that sufficiently differentiate patients in risk of synucleinopathies. To accomplish this goal, we collected data from patients in the risk of synucleinopathy (preDLB, n = 27) and healthy controls (HC, n = 28). We found reduced volume of right pallidum and increased hippocampal volume to cortical volume ratio, increased normalised clustering coefficient and higher modularity in the preDLB group in comparison to HC. These four parameters were modeled using machine learning. The resulting model differentiated preDLB and HC with balanced accuracy of 88 %, specificity of 89 % and sensitivity of 86 %. The findings of this thesis can serve as the basis for further studies searching for specific MRI markers of prodromal stage of synucleinopathy that could be targeted with therapy in the future.
|
|
|
Optimalizace zpracování MREG MRI dat
Lampert, Frederik ; Mikl, Michal (oponent) ; Gajdoš, Martin (vedoucí práce)
MR-encefalografia (MREG) je inovatívna metóda ultrarýchleho magnetického rezonančného zobrazovania. Väčšina publikácií na túto tému sa venuje predovšetkým akvizícií a rekonštrukcií surových dát. Štúdie, ktoré by sa venovali zavedeniu štandardného postupu predspracovania MREG dát ešte neboli publikované, čo bolo motiváciou pre vypracovanie tejto bakalárskej práce. Cieľom tejto práce bolo stanoviť optimálny postup predspracovania MREG dát, ktorý by mohol byť odporučený aj pre budúce štúdie, využívajúce práve túto metódu zobrazovania. Stanovený cieľ bol rozdelený na viaceré podúlohy, ktorých vypracovaním sa dostávame k celkovému riešeniu. Jednotlivé podúlohy pozostávali z vypracovania literárnej rešerše, implementácie obvyklého postupu predspracovania a navrhnutia a implementácie alternatívnych postupov predspracovania do programového prostredia MATLAB. Navrhnuté postupy boli následne vyhodnotené podľa vytvorených kritérií, popísaných v práci. Výsledky hodnotenia boli okomentované a graficky znázornené. Na základe získaných výsledkov bol stanovený optimálny postup, ktorý pozostáva z korekcie pohybu a geometrického skreslenia pomocou funkcie Realign & UNWARP, priestorovej normalizácie k EPI snímku MNI šablóny a priestorového vyhľadenia pomocou konvolúcie s Gausovským jadrom.
|
|
|
Koregistrace DKI MRI dat s vysokou mírou difuzního vážení
Krejčí, Ladislav ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Vojtíšek, Lubomír (vedoucí práce)
Tato bakářská práce se zabývá předzpracováním difúzně vážených MRI obrazů jejímž základem je koregistrace obrazů s různým kontrastem. Na začátku jsou uvedeny základní vlastnosti difúzních dat. V dalších kapitolách je zaměřena na metody, které odstraňují artefakty a geometrické nepřesnosti. Těmito metodami jsou převzorkování, vyhlazování, transformace a optimalizace. V práci je dále popsán software pracující s difúzními daty. V další části se věnuje kvantitativním a kvalitativním metodám srovnávající úspěšnost registrací. V praktické části jsou popsány jednotlivé postupy pro koregistraci. V závěru práce, který se zabývá kvantitativním a kvalitativním hodnocením koregistrace mezi difúzními daty, je navržen postup pro kvantitativní hodnocení registrace obrazů s uplatněním pro různé metody koregistrací nebo pro různá nastavení parametrů registrační metody.
|
|
| |
|
|
Koregistrace DKI MRI dat s vysokou mírou difuzního vážení
Krejčí, Ladislav ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Vojtíšek, Lubomír (vedoucí práce)
Tato semestrální práce se zabývá různými možnostmi registrace medicínských obrazů. Na začátku jsou uvedeny základní vlastnosti DKI dat. V dalších kapitolách je zaměřena na metody, které odstraňují pohybové artefakty a geometrické nepřesnosti. Těmito metodami jsou převzorkování, vyhlazování transformace a optimalizace. V práci je dále popsán software provádějící samotnou registraci. Na konci se věnuje metodami srovnávající úspěšnost registrací.
|
host ::
RSS.