|
|
Biogeneze a funkce jaderných železo-sirných proteinů
Panova, Ekaterina ; Benda, Martin (vedoucí práce) ; Smutná, Tamara (oponent)
Železo-sirné klastry jsou důležitými anorganickými kofaktory mnoha buněčných reakcí, včetně těch, které probíhají v jádře. Jaderné železo-sirné proteiny hrají důležitou roli při replikaci DNA, opravách genomu a udržovaní jeho stability. Biosyntéza těchto železo-sirných klastrů začíná v mitochondriích pomocí ISC dráhy (iron-sulfur cluster assembly) pokračuje v cytosolu v CIA dráze (cytosolic iron-sulfur cluster assembly) a končí zabudováním klastrů do cílových apoproteinů, kterými jsou například polymerázy, primázy, helikázy, endonukleázy nebo glykosylázy. Tato bakalářská práce shrnuje současné poznatky o dráhách biosyntézy železo-sirných klastrů, o funkcích jaderných železo-sirných proteinů a o úloze železo-sirných klastrů v těchto proteinech, včetně fenotypů a klinických projevů způsobených jejich absencí. Klíčová slova: železo-sirné klastry, metaloproteiny, jádro, replikace DNA, oprava DNA
|
|
|
Modelling of the interaction of proteins and peptides with metal ions
Gutten, Ondrej ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Modelování interakce proteinů a peptidů s kovovými ionty. Ondrej Gutten - Diplomová práce Klíčová slova: Metaloproteiny, selektivita pro ionty kovů, in silico predikce Abstrakt: Byla navržena metoda pro in silico predikci a odhad schopnosti vybraných peptidů selektivně vázat ionty kovů. Dále byly důkladně otestovány použitelnost a omezení navržené metody. Studie je rozdělena do tří částí. První část se zabývá použitelností dvou kvantově- chemických metod (DFT, MP2) pro navržený přístup. Testování zahrnuje porovnání s referenčními výsledky získanými metodou CCSD(T), analýzu vlivu použité báze atomových orbitalů, porovnání obou metod při optimalizaci geometrie a analýzu použitého modelu reprezentujícího vodní prostředí. Ve druhé části jsou porovnávány výsledky predikce selektivity vazby iontů kovů v modelových peptidech a v jednoduchých systémech z nich odvozených. Poslední část diplomové práce popisuje první krok v rozsáhlé snaze prozkoumat obrovské množství jednoduchých modelových systémů, která povede k návrhu metaloproteinů s definovanými vlastnostmi.
|
|
|
Characterization of Glutamate Carboxypeptidase II, its Close Homologs and their Interaction with Ligands
Tykvart, Jan
Nádorová onemocnění, skupina nemocí vyznačující se nekontrolovaným buněčným růstem, představuje jednu z velkých výzev moderního klinického výzkumu. V současnosti se standardní postup léčby spoléhá převážně na systémovou terapii, která využívá různé látky účinkující proti dělícím se buňkám, v kombinaci s chirurgickým odstraněním nádoru. Tento přístup je bohužel někdy doprovázen řadou nežádoucích vedlejších účinků (jako jsou například nevolnost, ztráta vlasů, neplodnost apod.) a navíc může docházet k opakovanému návratu nemoci. Z těchto důvodu se v posledních 40 letech investovalo mnoho prostředků a úsilí do nalezení způsobu jak ničit nádorové buňky více specificky. Nejběžnějším způsobem získání specifity se stalo hledání molekul (primárně proteinů), které by se vyskytovaly převážně v rakovinné a ne ve zdravé tkáni. Glutamátkarboxypeptidasa II (GCPII), známá též jako nádorový antigen specifický pro prostatu (PSMA), představuje jeden z takovýchto proteinů, jelikož je produkovaná ve velkém množství buňkami adenokarcinomu prostaty a navíc je přítomna v neovaskulaturách dalších pevných nádorů. GCPII se také často využívá jako modelová molekula při testování nových metod pro cílenou dopravu léčiv. Důkladná biochemická charakterizace GCPII je proto nezbytná pro její správné využití při výše zmíněných...
|
|
|
Characterization of Glutamate Carboxypeptidase II, its Close Homologs and their Interaction with Ligands
Tykvart, Jan
Nádorová onemocnění, skupina nemocí vyznačující se nekontrolovaným buněčným růstem, představuje jednu z velkých výzev moderního klinického výzkumu. V současnosti se standardní postup léčby spoléhá převážně na systémovou terapii, která využívá různé látky účinkující proti dělícím se buňkám, v kombinaci s chirurgickým odstraněním nádoru. Tento přístup je bohužel někdy doprovázen řadou nežádoucích vedlejších účinků (jako jsou například nevolnost, ztráta vlasů, neplodnost apod.) a navíc může docházet k opakovanému návratu nemoci. Z těchto důvodu se v posledních 40 letech investovalo mnoho prostředků a úsilí do nalezení způsobu jak ničit nádorové buňky více specificky. Nejběžnějším způsobem získání specifity se stalo hledání molekul (primárně proteinů), které by se vyskytovaly převážně v rakovinné a ne ve zdravé tkáni. Glutamátkarboxypeptidasa II (GCPII), známá též jako nádorový antigen specifický pro prostatu (PSMA), představuje jeden z takovýchto proteinů, jelikož je produkovaná ve velkém množství buňkami adenokarcinomu prostaty a navíc je přítomna v neovaskulaturách dalších pevných nádorů. GCPII se také často využívá jako modelová molekula při testování nových metod pro cílenou dopravu léčiv. Důkladná biochemická charakterizace GCPII je proto nezbytná pro její správné využití při výše zmíněných...
|
|
|
Characterization of Glutamate Carboxypeptidase II, its Close Homologs and their Interaction with Ligands
Tykvart, Jan ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Nádorová onemocnění, skupina nemocí vyznačující se nekontrolovaným buněčným růstem, představuje jednu z velkých výzev moderního klinického výzkumu. V současnosti se standardní postup léčby spoléhá převážně na systémovou terapii, která využívá různé látky účinkující proti dělícím se buňkám, v kombinaci s chirurgickým odstraněním nádoru. Tento přístup je bohužel někdy doprovázen řadou nežádoucích vedlejších účinků (jako jsou například nevolnost, ztráta vlasů, neplodnost apod.) a navíc může docházet k opakovanému návratu nemoci. Z těchto důvodu se v posledních 40 letech investovalo mnoho prostředků a úsilí do nalezení způsobu jak ničit nádorové buňky více specificky. Nejběžnějším způsobem získání specifity se stalo hledání molekul (primárně proteinů), které by se vyskytovaly převážně v rakovinné a ne ve zdravé tkáni. Glutamátkarboxypeptidasa II (GCPII), známá též jako nádorový antigen specifický pro prostatu (PSMA), představuje jeden z takovýchto proteinů, jelikož je produkovaná ve velkém množství buňkami adenokarcinomu prostaty a navíc je přítomna v neovaskulaturách dalších pevných nádorů. GCPII se také často využívá jako modelová molekula při testování nových metod pro cílenou dopravu léčiv. Důkladná biochemická charakterizace GCPII je proto nezbytná pro její správné využití při výše zmíněných...
|
|
|
Modelling of the interaction of proteins and peptides with metal ions
Gutten, Ondrej ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Modelování interakce proteinů a peptidů s kovovými ionty. Ondrej Gutten - Diplomová práce Klíčová slova: Metaloproteiny, selektivita pro ionty kovů, in silico predikce Abstrakt: Byla navržena metoda pro in silico predikci a odhad schopnosti vybraných peptidů selektivně vázat ionty kovů. Dále byly důkladně otestovány použitelnost a omezení navržené metody. Studie je rozdělena do tří částí. První část se zabývá použitelností dvou kvantově- chemických metod (DFT, MP2) pro navržený přístup. Testování zahrnuje porovnání s referenčními výsledky získanými metodou CCSD(T), analýzu vlivu použité báze atomových orbitalů, porovnání obou metod při optimalizaci geometrie a analýzu použitého modelu reprezentujícího vodní prostředí. Ve druhé části jsou porovnávány výsledky predikce selektivity vazby iontů kovů v modelových peptidech a v jednoduchých systémech z nich odvozených. Poslední část diplomové práce popisuje první krok v rozsáhlé snaze prozkoumat obrovské množství jednoduchých modelových systémů, která povede k návrhu metaloproteinů s definovanými vlastnostmi.
|
host ::
RSS.