|
| |
|
|
Zavedení metody na stanovení vybraných triazinových pesticidů ve vodě metodou GC-MS/MS
OPEKAR, Jan
Tato bakalářská práce se týká stanovení triazinových pesticidů ve vodě pomocí metody GC-MS/MS. Nejprve byla provedena optimalizace analytické metody. Následující parametry byly vybrány k optimalizaci: průtok nosného plynu, teplotní gradient, výběr SRM přechodů a kolizní energie SRM přechodů. Poté byly optimalizovány některé extrakční parametry, konkrétně doba sušení SPE kolonek, výběr elučního rozpouštědla, pH vzorku a objem vzorku. Nakonec byla metoda úspěšně zvalidována a byla použita na reálný vzorek.
|
|
|
Vliv růstových regulátorů na proteom rostlin v průběhu klíčení
Habánová, Hana
Klíčení semen je složitý proces, během kterého dochází k růstu embrya uvnitř semene a následně ke vzniku klíční rostliny. Většina rostlinných druhů, včetně modelové rostliny Arabidopsis thaliana, produkuje suchá semena, jejichž metabolismus je plně obnoven po nabobtnání. Klíčení je časná fáze života rostlin, která zajišťuje jejich přežití a je ovlivněna řadou vnitřních i vnějších stimulů. Tato práce s názvem "Vliv růstových regulátorů na proteom rostlin v průběhu klíčení" sleduje současně efekty světla a růstových regulátorů působících na bobtnající semena. Pro porozumění molekulární podstaty klíčení byl sledován proteom semen A. thaliana, která se nechala bobtnat v přítomnosti růstových regulátorů a při kontinuálním osvětlení, či tmě. Rostlinný materiál byl odebrán po 24h a 48h kultivaci a následně byl připraven pro LC-MS profilování proteomu. Celkem bylo identifikováno více než 1100 proteinů. Následné statistické zpracování pomocí PCA a párového srovnání vybraných vzorků nám poskytlo důkazy o tom, že moderní proteomická analýza je perspektivním prostředkem pro výzkum klíčení semen.
|
|
|
Metody frakcionace a obohacování rostlinného proteomu
Breineková, Alžběta
Proteom je komplexní a dynamická směs proteinů produkovaná organismem. Představuje desítky tisíc různých druhů proteinů a jejich charakterizace je obtížným úkolem i s použitím nejmodernějších technik. Tato bakalářská práce s názvem ,,Metody frakcionace a obohacování rostlinného proteomu" je zaměřena na rostlinnou proteomiku a přístupy, které mohou zlepšit detekční limity a zvýšit pokrytí proteomu. V experimentální části byl analyzován proteom modelové rostliny huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana). Testované techniky zahrnují hrubé frakcionace na úrovni pletiv, subcelulární frakcionaci a separace na úrovni proteinů. Nakonec byly sady vzorků analyzovány prostřednictvím LC-MS a byla optimalizována metoda analýzy peptidů. Kombinace výsledků z jednotlivých LC-MS analýz odhalilo více než 4900 identifikovaných proteinů huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana) (FDR< 1%). Z tohoto počtu bylo 248 detekováno pouze v ekvalizovaném proteomu. Výsledky této práce pomohly vytvořit robustní analytickou metodu, která bude využita v dalším výzkumu rostlinného proteomu na MENDELU.
|
|
|
Efekt inhibice proteasomu na proteom Arabidopsis thaliana
Dufek, Martin
Proteazom se vyskytuje ve všech eukaryotních organizmech a jeho struktura je vysoce konzervovaná. Hlavní funkcí tohoto multi-proteinového komplexu je usnadnění proteinového obratu a degradace špatně složených, změněných, opotřebených, nebo nepotřebných proteinů. Degradace proteazomem je převážně závislá na kooperaci s komplexním systémem, který konjuguje ubikvitin k proteinům určeným degradaci. Proteazomová dráha je úzce spojena se signálními dráhami fytohormonů a jako taková může hrát významnou roli v růstu a vývoji rostlin. Tato bakalářská práce nazvaná "Efekt inhibice proteazomu na proteom Arabidopsis thaliana" se zabývá ubikvitin-dependentní proteazomovou dráhou se zaměřením na signalizaci fytohromonů. V experimentální části byl pozorován efekt inhibice proteazomu na proteom modelové rostliny Arabidopsis thaliana. Pomocí LC-MS profilování bylo sledováno více jak 1400 proteinů. Statistické zpracování umožnilo nahlédnout do molekulárních mechanizmů odpovědi na proteazomovou inhibici.
|
|
|
Využitelnost hmotnostní spektrometrie (MALDI - TOF) v identifikaci salmonel a odlišení od jiných bakterií z čeledi Enterobacteriaceae. Určování a výskyt sérovarů Salmonella Enteritidis v materiálu Synlab Č. B.
WIMMEROVÁ, Zuzana
Jako téma mé bakalářské práce jsem si vybrala diagnostiku a výskyt rodu Salmonella. Rod Salmonella je poměrně častá příčina průjmových onemocnění, které se u nás velmi často vyskytuje. Toto téma jsem si vybrala proto, že diagnostika salmonel je velmi náročná z důvodu možnosti záměny s jinými bakteriemi z čeledi Enterobacteriaceae a dále je velmi složitá, protože existuje velké množství sérotypů salmonel. Chtěla jsem porovnat metody, které se využívají k diagnostice salmonel a zjistit, která metoda je pro laboratoře nejvýhodnější z hlediska časového, finančního, ale také která metoda je nejvíce přesná. Líbila se mi při rozhodování tématu také rozmanitost možnosti diagnostiky. Má bakalářská práce je rozdělená do dvou větších úseků. První úsek se zabývá literární rešerší, týkající se rodu Salmonella. Nejprve jsem v teoretické části popsala bakteriální buňku, která je důležitá z toho důvodu, protože pomocí složení buněčné stěny můžeme rozlišit grampozitivní a gramnegativní bakterie, a tím vyloučit při mikroskopii grampozitivní bakterie. Pomocí tohoto údaje můžeme určit užší okruh bakterií, což nám usnadní identifikaci. Dále jsem se zabývala Kauffmann - Whiteovým schématem, podle něhož rozlišujeme jednotlivé sérotypy rodu Salmonella. Toto schéma je velmi důležité z hlediska diagnostiky a zařazení určovaného sérotypu. Dále následuje rozdělení rodu Salmonella dle typu infekce. Zabývala jsem se antropopatogenními salmonelami a zoopatogenními salmonelami a uvedla jsem významná onemocnění, která jsou způsobená rodem Salmonella. Poté jsem ve své práci řešila výskyt salmonel, způsob šíření atd. V poslední kapitole jsem se zmínila o léčbě salmonelóz, uvedla jsem jednoduchý nástin známých antibiotik a léků, které se používají na léčbu salmonelóz. Uvedla jsem, také velmi známý lék Endiaron, který je vhodný pro léčbu salmonelóz a nemá žádné vedlejší účinky. V druhém úseku mé bakalářské práce se věnuji metodice, což je kapitola, která shrnuje postup, jenž se využívá při stanovování salmonel. Zde uvádím všechny části laboratorního výzkumu, od preanalytické části, jako například odběr a transport. Poté se věnuji laboratorní části a postanalytické části. Nejrozsáhlejší je laboratorní část, která obsahuje diagnostiku od kultivace, metody založené na biochemických vlastnostech a metodou MAlDI TOF. Dále jsem zmínila sklíčkovou aglutinaci a latexovou aglutinace. Cílem mé práce bylo porovnat metodu MALDI TOF s jinými biochemickými metodami při určování rodu Salmonella. Nejlepší řešení v diagnostice salmonel je podle mého názoru přístroj MALDI TOF, který je nejrychlejší metodou v porovnání se biochemickou řadou API 20E a identifikace pomocí biochemického klínu. Dalším cílem mé práce bylo zjistit výskyt rodu Salmonella ve všech ročních obdobích. Zjistila jsem, že nejvíce vyskytujícím se sérotypem je Salmonella Enteritidis, poté Salmonella Typhimurium a v těsné blízkosti za ní Salmonella Montevideo. Salmonella Enteritidis se v materiálu Synlab czech s. r. o. se objevila celkem 601krát. Salmonella Typhimurium se vyskytla v materiálu Synlab czech s.r.o. celkem 31krát a Salmonella Montevideo byla čítána 13krát. Celkově jsem za rok 2013 napočetla 701 kmenů. Zde jsem sledovala také "exotičtější" sérotypy, které sem byly dovezeny podle mého názoru z turistických destinací s nižší hygienickou úrovní. Nejvyšší výskyt byl zaznamenán na podzim (září, říjen, listopad) 268 kmenů. Druhý nejčastější výskyt byl pozorován v letních měsících (červen - srpen), kdy bylo diagnostikováno celkem 224 salmonel. V zimě bylo 124 kmenů a na jaře 105 kmenů. Nejvyšší výskyt salmonel byl překvapivě v měsíci září, kdy bylo zachyceno 128 kmenů. Nejméně záchytů bylo zjištěno v měsíci březnu, kdy bylo nalezeno 24 kmenů.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.