|
|
Blastocystis u domácího ptactva
HRDLIČKOVÁ, Jaroslava
V jednom anonymním domácím chovu jsme v roce 2010 odebírali vzorky trusu pro parazitologické vyšetření na přítomnost prvoků rodu Blastocystis. Celkem bylo vyšetřeno 55 vzorků (z toho po 10 vzorcích trusu od slepic, kachen a hus a 25 od holubů). Vzorky byly kultivovány v médiu dle Dobell-Leidlaw a následně mikroskopovány. Tento postup však vedl k nízké záchytnosti, pouze dva vzorky byly pozitivní na Blastocystis (od slepice a holuba), proto byla následně použita PCR a nested-PCR se specifickými primery pro spolehlivější detekci Blastocystis. Vzorky pro tyto reakce již nebyly odebírány z výše zmíněného chovu, ale byla využita sbírka vzorků z Parazitologického ústavu AV ČR, kde byla již DNA ze vzorků trusu slepic, kachen a holubů vyizolovaná. Výsledky klasické i nested-PCR byly ověřeny elektroforézou a sekvenací. Získané sekvence ptačích kmenů byly analyzovány fylogenetickými metodami a zařazeny do podtypu 7.
|
|
| |
|
|
Mikrobiální populace v bioplynu
Čermáková, J. ; Tenkrát, D. ; Mrázek, Jakub ; Fliegerová, Kateřina
Tento příspěvek se zabývá studiem mikrobiální populace v bioplynu pomocí metody založené na molekulární genetice, která dokáže identifikovat větší množství mikroorganizmů než pomocí klasické kultivace. V bioplynu z čistírny odpadních vod bylo nalezeno téměř 8 mil. bakterií v m3 a nejvíce byly zastoupeny dva kmeny Firmicutes a Proteobacteria. Avšak mnohé mikroorganismy v bioplynu jsou dosud neznámé nekultivované bakteriální druhy. Studium bakteriální biodiversity v bioplynu hraje klíčovou roli zejména při konečném využití bioplynu, protože některé druhy mohou způsobovat korozi zařízení či potrubí nebo mohou být dokonce patogenní a využívat bioplyn ke svému šíření.
|
|
| |
|
|
Studium genetické variability fytoplazem
ROHÁČKOVÁ, Helena
Fytoplazmy jsou bakteriální vnitrobuněční rostlinní parazité, způsobují závažné ztráty úrody po celém světě. Fytoplazmy byly zjisštěny v jeteli, vince, hrušních, jabloních a meruňkách. Sekvencován byl gen secA, gen 16S rDNA, mezerník a gen 23S rDNA u pěti izolátů fytoplazem.
|
|
|
Studium diverzity izolátů fytoplazmy proliferace jabloně v České republice.
STREJČKOVÁ, Monika
Fytoplazmy jsou prokaryontní organismy třídy Mollicutes. Dosud byly popsány na více než 800 rostlinných druzích. Mezi hospodářsky nejvýznamnější patří fytoplazma proliferace jabloně, která je řazena do ribozomální podskupiny 16Sr X-A (Apple proliferation, AP,´Candidatus Phytoplasma mali´). AP je považována za karanténní organismus v Evropě a v Severní Americe. Typické symptomy AP jsou: - výrazně zvětšené palisty, které mají morfologii pravého listu -řapík a čepel, okraj palistů je nepravidelně zoubkovaná - malé plody s méně semeny a horší chuťovou kvalitou - předčasné červenání listů, metlovitost, abnormální růst výhonů na podzim, opakované kvetení V předložené práci byla testována DNA vyizolovaná ze stromů podezřelých na přítomnost AP. Stromy pocházely z genofondu, z produkčních výsadeb i výsadeb drobných pěstitelů. Pro detekci fytoplazem byla použita polymerázová řetězová reakce (polymerase chain reaction, PCR) s následnou analýzou délkového polymorfizmu restrikčních fragmentů (restriction fragment length polymorphism, RFLP). Pro detekci a rozlišení subtypů fytoplazem AP se jeví jako uživatelsky nejvhodnější direct PCR s primery rpAP15f/ rpAP15r amplifikující DNA ribozomálních proteinů rpS3 a rpl 22 s následným restrikčním štěpením enzymem AluI.
|
|
|
Detekce a identifikace fytoplazem ve šlechtitelském materiálu hrušní
ROHÁČKOVÁ, Helena
Fytoplazmy jsou baktetriální vnitrobuněční rostlinné patogenní organismy, které způsobují značné ztráty úrody různých plodin po celém světě. Fytoplazmy hrušní byly detegovány s použitím molekulárních metod. RFLP analýza testovaných vzorků odhalila přítomnost původců chřadnutí hrušně, proliferace jabloně, fylodie jetele, a stolburu, a to zvlášť, ale i ve směsných infekcích.
|
|
|
Možnosti využití molekulárních metod pro studium populační genetiky raka říčního Astacus astacus
ŠABATA, Jakub
Rak říční (Astacus astacus) je jeden ze dvou původních druhů raků žijících u nás, kteří jsou na celém našem území přísně chráněni, protože jsou označeni za kriticky ohrožený druh. V Evropě je to jeden z pěti původních druhů raků, zaznamenán organizací IUCN jako ohrožený druh, který potřebuje ochranný management. Jeho populace byly rapidně sníženy kvůli račímu moru, který přenášejí nepůvodní druhy raků ze Severní Ameriky, kteří byli v minulosti zavlečeni do Evropy a posléze i do České republiky. V minulosti byly izolovány a popsány mikrosatelitní markery pro raka říčního (Koiv a kol., 2008a). V rámci této práce bylo testováno použití těchto osmi mikrosatelitních markerů na vzorcích získaných z českých populací raka říčního. Testování jsme provedli na 53 vzorcích raků ze šesti populací. Testování vzorků bylo provedeno izolací DNA z tkáně třetí kráčivé končetiny pomocí DNA Lego Kitu. Následným ověřením izolátu DNA elektroforézou na agarózovém gelu. Testování teplotního cyklu PCR amplifikace vycházelo z původní publikace Koiva a kol. (2008a), následně byl PCR cyklus upravován podle kvality PCR produktů získaných v naší laboratoři. Jako nejvýhodnější byla zvolena teplota annealing primerů 60°C pro šest testovaných lokusů tj. Aas 3666, Aas 3115, Aas 790, Aas 1198, Aas 3950 a Aas 766, pro další dva lokusy Aas 2489 a Aas 3040 byla zvolena teplota annealingu 55°C. Výsledné produkty PCR byly testovány na agarózovém gelu a následně byly fragmentační analýzou na automatickém sekvenátoru Beckman Coulter CEQ8000 určovány délky PCR produktů v multiplexech složených z několika lokusů. V jednotlivých lokusech bylo v rámci našich 53 vzorků nalezeno od 1 do 13 alel ? jeden z lokusů byl monomorfní v rámci všech analyzovaných vzorků. Největší variabilitu ukázala moravská populace na Boskovické nádrži, průměrný počet alel na lokus 3,86, poté severočeská populace z Jaroměře 3,43 alel na lokus. Zelenohorská populace 3 alely na lokus a Světlohorská populace 2,57 alel na lokus. Nejnižší průměrný počet alel na lokus měla populace z Landštejna 2,43. Cílem této bakalářské práce bylo vypracovat literární rešerši o metodách molekulární biologie využívaných při studiu raků a zároveň ověřit možnost využití 8 dosud popsaných mikrosatelitních markerů pro raka říčního. V laboratorních podmínkách se podařilo úspěšně optimalizovat použití sedmi mikrosatelitních markerů z osmi popsaných. Tyto mikrosatelitní markery by měly být použitelné pro populační studie, a nebo pro určování rodičovství (otcovství) v reprodukčních experimentech. V rámci ověřování použitelnosti mikrosatelitních markerů byly vyhodnocovány i některé základní populační charakteristiky, optimalizace a testování použitelnosti mikrosatelitních markerů však bylo prováděno jen na velmi nízkém počtu vzorků, proto tyto charakteristiky mají pouze velmi omezenou vypovídací schopnost.
|
|
|
Germination ecology in orchids
TĚŠITELOVÁ, Tamara
Germination ecology of four Epipactis species (E. albensis, E. atrorubens, E. helleborine, E. purpurata) was studied. Habitat preferences of adult plants were analyzed using phytosociological relevés from the Czech Phytosociological Database. A field experiment was carried out to determine course of germination of Epipactis seeds sown in different habitat types. Relationship between ecological preferences and germination ecology, and spatial aspects of seed dispersal and seedling recruitment are discussed.
|
|
| |
host ::
RSS.