|
|
Regulace transkripce mikroRNA klastru miR-17-92 v průběhu diferenciace makrofágů.
Rybářová, Jana ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Pospíšek, Martin (oponent)
miR-17-92 klastr (Oncomir1) kóduje sedm mikroRNA (miRNA, miR) regulujících řadu biologických procesů jako je proliferace, diferenciace nebo apoptóza. Zvýšená exprese mikroRNA kódovaných tímto klastrem byla zjištěna u řady nádorových onemocnění včetně akutní a chronické myeloidní leukémie (Dixon-McIver et al., 2008; Li et al., 2008; Venturini et al., 2007). Myeloidní progenitory významně exprimují miR-17-92 klastr, zatímco makrofágová diferenciace je doprovázena výrazným snížením jeho exprese. V naší laboratoři bylo prokázáno, že miR-17-92 klastr je během diferenciace primárních PUER myeloidních progenitorů indukovaných transkripčním faktorem PU.1 (SPI1) reprimován transkripčním faktorem Early growth response 2 (Egr2). Cílem této diplomové práce bylo vytvořit sérii reportérových vektorů nesoucích fragmenty miR-17-92 putativního promotoru, které by umožnily studium regulace transkripce miR-17-92 klastru. Výsledně se podařilo připravit 8 fragmentů obsahujících různé úseky regulační oblasti miR-17-92 klastru v rozsahu -3.3 až 0 kb vzhledem ke kódující oblasti miR-17-5p, a to i přes vysoký CG obsah (~80%), které byly následně vklonovány do pGL3 reporterového vektoru. Transfekce a následná funkční esej pGL3 reporterového vektoru nesoucího -3.3;-0kb fragment putativního promotoru miR-17-92 v buňkách...
|
|
| |
|
|
Je interní vazebné místo pro ribozóm u viru hepatitidy typu C vhodný cíl pro léčbu?
Roučová, Kristina ; Čáp, Michal (oponent) ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce)
Infekcí virem žloutenky typu C jsou postižena asi 3 % světové populace. Pokroky v molekulární biologii a lepší znalost životního cyklu viru žloutenky typu C přispívají k vývoji specificky cílené léčby hepatitidy C. Nově vyvíjená léčba se zaměřuje mimo jiné na vnitřní vazebné místo pro ribozóm (IRES), které je pro svou vysokou sekvenční a strukturní konzervovanost atraktivním cílem terapie. Navíc by inhibice funkce IRES znemožnila časný a zásadní krok v životním cyklu viru, translaci virové RNA, a zabránila tak propagaci viru. Přístupy vedoucí k inhibici translace jsou cíleny jak na strukturu, tak i na nukleotidovou sekvenci HCV IRES. Jako potencionální budoucí terapeutické látky jsou testovány jednak syntetické nukleové kyseliny, antisense oligonukleotidy a ribozymy, a také nízkomolekulární látky. V této práci je věnována pozornost především nízkomolekulárním látkám interagujícím s IRES sekvencí.
|
|
| |
|
| |
|
|
Charakter of the host cell iduced by vaccinia virus and inhibitory effects of the lipoic acid on vaccinia virus growth
Spišáková, Martina ; Mělková, Zora (vedoucí práce) ; Němečková, Šárka (oponent) ; Pospíšek, Martin (oponent)
Vírus vakcínie je typickým zástupcom poxvírusov. V minulosti bol ako vakcína používaný na úspešnú eradikáciu pravých kiahní (ang. smallpox). V súčasnosti je používaný ako vektor pre profylaktické aj experimentálne účely. Táto dizertačná práca nadväzuje na výsledky publikovaných prác z nášho laboratória a je zčasti zameraná na bližšie charakterizovanie vplyvu infekcie vírusom vakcínie na typ bunkovej smrti hostiteľskej bunky. Výsledky ukazujú na to, že počas infekcie vírusom vakcínie sa aktivujú dráhy apoptózy, apoptóza ale nie je dokončená a bunka umiera nekroticky. V našich pokusoch sme farmakologickou inhibíciou aktivity enzýmu PARP (Poly-(ADP-ribóza) polymeráza) nedokázali zmeniť formu bunkovej smrti indukovanú vírusom vakcínie z nekrózy na apoptózu. Efekty anti-apoptotických faktorov kódovaných vírusom vakcínie pravdepodobne hrajú významnejšiu úlohu. Ďalšia časť práce sa venuje sledovaniu inhibičného efektu redox-modulujúcej látky, kyseliny lipoovej, na infekciu vírusom vakcínie. Výsledky ukázali jej inhibičný vplyv v bunkových líniach rôzneho embryonálneho pôvodu. Naše výsledky ukazujú na to, že inhibičný efekt kyseliny lipoovej je na úrovni expresie neskorých génov alebo morfogenézy vírusových častíc. Kyselina lipoová tak ponúka možnosť použitia ako podpornej látky pri liečbe infekcie poxvírusmi.
|
|
|
Studium struktury a funkce IRES elementů v kvasinkových buňkách
Černý, Jiří ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Iniciace translace je důležitý krok v regulaci buněčné exprese. Translace většiny buněčných mRNA je zahajována klasickým mechanizmem závislým na přítomnosti 7mG čepičky. Existují však mRNA, které jsou překládány alternativním mechanizmem využívajícím přítomnost IRES elementů v 5'UTR takovýchto mRNA. V první části své diplomové práce jsem se pokusil potvrdit přítomnost IRES elementů v 5'UTR z kvasinkových genů BAS1 a RRN3. Tyto 5'UTR jsem vložil do intercistronické oblasti na plazmidu pFGAL4h a změřil jsem aktivitu reportérových proteinů v systému s a bez promotoru. Data ukázala přítomnost kryptického promotoru v testovaných sekvencích. Abych tato data potvrdil, vložil jsem 5'UTR z genu RRN3 do intercisronické oblasti na plazmidu pRFh a změřil expresi druhého cistronu. Výsledky získané tímto měřením se podobaly výsledkům, které jsem získal za využití plazmidu pFGAL4h. Přítomnost kratších RNA přepisovaných z kryptického promotoru, který se nachází v intercistronické oblasti, jsem dokázal pomocí real time PCR. Mým úkolem v druhé části této práce bylo připravit sadu RNA vhodných ke studiu iniciace translace zahajované na lasovité čepičce, která vzniká činností autokatalytického ribozymu GIR1 v hlence Didymium iridis. Za tímto účelem jsem připravil širokou sadu rekombinantních molekul DNA, které nesly různé...
|
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.