|
|
Metody zpracování sekvenačních dat technologie Oxford Nanopore pro účely metagenomiky
Barilíková, Lujza ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kupková, Kristýna (vedoucí práce)
Revolučná technológia sekvenovania od spoločnosti Oxford Nanopore Technologies – MinION, predstavuje veľkú nádej v oblasti metagenomiky. Nízka cena, produkovanie dlhých čítaní a prenosnosť, vďaka malým rozmerom, predstavuje len jednu z mnohých výhod tejto technológie. Napriek týmto benefitom je tu však nedostatok dostupných výpočtových nástrojov, ktoré by nám umožnili plne zaobchádzať s produkovanými dátami. V úvode tejto bakalárskej práce sú predstavené terajšie sekvenačné technológie so zameraním sa na technológie tretej generácie, predovšetkým na spomínané nanopórové sekvenovanie. V práci sú uvedené aj súčasné možnosti vizualizácie metagenomických dát. Hlavným cieľom tejto práce je vytvoriť algoritmus, ktorý za pomoci aplikácie metód redukcie dimenzionality priamo na surové dáta, produkované nanopórovým sekvenovaním, bude realizovať tzv. binning metagenomických vzoriek.
|
|
|
Metody zpracování sekvenačních dat technologie Oxford Nanopore pro účely metagenomiky
Barilíková, Lujza ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kupková, Kristýna (vedoucí práce)
Revolučná technológia sekvenovania od spoločnosti Oxford Nanopore Technologies – MinION, predstavuje veľkú nádej v oblasti metagenomiky. Nízka cena, produkovanie dlhých čítaní a prenosnosť, vďaka malým rozmerom, predstavuje len jednu z mnohých výhod tejto technológie. Napriek týmto benefitom je tu však nedostatok dostupných výpočtových nástrojov, ktoré by nám umožnili plne zaobchádzať s produkovanými dátami. V úvode tejto bakalárskej práce sú predstavené terajšie sekvenačné technológie so zameraním sa na technológie tretej generácie, predovšetkým na spomínané nanopórové sekvenovanie. V práci sú uvedené aj súčasné možnosti vizualizácie metagenomických dát. Hlavným cieľom tejto práce je vytvoriť algoritmus, ktorý za pomoci aplikácie metód redukcie dimenzionality priamo na surové dáta, produkované nanopórovým sekvenovaním, bude realizovať tzv. binning metagenomických vzoriek.
|
host ::
RSS.