|
|
Biophysical interpretation of quantitative phase image
Štrbková, Lenka ; Kozubek,, Michal (oponent) ; Hoppe, Andreas (oponent) ; Chmelík, Radim (vedoucí práce)
This work deals with the interpretation of the quantitative phase images gained by coherence-controlled holographic microscopy. Since the datasets of quantitative phase images are of substantial size, the manual analysis would be time-consuming and inefficient. In order to speed up the analysis of images gained by coherence-controlled holographic microscopy, the methodology for automated interpretation of quantitative phase images by means of supervised machine learning is proposed in this work. The quantitative phase images enable extraction of valuable features characterizing the distribution of dry mass within the cell and hence provide important information about the live cell behaviour. The aim of this work is to propose a methodology for automated classification of cells while employing the quantitative information from both the single-time-point and time-lapse quantitative phase images. The proposed methodology was tested in the experiments with live cells, where the performance of the classification was evaluated and the relevance of the features derived from the quantitative phase image was assessed.
|
|
|
Vliv vlastností obrazových senzorů na kvalitu rekonstrukce kvantitativního fázového zobrazení
Šulc, Václav ; Antoš, Martin (oponent) ; Dostál, Zbyněk (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce je zaměřena na šumové vlastnosti obrazových senzorů a jejich vlivu na kvantitativní fázové zobrazení. Byly nasnímány a analyzovány černé snímky dostupných kamer. Vypočítané hodnoty směrodatné odchylky šumu snímků byly použity při vytvoření umělých hologramů, z kterých byla rekonstruována kvantitativní fázová zobrazení. Z výsledků měření byla vybrána kamera Basler acA2040-180km jako nejvhodnější pro použití v holografii. Pro tuto kameru byl navržen, vyroben a otestován efektivní systém chlazení, který šumové charakteristiky vylepšil.
|
|
|
Cell Tracking in Multimodal Holographic Microscope Using Transmission Mode
Blašťáková, Lucia ; Křížová, Aneta (oponent) ; Štrbková, Lenka (vedoucí práce)
This thesis is focused on the monitoring of cell dynamics in multimodal holographic microscope using transmission mode. The goal of this experiment is a quantitative description of the epithelial-mesenchymal transition of cancer cells NMuMG. The introduction briefly describes a history of interference microscopy and its applications, design of multimodal holographic microscope Q-Phase and work with the program used for data processing. Next follows a brief description of parameters that were selected to quantify the epithelial-mesenchymal transition. In conclusion, all results from the observation of epithelial-mesenchymal transition were summarized.
|
|
|
Biophysical interpretation of quantitative phase image
Štrbková, Lenka ; Kozubek,, Michal (oponent) ; Hoppe, Andreas (oponent) ; Chmelík, Radim (vedoucí práce)
This work deals with the interpretation of the quantitative phase images gained by coherence-controlled holographic microscopy. Since the datasets of quantitative phase images are of substantial size, the manual analysis would be time-consuming and inefficient. In order to speed up the analysis of images gained by coherence-controlled holographic microscopy, the methodology for automated interpretation of quantitative phase images by means of supervised machine learning is proposed in this work. The quantitative phase images enable extraction of valuable features characterizing the distribution of dry mass within the cell and hence provide important information about the live cell behaviour. The aim of this work is to propose a methodology for automated classification of cells while employing the quantitative information from both the single-time-point and time-lapse quantitative phase images. The proposed methodology was tested in the experiments with live cells, where the performance of the classification was evaluated and the relevance of the features derived from the quantitative phase image was assessed.
|
|
|
Vliv vlastností obrazových senzorů na kvalitu rekonstrukce kvantitativního fázového zobrazení
Šulc, Václav ; Antoš, Martin (oponent) ; Dostál, Zbyněk (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce je zaměřena na šumové vlastnosti obrazových senzorů a jejich vlivu na kvantitativní fázové zobrazení. Byly nasnímány a analyzovány černé snímky dostupných kamer. Vypočítané hodnoty směrodatné odchylky šumu snímků byly použity při vytvoření umělých hologramů, z kterých byla rekonstruována kvantitativní fázová zobrazení. Z výsledků měření byla vybrána kamera Basler acA2040-180km jako nejvhodnější pro použití v holografii. Pro tuto kameru byl navržen, vyroben a otestován efektivní systém chlazení, který šumové charakteristiky vylepšil.
|
|
|
Cell Tracking in Multimodal Holographic Microscope Using Transmission Mode
Blašťáková, Lucia ; Křížová, Aneta (oponent) ; Štrbková, Lenka (vedoucí práce)
This thesis is focused on the monitoring of cell dynamics in multimodal holographic microscope using transmission mode. The goal of this experiment is a quantitative description of the epithelial-mesenchymal transition of cancer cells NMuMG. The introduction briefly describes a history of interference microscopy and its applications, design of multimodal holographic microscope Q-Phase and work with the program used for data processing. Next follows a brief description of parameters that were selected to quantify the epithelial-mesenchymal transition. In conclusion, all results from the observation of epithelial-mesenchymal transition were summarized.
|
host ::
RSS.