|
|
Variabilita DNA uvnitř imunitních oblastí genomu u zástupců koňovitých
Škňouřilová, Nikol
Diplomová práce je pilotní studií zabývající se variabilitou genomové oblasti pro receptory přirozených zabíječských buněk (NKR) u zástupců koňovitých jako jsou zebry a osli. Cílem práce bylo ověřit, zda základní mikrosatelitní panel v oblasti NKR (Ly49) popsán u koní, lze použít i u dalších zástupců koňovitých pro studium variability. Bylo zjištěno, že 9 mikrosatelitů z 11 je dobře použitelných pro studium i u dalších druhů koňovitých (oslů a zeber) a byla optimalizována rutinní laboratorní metodika. Byly stanoveny základní parametry variability (frekvence alel, hererozygotnost, PIC). V této studii se pomocí fragmentační analýzy stanovilo celkem 33 genotypů (2 osli a 31 zeber) v rámci 9 mikrosatelitů, které se podařilo amplifikovat u koňovitých z 11 mikrosatelitů popsaných u koní. Celkem bylo popsáno 71 alel, počet alel na lokus se pohyboval od 2 (CZM013) do 13 (CZM010). V následné analýze bylo zjištěno, že všechny mikrosatelity jsou polymorfní a jejich polymorfní informační obsah se pohybuje od 0,259 (CZM013) do 0,859 (ABGe3660). Pozorovaná heterozygotnost byla nižší než očekávaná, až na mikrosatelit CZM007, kde tomu bylo naopak.
|
|
|
Molekulární diverzita u včely medonosné hodnocená pomocí mikrosatelitních lokusů
Kyzlinková, Petra
Předmětem této diplomové práce bylo studium diverzity molekulárních markerů u včely medonosné (Apis mellifera). Genetická diverzita byla hodnocena pomocí čtyř mikrosatelitních markerů z intergenových oblastí u celkem 114 vzorků klasifikovaných do devíti populací dle geografického původu. Cílem byla především optimalizace molekulárně genetických laboratorních metod, a následné statistické vyhodnocení získaných výsledků. V teoretické části práce je včela medonosná popsána z hlediska původu, poddruhů, morfologie, molekulární i populační genetiky. Všechny tyto znalosti byly následně uplatněny v experimentální části, která pojednává o optimalizaci molekulárních analýz, bioinformatickém zpracování genetických dat, a diskutuje problematiku, která v průběhu analýz může nastat. V rámci testovaného souboru bylo detekováno 38 různých alel. Jako nejvíce polymorfní se prokázal marker A107 a UN351. Výsledky na úrovni jednotlivých vzorků ukazují na vysoký stupeň variability, naproti tomu mezi populacemi příliš vysoká diverzita zaznamenána nebyla.
|
|
|
Genetická struktura populací pstruha obecného v oblasti šumavských ledovcových jezer
HŮDA, Jan
Tato práce navazuje na předchozí ichtyologické průzkumy v oblasti šumavských ledovcových jezer. Na podzim roku 2022 byl během elektrolovu odebírán genetický materiál pstruha obecného (Salmo trutta L.), ze kterého byly v genetické laboratoři určeny základní populačně genetické charakteristiky. Pro ucelený obraz o prostředí byly zaznamenány i environmentální parametry studovaných toků.
|
|
|
Polymorfismus mikrosatelitových markerů u kmenů \kur{Beauveria bassiana}.
KRÁLOVÁ, Martina
\kur{Beauveria bassiana} je entomopatogenní polyfágní houba, která se běžně vyskytuje v půdě a parazituje na půdním hmyzu, resp. na stádiích hmyzu, jež se vyskytují v půdě. Dnes se používá při ochraně rostlin proti více jak 70 druhům hmyzu. V České republice má \{Beauveria bassiana} nyní největší význam v boji proti lýkožroutu smrkovému \kur{Ips typographus} v Národním parku Šumava. Tato práce byla zaměřena na hodnocení genetické variability kmenů entomopatogenní houby \kur{Beauveria bassiana} na základě analýzy mikrosatelitů a porovnání čtyř separačních metod elektroforézy na 2% agarózovém gelu, elektroforézy na 3% synergelu, čipové elektroforézy a fragmentační analýzy z hlediska nejpřesnější separace PCR produktů. V této studii bylo použito 41 kmenů z NP Šumava a 20 kmenů ze sbírky, označených jako ostatní, kde kromě kmenů odebraných z celého světa, byly zahrnuty i kmeny odebrané z NP Krkonoše a jižní Moravy. Pro analýzu mikrosatelitů bylo použito 11 primerových párů a pro vzájemné porovnání metod byly vybrány pouze 4. Populace kmenů \kur{Beauveria bassiana} odebrána z NP Šumava byla vyhodnocena na základě analýzy mikrosatelitů jako plně konzervativní a uzavřená bez ohledu na zdroj a lokalitu. U kmenů, které byly odebrány z celého světa, se projevila značná genetická variabilita. Z hlediska separace se jako nejlepší a nejvhodnější metoda pro detekci mikrosatelitů osvědčila fragmentační analýza. I přes její náročnou finanční stránku, se ukázala tato metoda jako nejpřesnější a nejcitlivější. Její výhoda spočívá v možnosti detekovat minimální rozdíly ve velikosti jednotlivých alel mikrosatelitů v rozmezí 1-2 bp, což je u gelové elektroforézy nemožné.
|
host ::
RSS.