|
|
Peak identification from ChIP-nexus data.
Drahoňovská, Lucie ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Gahurová, Lenka (oponent)
Proteiny hrají v živých organismech velice důležitou roli. Zastávají například funkce strukturní, transportní, regulační či katalytické. To, které geny se budou exprimovat a kterým proteinům to dá vzniknout a v jakém množství může mít zásadní vliv na funkci, či dokonce zdraví celého organismu. Regulaci genové exprese mají mimo jiné na starosti transkripční faktory, které tedy svou aktivitou způsobit řadu nemocí, či poruch (Latchman 1997). Jejich studium je tedy velice důležité. K tomuto účelu bylo vyvinuto několik technologií, jako je ChIP-chip, ChIP-seq, ChIP-exo a ChIP-nexus, které nám umožňují s větší či menší přesností zkoumat vazebná místa transkripčních faktorů a dalších DNA vazebných proteinů. V této práci se budu věnovat výše zmíněným technologiím a peak callerům, tedy softwarům využívaným k analýze dat získaných těmito metodami. Také se na nich pokusím provést peak calling ChIP-nexus dat proteinu Cbf11 a porovnat jejich výsledky.
|
|
|
Molecular mechanism of DNA regulatory segment recognition by MADS box family transcription factors
Profantová, Barbora ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Jelínek, Otakar (oponent) ; Manfait, Michel (oponent)
Disertační práce se zabývá fyzikálně-chemickými vlastnostmi vazebné domény MADS box transkripčních faktorů, významnými pro tvorbu komplexů s regulačním segmentem DNA obsahujícím CArG box. Studium probíhalo i na modelových oligopeptidech, vybraných kratších segmentech MADS boxu a jejich analozích s bodovou mutací. Byla využitá široká škála spektroskopických technik, jmenovitě absorpční, fluorescenční a Ramanova spektroskopie a spektroskopie cirkulárního dichroismu. Ke zpracování dat byly použity pokročilé postupy včetně multivariačních metod. Tři tyrosiny MADS boxu, nacházející se v okolí aminokyselin s různým nábojem a hydrofobicitou, byly využity jako vnitřní spektroskopické sondy. Výsledkem práce jsou charakteristiky strukturního uspořádání, flexibility a acidobasických rovnováh MADS boxu a jeho vybraných segmentů.
|
host ::
RSS.