|
|
Modelling of the interaction of proteins and peptides with metal ions
Gutten, Ondrej ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Modelování interakce proteinů a peptidů s kovovými ionty. Ondrej Gutten - Diplomová práce Klíčová slova: Metaloproteiny, selektivita pro ionty kovů, in silico predikce Abstrakt: Byla navržena metoda pro in silico predikci a odhad schopnosti vybraných peptidů selektivně vázat ionty kovů. Dále byly důkladně otestovány použitelnost a omezení navržené metody. Studie je rozdělena do tří částí. První část se zabývá použitelností dvou kvantově- chemických metod (DFT, MP2) pro navržený přístup. Testování zahrnuje porovnání s referenčními výsledky získanými metodou CCSD(T), analýzu vlivu použité báze atomových orbitalů, porovnání obou metod při optimalizaci geometrie a analýzu použitého modelu reprezentujícího vodní prostředí. Ve druhé části jsou porovnávány výsledky predikce selektivity vazby iontů kovů v modelových peptidech a v jednoduchých systémech z nich odvozených. Poslední část diplomové práce popisuje první krok v rozsáhlé snaze prozkoumat obrovské množství jednoduchých modelových systémů, která povede k návrhu metaloproteinů s definovanými vlastnostmi.
|
|
|
Fasciolidní motolice: od genů k diagnostice
Ježková, Monika ; Leontovyč, Roman (vedoucí práce) ; Sojka, Daniel (oponent)
Motolice z čeledi Fasciolidae jsou parazité savců včetně člověka. Veterinárně a medicínsky významné druhy, vyskytující se i na území České Republiky, jsou Fasciola hepatica a Fascioloides magna. Fascioloides magna a F. hepatica infikují široké spektrum divokých i domácích přežvýkavců, v případě F. hepatica může být infikován i člověk. Obě motolice jsou zodpovědné za závažná poškození jaterního parenchymu či žlučovodů u jejich definitivního hostitele, což je příčinou ztráty hmotnosti, anémie, snížené produkce mléka a v některých případech i smrti hostitele. Klíčovou roli při kontrole infekce F. hepatica a F. magna hraje účinná a včasná diagnostika. Nejrosšířenější diagnostické metody jsou založené převážně na sérodiagnostických metodách využívajících specifické antigeny např. exkrečně-sekreční produkty (ESP). Diagnostické markery založené na ESP mohou být díky jejich heterogenitě nespecifické, a také reprodukovatelnost takové metody je značně omezená. Při diagnostice fasciolidních motolic se používají také konkrétní proteiny obsažené v ESP. Tento přístup však vyžaduje biologický materiál a laboratorní postupy, spojené s identifikací, purifikací a testováním antigenicity vybraných proteinů. Aktuální rozvoj paralelních sekvenačních technologií generuje obrovské množství genomových, transkriptomových a...
|
|
|
Modelling of the interaction of proteins and peptides with metal ions
Gutten, Ondrej ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Modelování interakce proteinů a peptidů s kovovými ionty. Ondrej Gutten - Diplomová práce Klíčová slova: Metaloproteiny, selektivita pro ionty kovů, in silico predikce Abstrakt: Byla navržena metoda pro in silico predikci a odhad schopnosti vybraných peptidů selektivně vázat ionty kovů. Dále byly důkladně otestovány použitelnost a omezení navržené metody. Studie je rozdělena do tří částí. První část se zabývá použitelností dvou kvantově- chemických metod (DFT, MP2) pro navržený přístup. Testování zahrnuje porovnání s referenčními výsledky získanými metodou CCSD(T), analýzu vlivu použité báze atomových orbitalů, porovnání obou metod při optimalizaci geometrie a analýzu použitého modelu reprezentujícího vodní prostředí. Ve druhé části jsou porovnávány výsledky predikce selektivity vazby iontů kovů v modelových peptidech a v jednoduchých systémech z nich odvozených. Poslední část diplomové práce popisuje první krok v rozsáhlé snaze prozkoumat obrovské množství jednoduchých modelových systémů, která povede k návrhu metaloproteinů s definovanými vlastnostmi.
|
host ::
RSS.