|
|
Vyhledávání enzymů v metagenomických datech
Smatana, Stanislav ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Hon, Jiří (vedoucí práce)
Hlavným cieľom tejto práce bolo navrhnúť a implementovať systém, ktorý by bol na zák- lade vstupnej sekvencie enzýmu schopný vyhľadať v metagenomickej vzorke nové enzýmy s rovnakou funkciou. Aby bolo možné garantovať, že nájdené varianty skutočne katalyzujú rovnakú reakciu, je nutné ich katalytickú funkciu bližšie overiť. Jedným z hlavných prínosov tejto práce je práve návrh, implementácia a testovanie metód pre verifikáciu katalytickej funkcie. Experimenty ukázali, že navrhnuté metódy dosahujú senzitivitu 89%, špecificitu 95%, hodnoty metriky AUC nad 0,9 a v priemere dokážu na osobnom počítači vykonať 1 203 verifikácií za sekundu. Okrem toho bola počas testovania objavená čiastočná sekven- cia nového enzýmu z rady halogénalkán dehalogenáz. Implementovaný systém je schopný fungovať na osobnom počítači, ako aj na distribuovanom systéme typu grid.
|
|
|
Detection of Homologous Enzymes
Gajdoš, Pavel ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
This work deals with detection of homologous enzymes in protein databases. Its goal is to design a tool providing such a search. The reader is familiarized with a basic theoretical knowledge regarding proteins, enzymes, homology, but also with existing tools for detection of homologous proteins and enzymes. The further concern of this work is with evaluation of existing tools for detection of homologous enzymes. For the purpose of assessment, a testing dataset was created altogether with an algorithm for evaluation of particular tools. The next part comprises a design and implementation of a new method for detection of homologous enzymes altogether with its evaluation. Two algorithms (One-by-One algorithm and MSA algorithm) for detection of homologous enzymes are presented and compared showing that MSA algorithm is insignificantly better than One-by-One algorithm in terms of accuracy whereas in the matter of speed the latter algorithm prevails.
|
|
|
Vyhledávání enzymů v metagenomických datech
Smatana, Stanislav ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Hon, Jiří (vedoucí práce)
Hlavným cieľom tejto práce bolo navrhnúť a implementovať systém, ktorý by bol na zák- lade vstupnej sekvencie enzýmu schopný vyhľadať v metagenomickej vzorke nové enzýmy s rovnakou funkciou. Aby bolo možné garantovať, že nájdené varianty skutočne katalyzujú rovnakú reakciu, je nutné ich katalytickú funkciu bližšie overiť. Jedným z hlavných prínosov tejto práce je práve návrh, implementácia a testovanie metód pre verifikáciu katalytickej funkcie. Experimenty ukázali, že navrhnuté metódy dosahujú senzitivitu 89%, špecificitu 95%, hodnoty metriky AUC nad 0,9 a v priemere dokážu na osobnom počítači vykonať 1 203 verifikácií za sekundu. Okrem toho bola počas testovania objavená čiastočná sekven- cia nového enzýmu z rady halogénalkán dehalogenáz. Implementovaný systém je schopný fungovať na osobnom počítači, ako aj na distribuovanom systéme typu grid.
|
|
|
Detection of Homologous Enzymes
Gajdoš, Pavel ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
This work deals with detection of homologous enzymes in protein databases. Its goal is to design a tool providing such a search. The reader is familiarized with a basic theoretical knowledge regarding proteins, enzymes, homology, but also with existing tools for detection of homologous proteins and enzymes. The further concern of this work is with evaluation of existing tools for detection of homologous enzymes. For the purpose of assessment, a testing dataset was created altogether with an algorithm for evaluation of particular tools. The next part comprises a design and implementation of a new method for detection of homologous enzymes altogether with its evaluation. Two algorithms (One-by-One algorithm and MSA algorithm) for detection of homologous enzymes are presented and compared showing that MSA algorithm is insignificantly better than One-by-One algorithm in terms of accuracy whereas in the matter of speed the latter algorithm prevails.
|
host ::
RSS.