|
|
The importance of different sources and sequencing protocols in increasing the accuracy of NGS analysis in diagnostic applications
Kvapilová, Kateřina ; Kozmik, Zbyněk (vedoucí práce) ; Piherová, Lenka (oponent) ; Slabý, Ondřej (oponent)
1 Souhrn Neustálé pokroky v technologii sekvenování nové generace (NGS), jakými jsou kapacita, rychlost a snížené náklady na sekvenovaní, vedou k revoluci v personalizované medicíně, tím, jak postupně přináší genomiku do rutinní klinické praxe. NGS se stále rychle vyvíjí, avšak variabilita sekvenačních protokolů a validačních postupů je jedním z jeho problematických rysů. Cílem této práce bylo zhodnotit význam různých zdrojů vzorků a sekvenačních protokolů (od přípravy sekvenační knihovny-sekvenování-analýzi dat) pro zvýšení přesnosti NGS analýzy v diagnostických aplikacích. V první studii, provedené během vypuknutí pandemie COVID-19, jsme vyvinuli NGS protokoly vhodné pro analýzu celého genomu viru SARS-CoV-2. Následně jsme ve druhé studii zkoumali vhodnost lidské genomické DNA (gDNA) pocházející ze slin pro genomickou/genetickou analýzu vybraných variantních k tradiční gDNApocházející z krve pomocí validovaného NGS protokolu a statistického srovnání získaných dat. K ověření účinnosti sekvenačních protokolů pro analýzu celého genomu SARS-CoV-2 byly použity dva sekvenační přístupy založené na zachycení části genomu a jeden sekvenanční přístup založený na amplifikaci částí genomů. K ověření přesnosti a specifičnosti vyvinutých NGS protokolů byly použity syntetické kontroly. Prokázali jsme, že kvantifikace...
|
host ::
RSS.