|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků z DNA sekvencí
Nerušil, Václav ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Diplomová práce ze věnuje vyhledáváním CpG ostrůvků z DNA sekvencí na základě analýzy DNA spektrogramu. První část práce, teoretická, se zabývá významem CpG ostrůvku a popisem algoritmů, které se využívají nebo byly navrženy k jejich vyhledávání. Na teoretických podkladech byly realizovány dva algoritmy založené na analýze DNA spektrogramu. Jeden založen na předpokladu, že oblast CpG ostrůvku má vyšší obsah cytosinu a guaninu než oblast mimo CpG ostrůvek, a druhý na předpokladu vyššího frekvenčního výskytu CG dinukleotidu v oblasti CpG ostrůvku. Algoritmy jsou realizovány prostřednictvím programovacího rozhraní MATLAB. Za účelem zhodnocení využitelnosti a účinnosti řešení, jsou dosažené výsledky na zvolených DNA sekvencí realizovaných algoritmů porovnány s výsledky dosažených vyhledávači CpG ostrůvku, které jsou volně dostupné na internetu.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků z DNA sekvencí
Nerušil, Václav ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Diplomová práce ze věnuje vyhledáváním CpG ostrůvků z DNA sekvencí na základě analýzy DNA spektrogramu. První část práce, teoretická, se zabývá významem CpG ostrůvku a popisem algoritmů, které se využívají nebo byly navrženy k jejich vyhledávání. Na teoretických podkladech byly realizovány dva algoritmy založené na analýze DNA spektrogramu. Jeden založen na předpokladu, že oblast CpG ostrůvku má vyšší obsah cytosinu a guaninu než oblast mimo CpG ostrůvek, a druhý na předpokladu vyššího frekvenčního výskytu CG dinukleotidu v oblasti CpG ostrůvku. Algoritmy jsou realizovány prostřednictvím programovacího rozhraní MATLAB. Za účelem zhodnocení využitelnosti a účinnosti řešení, jsou dosažené výsledky na zvolených DNA sekvencí realizovaných algoritmů porovnány s výsledky dosažených vyhledávači CpG ostrůvku, které jsou volně dostupné na internetu.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků z DNA sekvencí
Nerušil, Václav ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Diplomová práce ze věnuje vyhledáváním CpG ostrůvků z DNA sekvencí na základě analýzy DNA spektrogramu. První část práce, teoretická, se zabývá významem CpG ostrůvku a popisem algoritmů, které se využívají nebo byly navrženy k jejich vyhledávání. Na teoretických podkladech byly realizovány dva algoritmy založené na analýze DNA spektrogramu. Jeden založen na předpokladu, že oblast CpG ostrůvku má vyšší obsah cytosinu a guaninu než oblast mimo CpG ostrůvek, a druhý na předpokladu vyššího frekvenčního výskytu CG dinukleotidu v oblasti CpG ostrůvku. Algoritmy jsou realizovány prostřednictvím programovacího rozhraní MATLAB. Za účelem zhodnocení využitelnosti a účinnosti řešení, jsou dosažené výsledky na zvolených DNA sekvencí realizovaných algoritmů porovnány s výsledky dosažených vyhledávači CpG ostrůvku, které jsou volně dostupné na internetu.
|
host ::
RSS.