|
|
Vývoj webového nástroje pro analýzu kalorimetrických dat
Nedeljković, Sava ; Musil, Miloš (oponent) ; Sumbalová, Lenka (vedoucí práce)
Proteiny jsou organické molekuly složené z aminokyselin, které jsou přítomny ve všech živých organizmech. Jsou to hlavní stavební prvky života. Zkoumání stability proteinů má velké uplatnění ve farmaceutickém, biochemickém a zdravotnickém průmyslu, proto je o něj velký zájem. Stabilitu proteinu a mnoho dalších vlastností lze stanovit pozorováním jeho mechanismu rozkládání. Diferenciální skenovací kalorimetrie (DSC) se ukázala jako velmi přesná metoda pro tento úkol. Cílem této práce je zlepšit funkce softwaru CalFitter, který analyzuje data získaná z experimentů DSC. Nové funkce softwaru umožňují automaticky vypočítat počáteční parametry, které jsou potřebné pro úspěšnou analýzu.
|
|
|
Acceleration of Photoacoustic Imaging
Nedeljković, Sava ; Bordovský, Gabriel (oponent) ; Jaroš, Jiří (vedoucí práce)
The goal of this thesis is to provide a new method of image reconstruction out of data generated using Photo-Acoustic imaging. Photo-Acoustic imaging is a very popular biomedical in-vivo imaging modality based on the non-invasive laser-induced generation of ultrasound waves recorded by the acoustic sensors, during which very large amounts of data are generated. The amount of data makes the image reconstruction process very time-consuming. This thesis demonstrates image reconstruction using Back-Projection, an algorithm that is simple enough to be optimized for execution on modern accelerated processor architectures. Two versions of this algorithm are designed: from the perspective of the pixel and from the perspective of the sensor. Both versions are implemented using 3 different execution acceleration methods: vector-level parallelism, thread-level parallelism, and parallelism on the Graphical Processing Unit (GPU). All 3 implementations of both algorithm versions are tested and their results are compared to the much slower but more accurate Time-Reversal reconstruction method. The results have shown that the GPU parallelism implementation offers the fastest execution, which is faster more than 200 times on average compared to the Time-Reversal method. This possibly makes it suitable even for real-time applications.
|
|
|
Acceleration of Photoacoustic Imaging
Nedeljković, Sava ; Bordovský, Gabriel (oponent) ; Jaroš, Jiří (vedoucí práce)
The goal of this thesis is to provide a new method of image reconstruction out of data generated using Photo-Acoustic imaging. Photo-Acoustic imaging is a very popular biomedical in-vivo imaging modality based on the non-invasive laser-induced generation of ultrasound waves recorded by the acoustic sensors, during which very large amounts of data are generated. The amount of data makes the image reconstruction process very time-consuming. This thesis demonstrates image reconstruction using Back-Projection, an algorithm that is simple enough to be optimized for execution on modern accelerated processor architectures. Two versions of this algorithm are designed: from the perspective of the pixel and from the perspective of the sensor. Both versions are implemented using 3 different execution acceleration methods: vector-level parallelism, thread-level parallelism, and parallelism on the Graphical Processing Unit (GPU). All 3 implementations of both algorithm versions are tested and their results are compared to the much slower but more accurate Time-Reversal reconstruction method. The results have shown that the GPU parallelism implementation offers the fastest execution, which is faster more than 200 times on average compared to the Time-Reversal method. This possibly makes it suitable even for real-time applications.
|
|
|
Vývoj webového nástroje pro analýzu kalorimetrických dat
Nedeljković, Sava ; Musil, Miloš (oponent) ; Sumbalová, Lenka (vedoucí práce)
Proteiny jsou organické molekuly složené z aminokyselin, které jsou přítomny ve všech živých organizmech. Jsou to hlavní stavební prvky života. Zkoumání stability proteinů má velké uplatnění ve farmaceutickém, biochemickém a zdravotnickém průmyslu, proto je o něj velký zájem. Stabilitu proteinu a mnoho dalších vlastností lze stanovit pozorováním jeho mechanismu rozkládání. Diferenciální skenovací kalorimetrie (DSC) se ukázala jako velmi přesná metoda pro tento úkol. Cílem této práce je zlepšit funkce softwaru CalFitter, který analyzuje data získaná z experimentů DSC. Nové funkce softwaru umožňují automaticky vypočítat počáteční parametry, které jsou potřebné pro úspěšnou analýzu.
|
host ::
RSS.