|
|
Determinants of the splice site selection in protein-coding and long non-coding RNAs
Krchňáková, Zuzana ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Svoboda, Petr (oponent) ; Blažek, Dalibor (oponent)
Ve své dizertační práci jsem se zaměřila na několik málo proskoumaných oblastí regulace sestřihu RNA. V první části jsem analyzovala, jak chromatinové a transkripční regulační elementy mění sestřih pre-mRNA. Ve druhé části jsem studovala, proč jsou dlouhé nekódující RNA méně efektivně stříhané než mRNA kódující proteiny. Nakonec jsem zkoumala důležitost intronu pro aktivační funkci dlouhých nekódujících RNA. Bylo ukázáno, že chromatin a promotor mění alternativní sestřih. Zde jsem testovala, zda lokální chromatinové a vzdálené genomové prvky, které ovlivňují transkripci, mohou také modulovat sestřih. Použila jsem enzymy modifikující histony a pomocí TALE technologie je navedla na specifické oblasti ve FOSL1 genu. Pomocí tohoto přístupu jsem ukázala, že změny metylace v lyzínu 9 histónu H3 ovlivňují konstitutivní sestřih. Navíc podávám důkaz, že odstranení transkripčního zesilovače vzdáleného několik kilobází od alternativního exonu mění sestřih alternativního exonu. Mnohé dlouhé nekódujíci RNA podléhají stejnému mechanizmu zpracování jako pre- mRNA genů kódujících proteiny, ale často jsou neefektivně sestřiženy. Abychom identifikovali základní mechanismy tohoto jevu, hledali jsme možné inhibiční sekvence sestřihu u těchto dlouhých nekódujících RNA. Celogenomová analýza ukázala, že obecně dlouhé...
|
|
|
Determinants of the splice site selection in protein-coding and long non-coding RNAs
Krchňáková, Zuzana ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Svoboda, Petr (oponent) ; Blažek, Dalibor (oponent)
Ve své dizertační práci jsem se zaměřila na několik málo proskoumaných oblastí regulace sestřihu RNA. V první části jsem analyzovala, jak chromatinové a transkripční regulační elementy mění sestřih pre-mRNA. Ve druhé části jsem studovala, proč jsou dlouhé nekódující RNA méně efektivně stříhané než mRNA kódující proteiny. Nakonec jsem zkoumala důležitost intronu pro aktivační funkci dlouhých nekódujících RNA. Bylo ukázáno, že chromatin a promotor mění alternativní sestřih. Zde jsem testovala, zda lokální chromatinové a vzdálené genomové prvky, které ovlivňují transkripci, mohou také modulovat sestřih. Použila jsem enzymy modifikující histony a pomocí TALE technologie je navedla na specifické oblasti ve FOSL1 genu. Pomocí tohoto přístupu jsem ukázala, že změny metylace v lyzínu 9 histónu H3 ovlivňují konstitutivní sestřih. Navíc podávám důkaz, že odstranení transkripčního zesilovače vzdáleného několik kilobází od alternativního exonu mění sestřih alternativního exonu. Mnohé dlouhé nekódujíci RNA podléhají stejnému mechanizmu zpracování jako pre- mRNA genů kódujících proteiny, ale často jsou neefektivně sestřiženy. Abychom identifikovali základní mechanismy tohoto jevu, hledali jsme možné inhibiční sekvence sestřihu u těchto dlouhých nekódujících RNA. Celogenomová analýza ukázala, že obecně dlouhé...
|
|
|
Role of the ubiquitin-like protein, Hub1, in the pre-mRNA splicing regulation
Hubáčková, Tereza ; Abrhámová, Kateřina (vedoucí práce) ; Krchňáková, Zuzana (oponent)
Sestřih je klíčovým krokem eukaryotické genové exprese, a stejně tak jako ostatní kroky tohoto životně důležitého procesu, musí být pevně regulován. Protein Hub1 je proteinem podobným ubiquitinu, který nekovalentně interaguje se spliceosomovými proteiny Snu66 a Prp5 ATPázou. Podle navrženého modelu nízká hladina proteinu Hub1 stimuluje ATPázovou aktivitu Prp5 proteinu dostatečně pro sestřih optimálních sestřihových míst, ale už ne pro sestřih suboptimálních míst. Nicméně vysoká hladina Hub1 proteinu je dostatečná pro stimulaci Prp5 ATPázy pro sestřih obou typů sestřihových míst. Jelikož sestřih suboptimálních substrátů může generovat jako vedlejší produkt aberantně sestřižené transkripty, přílišná aktivita proteinu Hub1 by mohla být pro buňku škodlivá. Před rizikem hyperaktivního proteinu Hub1 chrání buňku negativní zpětnovazebná smyčka regulující hladinu Prp5 ATPázy. Tato smyčka je proteinem Hub1 indukována. Navíc Hub1 protein reguluje alternativní sestřih genu SRC1 Saccharomyces cerevisiae a zajišťuje tak náležitou rovnováhu jeho produktů.
|
host ::
RSS.