|
|
Detekce skrytých přenašečů dědičné katarakty u psů pomocí PCR
FARKOVÁ, Barbora
Dědičná katarakta je jednou z nejrozšířenějších onemocnění očí u psů. U psů plemene Stafordšírský bullteriér došlo k tak masivnímu rozšíření této dědičné nemoci, že je v České republice zavedeno povinné testování alespoň jednoho jedince z chovného páru. Jedná se o degenerativní onemocnění čočky, kdy postižený jedinec do 3 let trvale oslepne. V České republice se již delší dobu nevyskytují jedinci postiženi touto nemocí, ale stále se objevují skrytí přenašeči, které je třeba odhalit, aby nežádoucí alely mohly být vyloučeny z genofondu. Cílem této práce bylo otestovat jednoduché metody odběrů biologického materiálu, vyzkoušet je v praxi a ověřit, zda jsou vhodné k izolaci DNA a dále otestovat alternativní metodu molekulární detekce tohoto onemocnění. Celkem byly odebrány stěry bukální sliznice od 23 psů a fen plemene Stafordšírský bullteriér. Detekce skrytých přenašečů dědičné katarakty se prováděla pomocí PCR analýzy se specifickými primery. Získané amplikony byly detekovány pomocí gelové a čipové elektroforézy a pomocí fragmentační analýzy. Detekce přenašečů byla založena na přítomnosti 2 amplikonů (detekce heterozygotů). V mé práci jsem došla k závěru, že pro detekci skrytých přenašečů je nutné používat fragmentační analýzu z důvodu rozdílu pouze jedné báze ve sledovaném úseku DNA. Gelová ani čipová elektroforéza neposkytuje tak vysoké rozlišení a není možné detekovat dva fragmenty lišící se pouze o jeden bp. Jako nejvhodnější metodu odběru DNA jsem zvolila stěry bukální sliznice cytologickým kartáčkem a izolaci DNA metodou chelex s následným přečištěním vzorku.
|
|
|
Potvrzení výskytu \kur{Beauveria caledonica} v NP Šumava pomocí metod molekulárních markerů
BINDER, Richard
Biologická ochrana rostlin proti hmyzím škůdcům představuje významnou alternativu vůči ochraně chemické. Jedna z velmi významných skupin, použitelných v biologické ochraně rostlin proti hmyzím škůdcům jsou entomopatogenní houby. Entomopatogenní houby jsou mikroskopické houby, které jsou schopny vyvolávat primární onemocnění hmyzích škůdců. Je to druhově velmi heterogenní skupina a celosvětově bylo izolováno a popsáno více než 750 druhů entomopatogenních hub. Mezi nejvýznamnější rody entomopatogenních hub patří rod Beauveria. V České republice byl zaznamenán výskyt rodů B. bassiana, B. brongniartii a nově, na základě této práce, B. caledonica. Tato studie je zaměřena na potvrzení výskytu B. caledonica v NP Šumava. K potvrzení výskytu byly využity analýzy založené na metodách molekulárních markerů. Molekulární markery jsou nepostradatelnou součástí vědy v oblasti mykologie zahrnující například popis kmenů, populační genetiku, detekci a identifikaci hub, fylogenetické studie a evoluční biologii. Pro tuto studii byly použity sekvenační analýzy regionů ITS, EF1- a LSU. Výstupní data těchto analýz byla použita na vytvoření fylogenetických stromů. Výsledkem je druhové zařazení zkoumaných izolátů.
|
|
| |
|
|
Biosystematic studies in the family Cyperaceae
KOŠNAR, Jan
Práce se zaměřila na mikroevoluční mechanismy přispívající k morfologické rozmanitosti vybraných zástupců čeledi šáchorovitých (Cyperaceae). Bylo zjištěno, že přirozená hybridizace, prokázaná na základě morfologických i molekulárních znaků, je pravděpodobně důležitým zdrojem diverzifikace tropických bahniček (Eleocharis) podrodu Limnochloa. U polymorfního druhu ostřice obecné (Carex nigra) byla jako převažující příčina existence odlišných morfotypů odhalena silná fenotypová plasticita. Genetická (ekotypová) diferenciace mezi morfotypy C. nigra byla vzácná, z čehož vyplývá, že uplatňování úzkého taxonomického pojetí a vyčleňování dalších druhů je v případě C. nigra nevhodné.
|
|
|
Využití molekulárních markerů ve šlechtitelských programech řepky
KRISTINOVÁ, Helena
Ve snaze zvýšit produkci je šlechtění zaměřeno na linie využitelné pro tvorbu F1 hybridů. Samčí sterilita a autoinkompatibilita by zde pak mohla najít významné uplatnění. Velké naděje jsou v posledních letech vkládány do tzv. molekulárních metod, tedy postupů, které v našem případě využívají molekulárně-genetických technik, které jsou rychlejší, spolehlivější a hlavně specifičtější než klasické postupy založené na morfologických deskriptorech. Cílem diplomové práce byla optimalizace metod PCR analýzy a vývoj markerů pro selekci cílových rostlin v programech hybridního šlechtění řepky. V diplomové práci byl testován nový marker detekující gen obnovy fertility (Rf) u rostlinného materiálu CMS Ogu-INRA. Primerový pár RsPPRF2/RsPPRR2 byl vytvořen v kódující oblasti pro PPR-B protein, který se podílí na obnově fertility u CMS Ogu-INRA. Navržené primery BrSLGIIF/BrSLGIIR se testovaly u AI rostlin. Nejoptimálnější teplota nasedání testovaných primerů BrSLGIIF/BrSLGIIR byla z testovaného rozmezí 58 °C. Přesto docházelo k amplifikaci i u AK rostlin. U nově navržených primerů byla provedena optimalizace podmínek PCR reakce. S použitím dostupných primerů e/f byl technikou PCR-RFLP testován soubor F1 hybridů vzniklých po křížení AI linií s odlišnými S II haplotypy, za účelem detekce možného polymorfimu.
|
|
| |
|
|
Možnosti techniky AFLP ve studiu genetické struktury populací Beauveria bassiana
BERANOVÁ, Kristina
Beauveria bassiana je hojně využívaná v biologické kontrole proti hospodářsky významným škůdcům. Detekce jak morfologického, tak genetického polymorfismu mezi jednotlivými izolovanými druhy a kmeny v přirozeném prostředí je důležitá ke studiu jejich šíření a působení v ekosystému. Cílem této studie bylo zjistit, v jakém vztahu jsou {\clqq}lokální kmeny`` s ekologickými aspekty biologické kontroly v chráněné zóně a zhodnotit polymorfismus u populace sebrané v NP Šumava a exotických kmenů pomocí metod molekulárních markerů. Bylo analyzováno 39 kmenů odebraných v Šumavském a Krkonošském Národním parku v České republice a 11 kmenů z různých zemí světa. Polymorfismus těchto kmenů byl zjišťován pomocí různých metod a přístupů molekulárních markerů na základě DNA. V této studii je genetická variabilita hodnocena pomocí AFLP markerů. Z výsledků bylo zjištěno, že populace pocházející z NP Šumava je velmi uzavřená a {\clqq}lokální kmeny`` lze díky těmto metodám velmi dobře charakterizovat i ve srovnání s jinými kmeny z odlišných částí České republiky i z jiných zemí. Díky těmto screeningovým analýzám byl ujednocen vzorek Bba I101. Na jehož základě byl použit preparát proti lýkožroutu smrkovému (Ips typographus), který se vyskytuje se v Národním parku Šumava v České republice. Tato studie byla podporována granty GAČR 521/08/H042, MSM 60076658-06, MZP SP/2d1/41/08.
|
|
|
Analýza low-copy sekvencí a její využití pro hodnocení polymorfismu kmenů/izolátů \kur{Beauveria bassiana}
JOZOVÁ, Eva
Beauveria bassiana je využívaná v biologické kontrole proti hospodářsky významným škůdcům. Detekce morfologického i genetického polymorfismu mezi jednotlivými izolovanými druhy a kmeny v přirozeném prostředí je důležitá ke studiu jejich šíření a působení v ekosystému. Cílem této studie bylo zjistit, v jakém propojení jsou {\clqq}lokální kmeny`` s ekologickými aspekty biologické kontroly v chráněné zóně a zhodnotit polymorfismus jednotlivých úseků pomocí metod molekulárních markerů. Bylo analyzováno 36 kmenů odebraných v Národním parku Šumava v České republice. Polymorfismus těchto kmenů byl zjišťován podle sekvencí LSU (28S velká podjednotka ribosomální DNA). Vypozorovali jsme, že populace pocházející z Národního parku Šumava je velmi uzavřená. {\clqq}Lokální kmeny`` lze díky těmto metodám velmi dobře charakterizovat i ve srovnání s jinými kmeny z odlišných částí České republiky i z jiných zemí. Populace z Národního parku Šumava nevykazuje žádné rozdíly v polymorfismu. Díky této analýze byl ujednocen vzorek Bba I101. Tento preparát je opětovně používán na lýkožrouta smrkového, vyskytujícího se v Národním parku Šumava v České republice. Tato studie byla podporována granty GAČR 521/08/H042, MSM 60076658-06, MZP SP/2d1/41/08.
|
|
|
Diagnostika druhových komplexů čeledi Adelgidae na základě molekulárních markerů
CHUNDELOVÁ, Daniela
Bylo testováno 5 molekulárních markerů (mt AT-control region, COI, nukleární ITS a markery z genomu endosymbionta Buchnera sp. - argS,rrs) pro jejich použití k rozdělení druhových komplexů u 2 rodů z čeledi Adelgidae. Úspěšně naamplifikovány a osekvenovány byly markery COI, argS, rrs. Sekvence byly použity k vytvoření fylogenetických stromů. Tyto markery jsou vhodné k rozdělení rodů, k rozlišení na druhové úrovni budou testovány další markery.
|
|
|
Využití techniky PCR-RFLP pro hodnocení polymorfismu ITS regionu u kmenů \kur{Beauveria bassiana}
KOCKOVÁ, Lucie
Cílem této práce bylo posouzení vhodnosti techniky PCR-RFLP a analýzy ITS regionu pro účely hodnocení genetické variability entomopatogenních hub - Beauveria bassiana, Beauveria brongniartii a Isaria fumosorosea. Na základě analýzy ITS-RFLP kmeny B. bassiana původem z NP Šumava tvořily jednu homogenní skupinu, zatímco kmeny B.bassiana z jiných geografických lokalit vykazovaly vyšší stupeň polymorfismu a došlo k jasnému odlišení různých druhů entomopatogenních hub použitých v této studii.
|
host ::
RSS.