|
|
Zavedení metod RAD sekvenování do výzkumu genetické struktury ježků rodu Erinaceus
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Ježci rodu Erinaceus představují důležitý modelový organismus pro studium postglaciální rekolonizace Evropy a procesů probíhajících v místech sekundárního kontaktu jejich areálů. V této práci bylo použito celkem pět jedinců ježka východního (Erinaceus roumanicus), čtyři jedinci ježka západního (Erinaceus europaeus) a jeden předpokládaný hybrid. Geografická distribuce jedinců využitých v analýze pokrývá oblast střední Evropy, nicméně v dalším výzkumu bude tento dataset dále rozšířen na celou oblast západního palearktu. Hlavním cílem práce bylo zavedení nové metody do výzkumu ježků, díky níž je možné zmapovat celoareálovou populačně-genomickou strukturu rodu Erinaceus v západním palearktu. Metodou RADSeq (Restriction-site associated DNA sequencing) lze získat polymorfní markery, např. právě námi použité SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), napříč genomem. V této práci bylo analyzováno celkem 16382 pozic SNPs. Za použití binárního souboru dat, označujícího přítomnost a nepřítomnost SNP u jednotlivých druhů, nebyly plně potvrzeny hypotézy vyslovené na základě analýz klasických genetických markerů z předchozích studií. V dalším výzkumu bude potřeba ověřit možný výskyt artefaktů vzniklých při bioinformaticky náročné analýze genomických dat. Na druhou stranu práce založené na klasické genetice mají...
|
|
|
Genetická struktura invazních populací savců na ostrovech
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Hájková, Petra (oponent)
Biologickou invazi chápeme jako zavlečení (introduction), ustálení se (establishment) a rozšíření (spread) organismu do nové, pro druh nepůvodní oblasti. Jedná se o přirozený proces, který je výrazně znásoben činností člověka a je jedním z faktorů ohrožujících biologickou diverzitu a stabilitu přirozených ekosystémů. Porozumět vývoji i současnému stavu invazních populací je důležité zejména při plánování projektů na vyhubení invazních druhů z určité oblasti, aby se zabránilo jejich negativnímu vlivu na prostředí. Jednou z možností výzkumu současného stavu invazních populací i jejich historie je analýza genetického materiálu. Tato bakalářské práce shrnuje dosavadní poznatky o invazních populacích malých savců na ostrovech, se zaměřením právě na genetické studie. Konkrétně se jedná o studie potkanů obecných (Rattus norvegicus) na ostrově Moturemu a pěti souostroví u pobřeží Bretaně; krys obecných (Rattus rattus) na ostrově Guadeloupe, Congo Cay, Madagaskar, na souostroví Sainte Anne a Kanárských ostrovech; krys ostrovních (Rattus exulans) na ostrově Tatiaroa; myší domácích (Mus musculus) na ostrově Marion; myší západoevropských (Mus musculus domesticus) na Kerguelenových ostrovech; veverek obecných (Sciurus vulgaris) na ostrově Jersey; ježků západních (Erinaceus europaeus) na Novém Zélandu; rejsků malých...
|
|
|
Zavedení metod RAD sekvenování do výzkumu genetické struktury ježků rodu Erinaceus
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Ježci rodu Erinaceus představují důležitý modelový organismus pro studium postglaciální rekolonizace Evropy a procesů probíhajících v místech sekundárního kontaktu jejich areálů. V této práci bylo použito celkem pět jedinců ježka východního (Erinaceus roumanicus), čtyři jedinci ježka západního (Erinaceus europaeus) a jeden předpokládaný hybrid. Geografická distribuce jedinců využitých v analýze pokrývá oblast střední Evropy, nicméně v dalším výzkumu bude tento dataset dále rozšířen na celou oblast západního palearktu. Hlavním cílem práce bylo zavedení nové metody do výzkumu ježků, díky níž je možné zmapovat celoareálovou populačně-genomickou strukturu rodu Erinaceus v západním palearktu. Metodou RADSeq (Restriction-site associated DNA sequencing) lze získat polymorfní markery, např. právě námi použité SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), napříč genomem. V této práci bylo analyzováno celkem 16382 pozic SNPs. Za použití binárního souboru dat, označujícího přítomnost a nepřítomnost SNP u jednotlivých druhů, nebyly plně potvrzeny hypotézy vyslovené na základě analýz klasických genetických markerů z předchozích studií. V dalším výzkumu bude potřeba ověřit možný výskyt artefaktů vzniklých při bioinformaticky náročné analýze genomických dat. Na druhou stranu práce založené na klasické genetice mají...
|
|
|
Genetická struktura invazních populací savců na ostrovech
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Hájková, Petra (oponent)
Biologickou invazi chápeme jako zavlečení (introduction), ustálení se (establishment) a rozšíření (spread) organismu do nové, pro druh nepůvodní oblasti. Jedná se o přirozený proces, který je výrazně znásoben činností člověka a je jedním z faktorů ohrožujících biologickou diverzitu a stabilitu přirozených ekosystémů. Porozumět vývoji i současnému stavu invazních populací je důležité zejména při plánování projektů na vyhubení invazních druhů z určité oblasti, aby se zabránilo jejich negativnímu vlivu na prostředí. Jednou z možností výzkumu současného stavu invazních populací i jejich historie je analýza genetického materiálu. Tato bakalářské práce shrnuje dosavadní poznatky o invazních populacích malých savců na ostrovech, se zaměřením právě na genetické studie. Konkrétně se jedná o studie potkanů obecných (Rattus norvegicus) na ostrově Moturemu a pěti souostroví u pobřeží Bretaně; krys obecných (Rattus rattus) na ostrově Guadeloupe, Congo Cay, Madagaskar, na souostroví Sainte Anne a Kanárských ostrovech; krys ostrovních (Rattus exulans) na ostrově Tatiaroa; myší domácích (Mus musculus) na ostrově Marion; myší západoevropských (Mus musculus domesticus) na Kerguelenových ostrovech; veverek obecných (Sciurus vulgaris) na ostrově Jersey; ježků západních (Erinaceus europaeus) na Novém Zélandu; rejsků malých...
|
host ::
RSS.