|
|
Analýza různých typů autofagie v diferencovaných buňkách kvasinkových kolonií
Nejedlý, Adam ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Groušl, Tomáš (oponent)
Kvasinky Saccharomyces cerevisiae tvoří na pevnem agařovem mediu difeřencovane kolonie, kteře připomínají jednoduche mnohobunecne ořganismy. Lze u nich pozořovat podobnosti i s fungovaním vyssích ořganismu a střuktuřy nekteřych dřah mohou byt analogicke inteřakci řakovinnych bunek se zdřavymi bunkami v lidskych tkaních. Spolu s chřonologickym stařnutím řostoucí kvasinkove kolonie a postupnym vyceřpaním zivin v mediu difeřencují na nekolik bunecnych typu, zejmena na tzv. U (Upper) a L (Lower) bunky. Oba bunecne typy se lisí mořfologií i metabolismem, U bunky chařakteřizuje přítomnost nekolika vakuol, nizsí uřoven řespiřace, synteza zasobních latek a vetsí odolnost přoti střesu. L bunky naopak zpřavidla obsahují jednu velkou vakuolu, řespiřující mitochondřie a je u nich zvysena aktivita nekteřych degřadacních dřah. Jsou take mene odolne vuci střesu a vykazují mensí zivotnost. Spodní L bunky poskytují ve stařnoucí kolonii mateřial a ziviny hořním U bunkam, kteře díky tomu dele přeckají období hladovení. Jedním z dulezitych přocesu, kteře se vyskytují zejmena u zivotaschopnejsích U bunek, je autofagie. Jedna se o dřahu uřcenou k degřadaci řady poskozenych nebo nepotřebnych bunecnych komponent ve vakuole. Cílem diplomove přace bylo pomocí fluořescencní mikřoskopie a přoteinove analyzy přokazat...
|
|
|
Analysis of functional interaction between PKN3 kinase and CARMIL1 protein
Novotná, Petra ; Rösel, Daniel (vedoucí práce) ; Groušl, Tomáš (oponent)
Pohyblivost nádorových buněk a cytoskeletální přestavby jsou zásadní pro tvorbu metastáz. Tyto komplexní změny zahrnují mnoho buněčných procesů ovlivňovaných mnoha různými proteiny. Jedním z takových proteinů je i Ser/Thr kináza PKN3. Bylo prokázáno, že tato kináza má zásadní význam pro tvorbu metastáz u některých agresivních typů rakoviny prsu a prostaty. Zajímavé je, že kináza PKN3 není důležitá pouze u zhoubných nádorů, ale také v běžných tkáních. V endoteliálních buňkách kináza PKN3 ovlivňuje jejich adhezi, anebo v osteoklastech pomáhá regulovat jejich schopnost resorpce kostí. Vliv kinázy PKN3 na malignitu nádorů a pohyblivost buněk je dobře zdokumentován, ale mechanismus jejího účinku je stále nejasný. Z toho důvodu se naše laboratoř snaží identifikovat nové substráty a interakční partnery kinázy PKN3. Tato práce se zabývá novým potenciálním substrátem kinázy PKN3, proteinem CARMIL1. Tento protein se podílí na přestavbách aktinového cytoskeletu regulací polymerace aktinu, čímž ovlivňuje buněčnou motilitu. V této práci předkládáme důkaz o tom, že kináza PKN3 interaguje s proteinem CARMIL1. Klíčová slova: PKN3, CARMIL1, aktinový cytoskelet, rakovina, invazivita
|
|
|
Faktory ovlivňující buněčnou adhesi a tvorbu kvasinkových biofilmů na pevném povrchu
Světlíková, Daniela ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Groušl, Tomáš (oponent)
Kvasinky jsou jednobuněčné mikroorganismy, které se přirozeně shlukují a tvoří mnohobuněčné strukturované útvary. Jedním z těchto útvarů je biofilm, jehož klíčové vlastnosti jsou u kvasinky Saccharomyces cerevisiae podmíněny expresí genu FLO11. Rozsáhlý promotor genu FLO11 je cílem několika drah a faktorů, výsledkem je složitá regulace tohoto genu. Mezi regulátory genu FLO11 patří i konzervované proteiny Cyc8p a Tup1p, které hrají roli v regulaci mnoha procesů, a to především jako korepresorový komplex. V předchozích letech byl v naší laboratoři prokázán antagonistický efekt regulátorů Cyc8p a Tup1p na adhezi kmene BRF (Nguyen et al., 2018). Ve své práci jsem mimo jiné zjišťovala, zda tato regulace platí i u vytipovaného klinického izolátu S. cerevisiae YJM320 a zda stejně jako u kmene BRF funguje pozitivní regulace FLO11 přes Tup1p a negativní regulace přes Cyc8p nebo je u tohoto kmene jejich vliv odlišný. Širším cílem mé práce byla identifikace role různých faktorů na adhezi, jakožto na první krok při tvorbě biofilmu. Má práce začínala testováním vlivu živin a teploty na adhezi kmenů BY, BRS a BRF a pokračovala testováním adheze vybraných klinických izolátů Saccharomyces cerevisiae a kmenů Candida glabrata za odlišných podmínek. Právě během těchto testů byl vytipován kmen Saccharomyces cerevisiae...
|
|
|
Exprese genů podílejících se na chronogickém stárnutí v kvasinkových mnohobuněčných strukturách.
Fedorová, Viktória ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Groušl, Tomáš (oponent)
Kvasinka Saccharomyces cerevisiae tvoří strukturované mnohobuněčné populace, které v průběhu růstu procházejí několika růstovými fázemi v závislosti na množství přítomných živin v médiu. Poslední růstovou fazí je tzv. chronologické stárnutí, v průběhu kterého se buňky dělí jen minimálně a dochází k tvorbě fyziologicky i metabolicky odlišných subpopulací. Cílem této práce je popsat expresi a buněčnou lokalizaci vybraných genů, které mohou sloužit jako markerové geny specificky exprimované během jednotlivých růstových fází kvasinkových mnohobuněčných populací ve fermentativním a respiračním médiu. Vybrané geny byly metodou transformace fluorescenčně označené připojením GFP proteinu a následně analyzované v průběhu růstu v tekutých médiích. Kmeny se specifickou expresí, lokalizací nebo výraznými rozdíly v expresi mezi dvěma zdroji uhlíku byly analyzovány pomocí Western blot analýzy proteinů a během růstu na pevných médiích ve formě mikrokolonií. Na základě množství exprimovaného proteinu v buňkách bylo vybráno 5 genů, které byly specificky exprimovány během exponenciální a stacionární fáze růstu a jejich exprese nebo lokalizace se výrazně lišila při růstu na fermentativním a respiračním médiu. Klíčová slova: kvasinky, růstové fázy, exprese genů, fermentace, respirace
|
|
|
Biogeneze Na+/H+ antiporterů plasmatické membrány eukaryotních buněk
Černá, Karolína ; Zimmermannová, Olga (vedoucí práce) ; Groušl, Tomáš (oponent)
Sekreční dráha je proces, který slouží k maturaci asi jedné třetiny proteinů vznikajících během proteosyntézy. Správné fungování každého membránového proteinu závisí na jeho efektivním přenosu do cílové membrány. Důležitou skupinou proteinů, které interagují s maturujícími proteiny a zajišťují jejich průchod sekreční dráhou, jsou cargo receptory. Pomáhají vznikajícím proteinům se zainkorporovat do COPII váčků, pomocí nichž se exportují z endoplasmatického retikula do Golgiho aparátu. Mezi charakterizované cargo receptory patří kvasinkový Erv14. Na základě podobnosti s tímto cargo receptorem bylo identifikováno několik homologních cargo receptorů také u vyšších eukaryot, včetně člověka. Mezi membránové proteiny, které procházejí sekreční dráhou a jejichž biogeneze vyžaduje přítomnost cargo receptoru, patří Na+ /H+ antiportery. Cílem této bakalářské práce je popsat mechanismus biogeneze proteinů v eukaryotních buňkách a shrnout současné poznatky o úloze cargo receptoru Erv14 a jeho lidských homologů CNIH1-4 v biogenezi transportérů monovalentních kationtů, včetně Na+ /H+ antiporterů. Klíčová slova: Na+ /H+ antiportery, Erv14, CNIH, cargo receptor, sekreční dráha
|
|
|
Metody sledování buněčných procesů v reálném čase
Švecová, Iva ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Groušl, Tomáš (oponent)
Cílem této práce je poskytnout přehled metod využívaných ke sledování procesů v živých buňkách v reálném čase se zaměřením na sledování signálních drah. První, neobsáhlejší část práce se zabývá metodami využívajícími fluorescenci, poté se zmíníme také o bioluminiscenčních metodách a metodách nevyžadujících značení. V sekci o fluorescenčních metodách si nejprve představíme typy fluoroforů a příslušné způsoby značení. Následně se podíváme na jednotlivé přístupy. Začneme dvěma způsoby designu biosenzorů, následovat budou tři metody umožňující sledování kinetiky molekul, poté se seznámíme s metodou FLIM využívanou ke sledování prostředí kolem fluoroforu a skončíme s dvěma technikami vylepšujícími rozlišení. U každé techniky si vysvětlíme její princip a uvedeme si příklady využití. Na závěr se podíváme na příklad sledování signální dráhy.
|
|
|
Role proteinu RACK1 v regulaci translace za stresových podmínek
Chvalová, Věra ; Groušl, Tomáš (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
RACK1 (Receptor pro aktivovanou proteinkinázu C 1) je evolučně konzervovaný protein s esenciální rolí ve všech studovaných eukaryotických organismech, kromě kvasinek. RACK1 byl původně popsán jako vazebný partner proteinkinázy C, ale dnes už je známá jeho významná role v dalších buněčných signalizacích, jako např. MAPK, Src nebo FAK. Díky tomu se RACK1 podílí na regulaci klíčových buněčných procesů včetně migrace, apoptózy či translace. Jako vazebný partner malé ribozomální podjednotky přispívá RACK1 k regulaci translace zprostředkováním přenosu signálů mezi buněčnými drahami a některými kompo- nenty translace, např. mezi PKC a eIF6. RACK1 má také funkci v translaci za stresových podmínek. Během stresu dochází k poklesu celkové úrovně translace, k syntéze specifických mRNA významných pro buněčnou odpověď na stres a zároveň k formování cytosolických útvarů zvaných stresové granule (SG). Stresové granule slouží k ochraně mRNA a translač- ních komponent před degradací a zároveň brání vstupu buňky do apoptózy. RACK1 byl identifikován jako jedna z mnoha komponent přítomných v SG. Lokalizace RACK1 do SG má za následek inhibici pro-apoptotických signálních drah regulovaných tímto proteinem. Cílem této diplomové práce bylo přispět k bližšímu objasnění role RACK1 v translaci obecně i za stresových podmínek....
|
|
|
Counterbalances: antagonistic regulation of fission yeast growth and proliferation under favourable conditions and stress
Hohoš, Patrik ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Groušl, Tomáš (oponent)
Mikroorganizmy sa stretávajú s dramatickými zmenami podmienok prostredia. Je pre nich preto dôležité svižne a efektívne na tieto zmeny reagovať. Nevyhnutnými pre túto schopnosť sú signalizačné dráhy. Tie dokážu vnímať široké spektrum vonkajších i vnútorných stimulov a regulovať veľké množstvo bunkových procesov. Pre jednobunkové organizmy je jednou z najdôležitejších schopností vnímanie podmienok prostredia vhodných pre rast, alebo neobvyklých stresových podmienok. Jeden z obľúbených modelových mikroorganizmov používaných na výskum signalizačných dráh je kvasinka Schizosaccharomyces pombe. Výsledky získané výskumom na tomto modelovom organizme sú aplikovateľné aj na ďalšie eukaryotické organizmy, vďaka faktu, že signalizačné dráhy sú medzi kvasinkami a ostatnými eukaryotickými organizmami vysoko konzervované. Signalizačné dráhy podporujúce proliferáciu podporujú v kvasinke bunkovú proliferáciu, rast a mitotický bunkový cyklus. Stresové signalizačné dráhy majú opačnú úlohu. Podporujú bunkovú obranu proti stresovým stimulom. Taktiež podporujú proces sexuálnej diferenciácie a meitocký bunkový cyklus. Tento princíp môže na prvý pohľad vyzerať ako mechanizmus prepínača. Ukazuje sa, že v regulácii týchto dvoch signalizačných dráh je prítomný zložitý mechanizmus interakcií, ktoré a vzájomného...
|
|
|
Heat-induced stress granules of Saccharomyces cerevisiae.
Groušl, Tomáš ; Hašek, Jiří (vedoucí práce) ; Janderová, Blanka (oponent) ; Sychrová, Hana (oponent)
(česky) Jedna ze základních charakteristik živých organismů je snaha adaptovat se na měnící se životní podmínky. Regulace translace poskytuje rychlý a široce použitelný mechanismus pro realizaci stresem indukovaných změn. Komplexy mRNA molekul a asociovaných proteinů, které se účastní translace a dalších procesů spojených s mRNA molekulami, podléhají vlivem stresu strukturním změnám. Tyto změny mohou vést k akumulaci zmíněných komplexů do struktur vyššího řádu, jako jsou stress granules (stresové granule) nebo processing bodies. O dalším osudu mRNA molekul a některých součástí translačního aparátu buňky za stresu, se rozhoduje prostřednictvím právě těchto akumulací. Ve snaze detailně porozumět úloze stresových granulí v buněčném metabolismu, jsme v naší laboratoři blíže analyzovali teplem indukované stresové granule kvasinkového modelového organismu Saccharomyces cerevisiae. Zjištěním, že se stresové granule tvoří také v tomto jednobuněčném eukaryotickém organismu, jsme přispěli k poznání, že fenomén stresových granulí je evolučně konzervovaný napříč eukaryotickou říší. Teplem indukované stresové granule kvasinky S. cerevisiae se podobají stresovým granulím evolučně vyšších eukaryot složením a v navrhovaných metabolických funkcích. Nicméně, tyto granule jsou také v některých ohledech jedinečné a...
|
|
|
Autofagie a další procesy v koloniích přírodních kmenů kvasinek
Novosadová, Zuzana ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Groušl, Tomáš (oponent)
Abstrakt Kvasinky Saccharomyces cerevisiae na pevném médiu vytvářejí mnohobuněčné útvary zvané kolonie. V rámci vývoje kvasinkové kolonie dochází k diferenciaci buněk a změnám metabolismu, mimo jiné se tvoří vrstva horních a dolních buněk. Metabolická aktivita horních a dolních buněk se liší. Například hladina autofagie je vyšší v U buňkách. V rámci této diplomové práce byl z dostupné literatury vytvořen ucelený přehled poznatků o molekulárních mechanismech autofagie v kvasinkách. Kolonie kvasinek při nedostatku živin do okolí v pulzech produkují amoniakový signál, díky kterému komunikují na dlouhé vzdálenosti. Studie, odhalující diferenciaci buněk v kolonii a amoniakovou signalizaci mezi koloniemi, byly prováděny s použitím laboratorních kmenů kvasinek. Kvasinky izolované z přírody vytvářejí trojrozměrné útvary zvané vrásčité kolonie. Kvasinky v rámci vrásčitých kolonií také vytvářejí různé buněčné subtypy, ale situace se zdá složitější než v rámci kolonií laboratorních kmenů kvasinek, které vytvářejí hladké kolonie. Pro studium diferenciace a dalších procesů v koloniích divokých kmenů kvasinek byly vytvořeny kmeny produkující ukazatelové proteiny Icl2p, Pox1p, Mae1p, Pma1p, Pma2p, Ino1p, Met17p, Atg8p s fluorescenční značkou. Pro...
|
host ::
RSS.