|
|
Mikrojádra a jejich spojitost s vrozenou vnitrobuněčnou imunitou a virovou infekcí
Knoblochová, Kateřina ; Bruštíková, Kateřina (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Mikrojádra jsou drobná tělíska obsahující původně jadernou DNA a od jádra odvozenou obalovou membránu. Objevují se v buňkách vystavených závažným stresovým faktorům, jako je virová infekce, radiace nebo genotoxické látky. Ač mají mikrojádra bohatou historii jakožto markery genotoxického stresu, přesný mechanismus jejich vzniku a procesy, které se uvnitř nich odehrávají, nejsou zcela probádány. DNA enkapsulovaná uvnitř mikrojader je atypickým způsobem přestavována, což může mít za následek vznik mutací a urychlení rakovinné transformace buňky. Mikrojádra mohou díky těmto procesům také představovat rezervoáry nukleových kyselin potencionálně dráždivých pro molekulární senzory. Jejich studium je tedy významné v souvislosti s aktivací signálních drah, které jsou součástí vrozené vnitrobuněčné imunity. Tato práce shrnuje současné poznatky o mikrojádrech a jejich spojitosti s vrozenou vnitrobuněčnou imunitou a virovou infekcí. Klíčová slova: mikrojádra, vrozená imunita, molekulární senzory, chromotripse
|
|
|
Role jaderných laminů a Nup358 v infekci polyomavirem BK
Išler, Lukáš ; Bruštíková, Kateřina (vedoucí práce) ; Němečková, Šárka (oponent)
Lidský polyomavirus BK (BKPyV) již dlouhá desetiletí způsobuje závažné zdravotní komplikace zejména imunokompromitovaným jedincům. Cílem této práce se bylo zaměřit jednak na průběh infekce BKPyV v lidských buňkách, tak také na vliv BK virové infekce na jadernou laminu a proteiny jaderného póru (NPC; Nuclear Pore Complex). Při charakterizaci a porovnání infekce BKPyV v buňkách RPTEC/hTERT1 a MRC- 5 jsme ukázali, že replikace BKPyV probíhá lépe a dosahuje 6x vyššího virového titru v buňkách RPTEC/hTERT1. Při použití konfokální mikroskopie jsme v průběhu infekce BKPyV nepozorovali tvorbu narušení jaderné laminy, ani akumulaci proteinu VP1 pod jadernou laminou, jak bylo dříve pozorováno při infekci myším polyomavirem. Ověřili jsme předešlé pozorování cytoplazmatických deposit NPC, které se vyskytovaly v kolokalizaci s proteinem VP1 24 hodin po infekci (hpi) BKPyV a ukázali, že složkou těchto deposit vyskytujících se v kolokalizaci s VP1 je Nup358, protein NPC. Transientní exprese vektorů kódujících pozdní oblast genomu BKPyV (pEF- BKV-late) či samotný protein VP1 (pIaW) ani analýza exprese LT antigenu nenaznačily, že by se jednalo o jev způsobený produktivní infekcí. Pseudoinfekce buněk RPTEC/hTERT1 VLP odvozenými z BKPyV naopak indukovala tvorbu cytoplazmatických shluků VP1, v 33 % případů i...
|
|
|
Vývoj chemických regulátorů drah mikroRNA a RNAi
Bruštíková, Kateřina ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Bařinka, Cyril (oponent) ; Pospíšek, Martin (oponent)
MikroRNA jsou nekódující RNA navozující sekvenčně specifickou inhibici genové exprese na posttranskripční úrovni. MikroRNA představují hlavní skupinu malých endogenních RNA v savčích buňkách. V současnosti je známo více než 2500 lidských mikroRNA, které potencionálně regulují více než 60% lidských genů kódujících proteiny. MikroRNA se účastní většiny buněčných procesů a změny v jejich expresi byly popsány u různých patologií, včetně rakoviny. V současnosti neexistuje žádná malá chemická sloučenina schopná efektivního ovlivnění aktivity dráhy mikroRNA. Nicméně, malé chemické sloučeniny představují skvělé nástroje pro výzkum procesů, ve kterých dráhy sekvenčně specifického umlčování RNA (RNA silencing) hrají roli. Navíc by mohly být využitelné i pro biotechnologické aplikace a mohly by mít i značný terapeutický potenciál. Tato práce je součástí širokého projektu, jehož konečným cílem je: (i) najít soubor malých molekul umožňujících stimulaci a inhibici drah sekvenčně specifického umlčování RNA a (ii) identifikovat případy, kdy se tyto dráhy vzájemně ovlivňují s jiných buněčnými drahami. Tato práce shrnuje výsledky prvních dvou fází projektu, vývoj vysoce výkonných metod testování s vysokou propustností a vysoce výkonné testování s vysokou propustností (high-throughput screening, HTS) dostupných...
|
|
|
MikroRNA kódované polyomaviry.
Zachovalová, Veronika ; Bruštíková, Kateřina (vedoucí práce) ; Malík, Radek (oponent)
MicroRNA jsou malé regulační molekuly RNA kódované v genomu organismu. Biogeneze mikroRNA probíhá částečně v jádře a částečně v cytoplazmě. Výsledkem je funkční, 22 nt dlouhá molekula mikroRNA. MikroRNA jsou schopné umlčovat geny za pomoci sekvenčně specifické degradace cílové mRNA, nebo za pomoci represe translace cílových, komplementárních mRNA. U savců je běžnější mechanismus represe translace, kdy je mikroRNA neúplně komplementární k 3'UTR cílové mRNA. Polyomaviry jsou malé, neobalené DNA viry s cirkulárním dsDNA genomem a ikosahedrální kapsidou tvořenou pentamerami VP1 proteinu. Tyto viry se řadí mezi tzv. onkogenní viry, neboť mohou přispět k transformaci buněk a rozvoji vážných onemocnění jako je například karcinom Merkelových buněk. Ve svém genomu kódují regulační proteiny nazývané T antigeny, strukturní geny kapsidy, ale také mikroRNA. Právě na mikroRNA kódované genomem SV40, MPyV, MCPyV, BKPyV a JCPyV bude zaměřená tato práce. Klíčová slova: polyomaviry, malé interferující RNA, mikroRNA, siRNA, RNA interference, myší polyomavirus, BK virus, JC virus, SV40
|
|
|
Nuclear lamina, its function in the cell and its role in interaction with non-enveloped DNA viruses
Pápež, Samuel ; Bruštíková, Kateřina (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Jadrová lamina je sieť nukleárnych proteínov, nachádzajúca sa u všetkých metazoa, ktorá je zložená z intermediálnych filamentov V, lamínov typu A a lamínov typu B. Ide o multifunkčnú bunkovú štruktúru priliehajúcu k vnútornej jadrovej membráne, udávajúcu jadru tvar, zaisťujúcu jeho mechanickú stabilitu, pričom sa zúčastňuje regulácie mnohých jadrových procesov. Nukleárna lamina má aj ochrannú funkciu, ktorá sa prejavuje pri infekcii bunky DNA vírusmi, ktorých životný cyklus z časti prebieha v nukleoplazme. Medzi tieto patria aj malé neobalené DNA vírusy. Jadrová lamina predstavuje prekážku v rozmnožovaní vírusov, ktoré sa potrebujú dostať do jadra, a preto sa ju museli naučiť obísť. Na to používajú vlastné, ale aj bunkové mechanizmy, ktoré narúšajú jadrovú membránu spolu s jadrovou laminou a umožňujú tak vírusom jadrový vstup a výstup. Táto práca zahŕňa poznatky o zmenách v jadrovej lamine indukovaných vírusmi čeľadí Polyomaviridae, Parvoviridae a Circoviridae, na ceste cez jadrový obal. Kľúčové slová: jadrová lamina, rozpad jadrovej laminy, DNA vírusy, Polyomavírusy, Parvovírusy, Cirkovírusy
|
|
|
Vývoj chemických regulátorů drah mikroRNA a RNAi
Bruštíková, Kateřina ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Bařinka, Cyril (oponent) ; Pospíšek, Martin (oponent)
MikroRNA jsou nekódující RNA navozující sekvenčně specifickou inhibici genové exprese na posttranskripční úrovni. MikroRNA představují hlavní skupinu malých endogenních RNA v savčích buňkách. V současnosti je známo více než 2500 lidských mikroRNA, které potencionálně regulují více než 60% lidských genů kódujících proteiny. MikroRNA se účastní většiny buněčných procesů a změny v jejich expresi byly popsány u různých patologií, včetně rakoviny. V současnosti neexistuje žádná malá chemická sloučenina schopná efektivního ovlivnění aktivity dráhy mikroRNA. Nicméně, malé chemické sloučeniny představují skvělé nástroje pro výzkum procesů, ve kterých dráhy sekvenčně specifického umlčování RNA (RNA silencing) hrají roli. Navíc by mohly být využitelné i pro biotechnologické aplikace a mohly by mít i značný terapeutický potenciál. Tato práce je součástí širokého projektu, jehož konečným cílem je: (i) najít soubor malých molekul umožňujících stimulaci a inhibici drah sekvenčně specifického umlčování RNA a (ii) identifikovat případy, kdy se tyto dráhy vzájemně ovlivňují s jiných buněčnými drahami. Tato práce shrnuje výsledky prvních dvou fází projektu, vývoj vysoce výkonných metod testování s vysokou propustností a vysoce výkonné testování s vysokou propustností (high-throughput screening, HTS) dostupných...
|
host ::
RSS.