|
|
Species delimitation, ecology and distribution of Fomes fomentarius and Fomes inzengae in the South Moravia region
Kaeochulsri, Sirapitcha
Fomes fomentarius a Fomes inzengae jsou blízce příbuzné druhy hub bílé hniloby a jsou považovány za kryptické druhy. Morfologické znaky obou druhů jsou podobné a jejich rozlišení je obtížné. Tato práce si klade za cíl vymezení těchto druhů na základě mikroskopických a makroskopických morfologických znaků plodnic a multigenové fylogenetické analýzy sekvencí DNA jedinců rostoucích na různých dřevinných hostitelích v různých zeměpisných oblastech České republiky, především na území Jihomoravského kraje. Soubor dat obsahoval 48 položek rostoucích na 12 rodech hostitelských dřevin v České republice a na Slovensku. Analýza počtu rourek na jeden centimeter, doporučovaného jako rozlišovací znak obou druhů v literatuře, odhalila, že tyto hodnoty se u obou druhů překrývají, i když rozdíly vyšly jako statisticky signifikantní. Plodnice druhu F. fomentarius mají 10-28 pórů/cm a rozměry basidiospor 10,3‒22,9 × 4,8‒10,3 μm. F. inzengae má 12-31 pórů/cm; a rozměry basidiospor 10,8‒22,6 ×4‒9,8 μm. Fylogenetické studie analyzovaly soubor dat čtyř lokusů: Vnitřní transkribovanou oblast mezerníků (ITS) a velkou podjednotku (LSU) jaderné ribozomální DNA a dvou geny kódující proteiny: Translační elongační faktor 1-alfa (TEF1) a první podjednotku genu pro RNA polymerázu II (RPB1). Bylo získáno 47 sekvencí ITS, 10 sekvencí LSU, 9 sekvencí TEF1, 10 sekvencí RPB1. Pro fylogenetické analýzy byly použity metody maximální věrohodnosti (ML) a Bayesovské (BY) fylogenetické analýzy. Fylogenetické analýzy ukázaly, že ITS, LSU, TEF1 a RPB1 poskytují podobnou topologii stromů a konzistentní závěry potvrzující fylogenetické vymezení obou druhů. Geografické rozšíření a preference hostitele těchto dvou druhů se liší – F. fomentarius se vyskytuje hlavně ve vyšších nadmořských výškách, F. inzengae je hojnější v nížinách. Ačkoli morfologické znaky nemohou pomoci při identifikaci těchto dvou druhů, preference a geografické distribuce podporují oddělení ekologických u odlišných druhů.
|
|
|
Unveiling hidden species diversity in desmids (Desmidiales, Viridiplantae)
Šťastný, Jan ; Neustupa, Jiří (vedoucí práce) ; F.M. Coesel, Peter (oponent) ; Kaštovský, Jan (oponent)
Krásivkové druhy byly tradi n vymezovány pouze na základ morfologických znak . Ov em astý chybný výklad morfologické variability u krásivek vedl v minulosti ke zna ným zmatk m v taxonomii této významné skupiny zelených as, co komplikuje interpretace krásivkové biodiverzity v kontextu sladkovodní ekologie, biogeografie a biomonitoringu. Proto jsem se v rámci této práce zam il p edev ím na doposud opomíjené téma, vyu ití polyfázického p ístupu pro výzkum taxonomie krásivek na druhové úrovni. Ve v t in studií byla pro zhodnocení taxonomie vybraných druh krásivek (zejména zástupc tvarov komplexních rod Micrasterias a Xanthidium) vyu ita kombinace jak tradi ních morfologických, tak i moderních fylogenetických a geometricko-morfometrických metod. Ve dvou láncích jsem pro vyjasn ní taxonomie n kolika tvarov mén nápadných krásivek pou il kombinaci tradi ních morfologických dat a dat o autekologii p íslu ných druh . Obecn , výsledky této práce ukázaly, e zp sob, jakým recentn nahlí íme na diverzitu a roz í ení krásivek, by m l být od základu zm n n. Reálná druhová diverzita je ve v t in p ípad z eteln jemn j í ne ta, definovaná pouze na základ klasických morfologických p ístup , asto je na úrovni variet t chto tradi ních morfologicky definovaných druh a lze ji v t inou dob e popsat pomocí kombinace...
|
|
|
Evolution of Host Specialisation, Phylogeography and Taxonomic Revision of Xenidae (Strepsiptera)
Benda, Daniel
Řasníci (Strepsiptera: Xenidae) jsou skupinou hmyzích parazitů, která je velmi vhodná pro studium hostitelské specializace. Vyvinula se u nich řada adaptací na parazitický způsob života zahrnující komplexní morfologické, behaviorální, a fyziologické adaptace, které nemají u jiných organismů obdoby. Paradoxně malá pozornost byla naopak věnována studiu molekulární fylogeneze, fylogeografie, vymezení jednotlivých druhů a jejich implikacím pro taxonomickou klasifikaci. S využitím metod molekulární fylogenetiky jsme vytvořili první datovanou fylogenezi čeledi Xenidae. Pomocí fylogeografických metod a rekonstrukce ancestrálních hostitelských linií jsme zjistili, že mezi Novým světem a Starým světem + Austrálií došlo k výměně některých linií, dokud Antarktida zcela nezamrzla. Během pozdního paleogénu a neogénu se několik linií rozšířilo z Afrotropické oblasti do dalších oblastí Starého světa a Austrálie. Původními hostiteli čeledi Xenidae byly s největší pravděpodobností sociální vosy, přičemž následný přechod od sociálních k samotářským vosám byl sekundární a pravděpodobně k němu došlo pouze jednou. K paralelnímu přeskoku ze samotářských vos na kutilky čeledi Sphecidae došlo nezávisle na sobě v Novém a Starém světě. Evoluční historii Xenidae lze vysvětlit kombinací šíření, vymírání linií a klimatických...
|
|
|
Evolution of Host Specialisation, Phylogeography and Taxonomic Revision of Xenidae (Strepsitera)
Benda, Daniel ; Straka, Jakub (vedoucí práce) ; Malenovský, Igor (oponent) ; Cook, Jerry L. (oponent)
Řasníci (Strepsiptera: Xenidae) jsou skupinou hmyzích parazitů, která je velmi vhodná pro studium hostitelské specializace. Vyvinula se u nich řada adaptací na parazitický způsob života zahrnující komplexní morfologické, behaviorální, a fyziologické adaptace, které nemají u jiných organismů obdoby. Paradoxně malá pozornost byla naopak věnována studiu molekulární fylogeneze, fylogeografie, vymezení jednotlivých druhů a jejich implikacím pro taxonomickou klasifikaci. S využitím metod molekulární fylogenetiky jsme vytvořili první datovanou fylogenezi čeledi Xenidae. Pomocí fylogeografických metod a rekonstrukce ancestrálních hostitelských linií jsme zjistili, že mezi Novým světem a Starým světem + Austrálií došlo k výměně některých linií, dokud Antarktida zcela nezamrzla. Během pozdního paleogénu a neogénu se několik linií rozšířilo z Afrotropické oblasti do dalších oblastí Starého světa a Austrálie. Původními hostiteli čeledi Xenidae byly s největší pravděpodobností sociální vosy, přičemž následný přechod od sociálních k samotářským vosám byl sekundární a pravděpodobně k němu došlo pouze jednou. K paralelnímu přeskoku ze samotářských vos na kutilky čeledi Sphecidae došlo nezávisle na sobě v Novém a Starém světě. Evoluční historii Xenidae lze vysvětlit kombinací šíření, vymírání linií a klimatických...
|
|
|
Reconstruction of the evolution of multiple sex chromosomes in \kur{Leptidea} wood white butterflies
HOVORKOVÁ, Kristýna
Having a crucial role in many evolutionary processes, such as sex determination, speciation and adaptation, sex chromosomes tend to be highly conserved. Rapidly evolving sex chromosome systems offer a special opportunity to study the evolution of the sex chromosomes in miraculous resolution. Butterflies of genus Leptidea possess a unique species-specific sex chromosome system with 3-4 W and 3-4 Z chromosomes. Using novel genomic tools established for L. juvernica, namely transcriptome-based microarray for comparative genomic hybridization (array-CGH) and a library of bacterial artificial chromosome (BAC) clones, we assembled the physical maps of Z chromosomes in three cryptic Leptidea species (L. juvernica, L. sinapis, and L. reali) by fluorescence in situ hybridization (FISH) of BAC clones containing orthologs of Bombyx mori genes. In all three species, we identified the 'ancestral' Z chromosome and synteny segments of autosomal origin and reconstructed the step-by-step evolution of multiple sex chromosomes. We propose that the multiple sex chromosome system originated in the common ancestor of Leptidea species by means of multiple chromosomal rearrangements, especially translocations, fusions and fissions, between the sex chromosomes and autosomes. Thus, the turnover of neo-sex chromosomes could not be the main engine driving speciation in this genus. Instead, we propose that subsequent differentiation of the sex chromosome multiples in each species together with enlarged number of Z-linked genes could play a crucial role in accumulation of genetic incompatibilities facilitating subsequent divergence and speciation in Leptidea wood white butterflies.
|
|
|
Evoluce pohlavních chromozómů u vybraných taxonů kostnatých ryb (Teleostei)
Pavlica, Tomáš ; Sember, Alexandr (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Lukáš (oponent)
Kostnaté ryby tvoří nadpoloviční většinu obratlovců na zemi. Disponují širokou škálou mechanizmů pohlavní determinace a diferenciace, včetně devíti dosud známých systémů pohlavních chromozómů. Rybí pohlavní chromozómy jsou obecně považovány za evolučně mladé a jsou proto vhodné pro studium časných fází vývoje těchto unikátních oblastí genomu. Úkolem mé diplomové práce bylo analyzovat výskyt a úroveň diferenciace pohlavních chromozómů u dvou druhů halančíků rodu Nothobranchius a u jednoho zástupce širokohlavců rodu Bunocephalus metodami standardní a molekulární cytogenetiky. Analyzované populace halančíků N. kadleci a N. furzeri sdílely systém pohlavních chromozómů XY. I přes obvykle výraznou heteromorfii pohlavních chromozómů, komparativní genomová hybridizace (CGH) neodhalila oblast diferenciace. Analýza synaptonemálních komplexů v kombinaci s mapováním 18S rDNA a telomerických sekvencí metodou fluorescenční hybridizace in situ (FISH) ukázala téměř výhradně standardní párování pohlavních chromozómů s přispěním synaptického přizpůsobení. U samic jedné populace N. furzeri jsem v pachytene pozoroval malý nadpočetný chromozóm, který se nevyskytoval v mitóze analyzovaných somatických tkání. Distribuce oblastí rekombinace se mírně lišila v rámci omezeného studovaného vzorku mezi samci a samicemi: u...
|
|
|
Biogeography, phylogeny, ecology and systematics of epigean freshwater Amphipoda in the Carpathian arc and beyond
Copilas-Ciocianu, Denis ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Väinölä, Risto (oponent) ; Trontejl, Peter (oponent)
4 ABSTRAKT(INCZECH) Sladkovodnírůznonožci mají poměrněšpatnouschopnostšíření, mimojinév důsledkuizolovanostiobývanýchstanovišťaabsenceodolnýchpropagulívživotnímcyklu. Většinajejichdruhůjeprotoúzceendemickáarozšířené morfologickydefinovanédruhy ("morfospecies")seskládajízčetnýchgenetickyodlišnýchevolučníchlinií.Takovérozšířenía genetickástrukturajsoupovažoványzareliktyhistorickýchprocesů.OblastKarpatského obloukuprodělalaběhemposledních20 milionůletdramatickýgeomorfologickývývoj: KarpatybylypostupněvyzdviženyzmořeParatethysavmiocénutvořilysouostroví,kterése nakonecspojilodojednohoznejdelšíchhorskýchpásemvEvropě.Tytohoryaokolnínížiny jsou navícobývanérůznorodoufaunoublešivců,cožposkytujeideálníprostředípro testováníhistorickýchbiogeografickýchhypotéz.Výsledkyprezentovanévtétodisertační práciukázaly,žehorskétaxonyroduGammarusvjižníčástiKarpatmajíroztříštěnéa alopatrickéareály,zatímcodruhyrodůNiphargus aSynurella sevětšinouvyskytují sympatrickyanarozsáhlýchúzemích.Následné molekulárnístudiedoložily,žeroztříštěná distribuce druhového komplexu Gammarusfossarum vjihozápadních Karpatech je pravděpodobnědůsledkemrozpadudřívesouvislépevninypředcca16milionylet.Ilokální endemickézápadokarpatskélinienaúzemí MoravyaSlovenskajsoumiocenníhostáří,což naznačuje,žetitoblešivcipřežilipleistocenníklimatickévýkyvyna...
|
|
|
Reprodukční izolace kryptických druhů protist
Jelínková, Lucie ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Urbánková, Pavla (oponent)
Systematická a evoluční biologie se už od počátku své existence snaží definovat druhovou kategorii či taxon. Určité taxony jsou shledávány druhy na základě nejrůznějších kritérii, tedy na základě různých druhových konceptů. Nejvíce takovýchto konceptů vzniklo v minulém století. Biologický druhový koncept byl desetiletí považován za nejzásadnější. Byl založen na přítomnosti reprodukční isolace dvou druhů. Jeho aplikovatelnost byla ovšem zpochybněna zjištěním, že existuje velké množství i starobylých asexuálních linií a také linií sexuálních s vysokou mírou hybridizace mezi uznávanými druhy. Tato práce se pokouší popsat biologický druhový koncept a jeho změny v průběhu času. A taktéž se pokouší vyřešit otázku jeho současné požitelnosti pro protista.
|
|
|
Delimitace druhů u lobosních měňavek
Foučková, Martina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Lobosní měňavky - měňavky vytvářející lobopodie - se vyskytují napříč skupinami Amoebozoa, Excavata, Rhizaria, a v rodu Anaeramoeba s nejasným postavením. Pro jejich druhovou delimitaci (tj. vymezení hranic pro odlišení jednotlivých druhů od sebe) jsou nejčastěji používané morfologické znaky, které bylo možné dokumentovat i v minulosti, jako je velikost a tvar těla, vzhled hyalinní zóny, panožek a subpseudopodií, granuloplazma s cytoplazmatickými inkluzemi, počet a velikost jader, tvar uroidu a podoba případné cysty. Dále jsou používány znaky na ultrastruktuře, kterými jsou ultrastruktura jádra, jadérka, povrchových útvarů a organel. Díky molekulárním metodám se dnes druhy popisují a rozlišují také díky sekvenování genu pro SSU rRNA a aktin, COI barcodingu a sekvencí ITS a je tak možné odhalovat i kryptické druhy. Před sekvenováním se pro molekulární popis druhů využívalo také technik RFLP, RAPD a izozymů. Tato práce hodnotí význam jednotlivých znaků používaných pro druhovou delimitaci lobosních měňavek na příkladu vybraných 125 druhů ze skupiny Amoebozoa (řádů Acanthamoebida, Pellitida, Himatismenida, Dermamoebida, Thecamoebida, Vannellida, Dactylopodida, Squamocutida, Variopodida, Euamoebida, Leptomyxida a Echinamoebida), Heterolobosea a Anaeramoebidae. Klíčová slova: barcoding, druhová...
|
|
|
Biogeography, phylogeny, ecology and systematics of epigean freshwater Amphipoda in the Carpathian arc and beyond
Copilas-Ciocianu, Denis ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Väinölä, Risto (oponent) ; Trontejl, Peter (oponent)
4 ABSTRAKT(INCZECH) Sladkovodnírůznonožci mají poměrněšpatnouschopnostšíření, mimojinév důsledkuizolovanostiobývanýchstanovišťaabsenceodolnýchpropagulívživotnímcyklu. Většinajejichdruhůjeprotoúzceendemickáarozšířené morfologickydefinovanédruhy ("morfospecies")seskládajízčetnýchgenetickyodlišnýchevolučníchlinií.Takovérozšířenía genetickástrukturajsoupovažoványzareliktyhistorickýchprocesů.OblastKarpatského obloukuprodělalaběhemposledních20 milionůletdramatickýgeomorfologickývývoj: KarpatybylypostupněvyzdviženyzmořeParatethysavmiocénutvořilysouostroví,kterése nakonecspojilodojednohoznejdelšíchhorskýchpásemvEvropě.Tytohoryaokolnínížiny jsou navícobývanérůznorodoufaunoublešivců,cožposkytujeideálníprostředípro testováníhistorickýchbiogeografickýchhypotéz.Výsledkyprezentovanévtétodisertační práciukázaly,žehorskétaxonyroduGammarusvjižníčástiKarpatmajíroztříštěnéa alopatrickéareály,zatímcodruhyrodůNiphargus aSynurella sevětšinouvyskytují sympatrickyanarozsáhlýchúzemích.Následné molekulárnístudiedoložily,žeroztříštěná distribuce druhového komplexu Gammarusfossarum vjihozápadních Karpatech je pravděpodobnědůsledkemrozpadudřívesouvislépevninypředcca16milionylet.Ilokální endemickézápadokarpatskélinienaúzemí MoravyaSlovenskajsoumiocenníhostáří,což naznačuje,žetitoblešivcipřežilipleistocenníklimatickévýkyvyna...
|
host ::
RSS.