|
|
Methods for Predicting Drug Side Effects in Silico
Cicková, Pavlína ; Lexa,, Matej (referee) ; Berka,, Karel (referee) ; Provazník, Ivo (advisor)
Vývoj a výzkum léčiv je oblastí současné vědy, jejíž nedílnou součástí je i využití výpočetních metod. Z důvodu nákladnosti a časové náročnosti laboratorních přístupů, metody in silico sehrávají svou významnou roli. I přes rychlý vývoj výpočetních technik využívaných při vývoji léků, však není drtivá většina zkoumaných molekul v procesu vývoje úspěšná a do schvalovací fáze nepostoupí. Nejen proto se nejmodernější strategie návrhu potenciálních nových léčiv zaměřují na opětovné zkoumání již schválených léků a berou do úvahy i analýzu podobností. Tato práce popisuje vývoj a aplikaci souboru několika workflow, jež byl vytvořen v rámci analytické platformy KNIME a jež implementuje metody strojového učení za účelem predikce nežádoucích účinků léčiv. Součástí prezentovaných workflow je získání dat, jejich předzpracování, výpočet metrik podobností a provedení explorační analýzy. Následně je využito klasifikačních modelů k predikci specifických nežádoucích účinků léčiv. Tato predikce vychází z principů technik založených na podobnosti. K natrénování modelů rozhodovacích stromů pro predikci potenciální asociace nežádoucích účinků s léčivy byly využity strukturní a jiné podobnosti schválených molekul léčiv. Hlavní přínos práce spočívá především v přenositelnosti použitých metod. Soubor workflow je určen k využití jako vhodný nástroj k řešení výzkumných otázek ohledně podobnosti léčiv a jelikož analytická platforma KNIME poskytuje uživatelsky přívětivé grafické rozhraní, není nutné, aby měli uživatelé pokročilé zkušenosti v oblasti strojového učení nebo programování, aby mohli soubor navržených workflow v rámci této platformy pro své analýzy využít.
|
|
|
SARS-CoV-2 methyltransferases as druggable targets
Kocek, Hugo ; Nencka, Radim (advisor) ; Bouřa, Evžen (referee)
Novel coronavirus (earlier referred to as "nCoV2019") became part of our lives in March 2020 and overnight turned everything upside-down. This virus is transmitted via respiratory droplets and causes respiratory diseases COVID-19 which can be severe and even fatal. So far, no effective treatment has been discovered and vaccination is our biggest hope thanks to its high efficacy. It is important to point out, that new mutations may possess problems and escape immunity induced by the vaccination. During the whole pandemic, many approved drugs were tested against SARS-CoV-2 (for example favipiravir, toremifene, and hydroxychloroquine) but none of those drugs showed to be effective against SARS-CoV-2 in clinical trials. The only approved antiviral drug is nucleotide analog remdesivir which showed significant efficacy against SARS-CoV-2 in clinical trials. However, timing and overall patient's health condition play a key role. Development of new antiviral drugs is necessary given the fact that this is the third time we face coronavirus with the potential to cause pandemic since the beginning of the 21st century. Therefore, it is likely that another new coronavirus will emerge. This thesis focuses on S-adenosylmethionine-dependent methyltransferases nsp14 and nsp16 from SARS-CoV-2 because they play a key...
|
guest ::
