National Repository of Grey Literature 23 records found  1 - 10nextend  jump to record: Search took 0.00 seconds. 
In vivo application of holographic endoscopy
Tučková, Tereza ; Brzobohatý,, Oto (referee) ; Bouchal, Petr (referee) ; Uhlířová, Hana (advisor)
Pokrok v porozumění komplexním mozkovým funkcím závisí na schopnosti opticky dosáhnout jakékoli vybrané struktury a oblasti živého mozku se subbuněčným rozlišením při minimálním poškození tkáně. Zpřístupňování hlubších oblastí tkání rozptylujících světlo je v současnosti umožněno zejména vývojem optických endoskopických sond, například mikroendoskopy s gradientními čočkami (GRIN) a svazky optických vláken. Pokrok v metodách holografické modulace světla dosažený v poslední době přinesl jako další nadějný směr pro zobrazování s vysokým rozlišením hluboko ve tkáních použití vícevidových optických vláken (MMF) jako zobrazovacích prvků. Ve srovnání s endoskopy založenými na GRIN čočkách a svazcích optických vláken poskytují MMF nejvyšší poměr rozlišení obrazu ku tloušťce sondy a způsobují minimální poškození tkáně. Úvodní část práce poskytuje přehled o nejmodernějších technologiích hloubkového zobrazování mozku in vivo, vícevidové vláknové endoskopii a jejích principech s cílem představit související technologii. Hlavním technologickým zaměřením práce je použití digitálního mikrozrcátkového zařízení (DMD) k modulaci světla, šířící se MMF sondou. To umožňuje rychlé rastrování fluorescenčního vzorku v zobrazovací rovině za distální hranou vlákna. Byla sestrojena optická sestava využívající tohoto principu, bylo dosaženo vysoké stability a byly pečlivě vyhodnoceny zobrazovací vlastnosti. Ty byly demonstrovány na 2D a 3D fluorescenčních fantomových vzorcích. Dále jsme vyvinuli metodu zpracování obrazu, zlepšující jeho kvalitu a umožňující dosáhnout plného potenciálu difrakčně omezeného rozlišení. Použití algoritmů využívajících regularizované iterativní inverze, případně regularizované přímé pseudoinverze, zvyšuje kontrast a rozlišení obrazu. Další cestou k ex vivo a in vivo zobrazování bylo použití geneticky modifikované myši. Identifikovali jsme vhodné myší modely a ex vivo zobrazování mozku ukázalo, že snímky trpí silným fluorescenčním signálem pozadí z oblastí mimo ohniskovou rovinu. Proto se další práce zaměřila na vývoj technologie útlumu světla založené na konfokálním principu. Byla sestrojena optická sestava pro konfokální filtraci "dírkovou clonkou" s použitím speciální sondy složené z MMF s odstupňovaným indexem lomu spojeného s MMF se skokovým indexem, a druhého DMD. Během zobrazování byl fluorescenční signál shromážděný GRIN-SI-MMF sondou filtrován ve vzdáleném poli sondy, kde se pro každý skenovací ohniskový bod vytváří prstenec. Prstencovitý signál se pak oddělí pomocí masky na DMD2, čímž se také oddělí signál pocházející z ohniska od signálu vznikajícího mimo ohnisko. Na experimentech s použitím fantomového vzorku fluorescenčních mikrokuliček i fixované mozkové tkáně bylo prokázáno, že toto konfokální filtrování vede k zeslabení signálu pozadí, tedy signálu z mimoohniskových rovin, čímž se zvyšuje kontrast a rozlišení snímků. Tento princip konfokální filtrace v holografickém endoskopu byl rovněž demonstrován pomocí nové MMF sondy s bočním zobrazováním. Práce ukazuje jen kousek skládačky dlouhodobého komplexní vývoje optimálního nástroje pro hloubkové tkáňové zobrazování s vysokým rozlišením. Holografický endoskop využívající MMF byl zdokonalen tak, že může sloužit k rutinnímu několikahodinovému zobrazování biologických tkání s možností útlumu světla pocházejícího mimo ohniskovou rovinu. Endoskop byl testován při zobrazování fantomových vzorků i fixovaných plátků myšího mozku a in vivo cév až do hloubky 5 mm.
Multimode optical fiber based endoscopy
Jákl, Petr ; Tučková, Tereza ; Pikálek, Tomáš ; Stibůrek, Miroslav ; Ondráčková, Petra ; Cifuentes, Angel S. ; Šiler, Martin ; Uhlířová, Hana ; Traegaardh, Johanna ; Čižmár, Tomáš
Optical microscopy is a technique for microworld investigation using light waves scattered on particles in sample space. Its main disadvantage in the area of medicine, microbiology and neurology is its low penetration depth - it is very difficult to image structures deeper than approximately 1 mm inside tissue. Conventional endoscopes use refractive or GRIN lens with cross-section of several milimeters in diameter. Therefore, it is necessary to find less invasive probes to perform imaging in living organisms. Favourable alternative is to use multimode optical fiber probe with 100 micrometer diameter. This approach, however, requires advanced shaping of the wavefront in order to achieve diffraction limited imaging.
Forest condition monitoring in the Czech Republic: Annual report ICP Forests 2002
Boháčová, Ludmila ; Uhlířová, Hana ; Lomský, Bohumír ; Buriánek, V. ; Damašková, J. ; Fabiánek, P. ; Fadrhonsová, V. ; Hejdová, J. ; Šrámek, V. ; Vejpustková-Kroupová, M.
In the Year-book there are the methods of evaluation and the results presented, as obtained in assessment of the forest state within the Level I and Level II plots.
Fulltext: Download fulltextPDF
Forest condition monitoring in the Czech Republic: Annual report Forest Focus – Data 2004
Boháčová, Ludmila ; Uhlířová, Hana ; Šrámek, Vít ; Buriánek, V. ; Fabiánek, P. ; Hejdová, J. ; Kapitola, P. ; Lachmanová, Z. ; Lomský, B. ; Neumann, L. ; Novotný, R.
In the yearbook the methods of assessment and evaluation are presented, and the results in the systematic network of plots and intensive monitoring plots (Level I and Level II).
Fulltext: Download fulltextPDF
Forest condition monitoring in the Czech Republic: Annual report Forest Focus/ICP Forests 2005
Boháčová, Ludmila ; Uhlířová, Hana ; Šrámek, Vít ; Buriánek, V. ; Čapek, M. ; Fabiánek, P. ; Hejdová, J. ; Kapitola, P. ; Lachmanová, Z. ; Lomský, B. ; Maxa, M. ; Vortelová, L.
In the yearbook the methods of assessment and evaluation are presented, and the results in the systematic network of plots and intensive monitoring plots (Level I and Level II).
Fulltext: Download fulltextPDF
Forest condition monitoring in the Czech Republic: Annual report ICP Forests/Forest Focus 2006 and 2007
Boháčová, Ludmila ; Lomský, Bohumír ; Šrámek, Vít ; Čapek, M. ; Fabiánek, P. ; Fadrhonsová, V. ; Lachmanová, Z. ; Novotný, R. ; Uhlířová, H. ; Vortelová, L.
In the yearbook the methods of assessment and evaluation are presented, and the results in the systematic network of plots and intensive monitoring plots (Level I and Level II).
Fulltext: Download fulltextPDF
Forest condition monitoring in the Czech Republic: Annual report ICP Forests/FutMon Programme data 2008 and 2009
Boháčová, Ludmila ; Lomský, Bohumír ; Šrámek, Vít ; Buriánek, V. ; Čapek, M. ; Fabiánek, P. ; Fadrhonsová, V. ; Lachmanová, Z. ; Novotný, R. ; Uhlířová, H. ; Vortelová, L.
In the yearbook the methods of assessment and evaluation are presented, and the results in the systematic network of plots and intensive monitoring plots (level I and level II).
Fulltext: Download fulltextPDF
Imaging via multimode optical fiber: recovery of a transmission matrix using internal references
Šiler, Martin ; Jákl, Petr ; Traegaardh, Johanna ; Ježek, Jan ; Uhlířová, Hana ; Tučková, Tereza ; Zemánek, Pavel ; Čižmár, Tomáš
Current research of life shows a great desire to study the mechanics of biological processes\ndirectly within the complexity of living organisms. However, majority of practical techniques\nused nowadays for tissue visualization can only reach depths of a few tens of micrometres as\nthe issue obscures deep imaging due to the random light scattering. Several imaging\ntechniques deal with this problems from different angels, such as optical coherence\ntomography, light sheet microscopy or structured light illumination A different and promising strategy to overcome the turbid nature of scattering tissues is to employ multimode optical fibers (MMF) as minimally invasive light guides or endoscopes to provide optical access inside. Although the theoretical description of light propagation through such fibers has been developed a long time ago it is frequently considered inadequate to describe real MMF. The inherent randomization of light propagating through MMFs is typically attributed to undetectable deviations from the ideal fiber structure. It is a commonly believed that this\nadditional chaos is unpredictable and that its influence grows with the length of the fiber.\nDespite this, light transport through MMFs remains deterministic and can be characterized by a transmission matrix (TM) which connects the intensity and phase patterns on the fiber input and output facets. Once the TM is known it can be used to create focus in any desired 3D\ncoordinates beyond the distal fiber facet, see figure 1, and perform e.g. fluorescence based\nlaser scanning microscopy or optical trapping.

National Repository of Grey Literature : 23 records found   1 - 10nextend  jump to record:
See also: similar author names
8 UHLÍŘOVÁ, Hana
8 Uhlířová, Hana
Interested in being notified about new results for this query?
Subscribe to the RSS feed.