|
| |
|
| |
|
|
Manifestation of physiological noise in fMRI data
Skoupý, Radim ; Mareček, Radek (referee) ; Lamoš, Martin (advisor)
In this bachelor thesis I deal with the manifestations of physiological noise in fMRI data. The work includes the basic theory of BOLD signal - his character, dealing with the processing of measured data, the possibilities of their treatment, filtration and formation of the resulting statistical parametric maps. The key part is studing possibilities of physiological noise filtering method Retroicor that models physiological noise based on sine and cosine basis functions.
|
|
|
Quantitative Imaging in Scanning Electron Microscope
Skoupý, Radim ; Buršík, Jiří (referee) ; Shimoni, Eyal (referee) ; Krzyžánek, Vladislav (advisor)
Tato práce se zabývá možnostmi kvantitativního zobrazování ve skenovacím (transmisním) elektronovém mikroskopu (S|T|EM) společně s jejich korelativní aplikací. Práce začíná popisem metody kvantitativního STEM (qSTEM), kde lze stanovenou lokální tloušťku vzorku dát do spojitosti s ozářenou dávkou, a vytvořit tak studii úbytku hmoty. Tato metoda byla použita při studiu ultratenkých řezů zalévací epoxidové pryskyřice za různých podmínek (stáří, teplota, kontrastování, čištění pomocí plazmy, pokrytí uhlíkem, proud ve svazku). V rámci této části jsou diskutovány a demonstrovány možnosti kalibračního procesu detektoru, nezbytné pozadí Monte Carlo simulací elektronového rozptylu a dosažitelná přesnost metody. Metoda je pak rozšířena pro použití detektoru zpětně odražených elektronů (BSE), kde byla postulována, vyvinuta a testována nová kalibrační technika založená na odrazu primárního svazku na elektronovém zrcadle. Testovací vzorky byly různě tenké vrstvy v tloušťkách mezi 1 až 25 nm. Použití detektoru BSE přináší možnost měřit tloušťku nejen elektronově průhledných vzorků jako v případě qSTEM, ale také tenkých vrstev na substrátech - qBSE. Obě výše uvedené metody (qSTEM a qBSE) jsou založeny na intenzitě zaznamenaného obrazu, a to přináší komplikaci, protože vyžadují správnou kalibraci detektoru, kde jen malý posun úrovně základního signálu způsobí významnou změnu výsledků. Tato nedostatečnost byla překonána v případě qSTEM použitím nejpravděpodobnějšího úhlu rozptylu (zachyceného pixelovaným STEM detektorem), namísto integrální intenzity obrazu zachycené prstencovým segmentem detektoru STEM. Výhodou této metody je její použitelnost i na data, která nebyla předem zamýšlena pro využití qSTEM, protože pro aplikaci metody nejsou potřeba žádné zvláštní předchozí kroky. Nevýhodou je omezený rozsah detekovatelných tlouštěk vzorku způsobený absencí píku v závislosti signálu na úhlu rozptylu. Obecně platí, že oblast s malou tloušťkou je neměřitelná stejně tak jako tloušťka příliš silná (použitelný rozsah je pro latex 185 - 1 000 nm; rozsah je daný geometrií detekce a velikostí pixelů). Navíc jsou v práci prezentovány korelativní aplikace konvenčních a komerčně dostupných kvantitativních technik katodoluminiscence (CL) a rentgenové energiově disperzní spektroskopie (EDX) spolu s vysokorozlišovacími obrazy vytvořenými pomocí sekundárních a prošlých elektronů.
|
|
| |
|
|
Cathodoluminescence imaging of carotenoids in biological specimens using cryo-scanning electron microscopy using a functional sample of CRYTUR cathodoluminescence detector
Vancová, Marie ; Krzyžánek, Vladislav ; Skoupý, Radim ; Horodyský, P.
Here, we report for the first time the cathodoluminescence properties of carotenoids present in different biological specimens (Diplonemidae spp, carrot root, Arabidopsis embryos, algae Vischeria sp., unicellular pigmented yeast Rhodontorula, hen´s egg yolk) using cryo-SEM. The presence of carotenoids was proven by Raman spectroscopy.
|
|
|
Novel embedding resins for 3D-SEM II
Šlouf, Miroslav ; Pavlova, Ewa ; Strachota, Beata ; Strachota, Adam ; Nebesářová, Jana ; Týč, Jiří ; Krzyžánek, Vladislav ; Skoupý, Radim
Research report for Thermo Fisher Scientific s. r. o., based on common project awarded by TA CR (program: National center of competence, TN01000008).
|
|
| |
|
| |
|
| |
guest ::
RSS feed.