|
|
Processing of Ultrasound Radiofrequency Data
Krchňavý, Jan ; Čížek, Martin (referee) ; Jiřík, Radovan (advisor)
The main aim of the semestral work was to get to know with processing of ultrasound radio-frequency. It’s theoretical subscription, subscription of physical principle, each types of imaging, types of measuring probes, followed by practical processing acquired ultrasound data in program Matlab. Making of working algorithm, which can present IQ DATA form ultrasound probe into visual elements. Because of measuring ultrasound data with sector probe, it was necessary to use conversion of cartesian coordinates to polar coordinates. Graphical interface was created in GUI of Matlab. Within interface the parameters of imaging can be easily set. Dynamic sequences can be also displayed.
|
|
|
Výuka zobrazovacích systémů na Ústavu biomedicínského inženýrství FEKT VUT v Brně
Mézl, Martin ; Jiřík, Radovan
Příspěvek pojednává o výuce zobrazovacích systémů v rámci studijních programů v oblasti biomedicínského inženýrství na Ústavu biomedicínského inženýrství FEKT VUT v Brně. V rámci jednotlivých kapitol je představeno zařazení předmětů do studijních plánů, jejich obsah a formy výuky. Další kapitola představuje dostupné přístrojové vybavení na pracovišti a jejich užití v laboratorních úlohách. Samostatná podkapitola je věnována také softwarové podpoře výuky a exkurzím na brněnských pracovištích, se kterými spolupracujeme.
|
|
|
DEEP LEARNING FOR SINGLE-VOXEL AND MULTIDIMENSIONAL MR-SPECTROSCOPIC SIGNAL QUANTIFICATION, AND ITS COMPARISON WITH NONLINEAR LEAST-SQUARES FITTING
Shamaei, Amir Mohammad ; Latta,, Peter (referee) ; Kozubek, Michal (referee) ; Jiřík, Radovan (advisor)
Pro získání koncentrace metabolitů ve vyšetřované tkáni ze signálů magnetické rezonanční spektroskopie (MRS) je nezbytné provézt předzpracování, analýzu a kvantifikaci MRS signálu. Rychlý, přesný a účinný proces zpracování (předzpracování, analýza a kvantifikace) MRS dat je však náročný. Tato práce představuje nové přístupy pro předzpracování, analýzu a kvantifikaci MRS dat založené na hlubokém učení (DL). Navržené metody potvrdily schopnost použití DL pro robustní předzpracování dat, rychlou a efektivní kvantifikaci MR spekter, odhad koncentrací metabolitů in vivo a odhad nejistoty kvantifikace. Navržené přístupy výrazně zlepšily rychlost předzpracování a kvantifikace MRS signálu a prokázaly možnost použití DL bez učitele. Z hlediska přesnosti byly získány výsledky srovnatelné s tradičními metodami. Dále byl zaveden standardní formát dat, který usnadňuje sdílení dat mezi výzkumnými skupinami pro aplikace umělé inteligence. Výsledky této studie naznačují, že navrhované přístupy založené na DL mají potenciál zlepšit přesnost a efektivitu zpracování MRS dat pro lékařskou diagnostiku. Disertační práce je rozdělena do čtyř částí: úvodu, přehledu současného stavu výzkumu, shrnutí cílů a úkolů a souboru publikací, které představují autorův přínos v oblasti aplikací DL v MRS.
|
|
|
Comparison of Pharmacokinetic Models for Quantification of Blood-Brain-Barrier Opening Induced by Focused Ultrasound
Hývlová, Denisa ; Vitouš, Jiří ; Jiřík, Radovan
This paper focuses on quantification of blood-brainbarrier(BBB) opening induced by focused ultrasound. Dynamiccontrast-enhanced MRI (DCE-MRI) with two different pharmacokineticmodels, 2CX and ETK, is used to evaluate BBB opening.The ETK model is commonly used in BBB-opening studies. Wepropose use of a more advanced model, 2CX, that provides moreaccurate estimation of the BBB permeability. The accuracy of themodels is compared using simulated and real data. The resultsdemonstrate similar performance of the 2CX and ETK models inthe brain region with a highly permeable BBB, but the ETK hasproven unable to correctly detect low level of permeabilization.Thus, the 2CX model is more suitable for the studies of BBBpermeabilitydynamics.
|
|
|
Pharmacokinetic modelling in Positron Emission Tomography
Čaňková, Lenka ; Jiřík, Radovan (referee) ; Mézl, Martin (advisor)
This bachelor thesis deals with pharmacokinetic compartmental modelling in positron emission tomography. It includes a description of the basic pharmacokinetic variables and models. Models for selected radiopharmaceuticals are theoretically developed. Simulations of different organs in the Simulink environment have been performed for the radiopharmaceutical 18F-FDG. A brain slice model for the radiopharmaceutical [11C]-PS13 was created. Estimation of constants and optimization of models based on real data was performed. Subsequently, graphs of radiopharmaceutical concentrations as a function of time were plotted and described.
|
|
|
Simulation of Perfusometric Data
Hývlová, Denisa ; Mézl, Martin (referee) ; Jiřík, Radovan (advisor)
This diploma thesis focused on the simulation of perfusion MRI data. The introduction describes standard perfusion imaging methods, DCE and DSC, and the quantitative analysis of perfusion. In the following section, simulation of the perfusion MRI data and the structure of the provided simulation software are described. This software was reworked, and new methods and parameters were implemented. The key product of this work is a simulation study of focused ultrasound-induced blood-brain barrier opening, comparing the pharmacokinetic models used in this application and the accuracy of their permeability estimates. The results of the simulation study were compared with real-dataset results.
|
|
|
Analysing Videokymograms Using Classical and Deep Learning Methods
Zita, Aleš ; Flusser, Jan (advisor) ; Aichinger, Philipp (referee) ; Jiřík, Radovan (referee)
Title: Analysing Videokymograms Using Classical and Deep Learning Methods Author: RNDr. Aleš Zita Institute: Institute of Information Theory and Automation, the Czech Academy of Sciences Supervisor: Prof. Ing. Jan Flusser, DrSc., Department of Image Processing Abstract: Videokymography (VKG) belongs to a family of medical imaging techniques capable of human larynx function visualization. Images produced by this method are ideal for automatic processing. In the last few years, the performance of deep learning systems increased significantly. In some areas, the machine learning approach exceeds the human experts in speed and accuracy. This doctoral thesis focuses on the continuous development of VKG image automatic analysis and touches on the possibility of con- necting the classical approach to Videokymographic image processing with the modern computer vision approach. Keywords: Videokymography, Medical Imaging, Digital Image Processing, Computer Vision, Machine Learning 1
|
|
|
Data analysis for quantitative MR relaxometry
Páralová, Hana ; Jiřík, Radovan (referee) ; Mézl, Martin (advisor)
Tato práce se zabývá implementací algoritmu pro analýzu dat pro kvantitativní relaxometrii magnetické rezonance. Magnetická rezonance (MR) je neinvazivní zobrazovací technika využívající magnetických vlastností atomových jader. Motivací pro využívání relaxačních parametrů tkání je nezávislost na MR skenerech či jednotlivých pacientech. V práci jsou popsány nezbytné teoretické základy MR mechanizmů a vzniku kontrastu v obrazech. S jejich využitím je navržen algoritmus v jazyce Python pro fitování relaxačních parametrů vzorku. Fitování probíhá podle exponencíálních modelových funkcí pro tři různé kombinace parametrů - individuální fitování T1 nebo T2 relaxačního času a simultánní fitování obou časů. Pro výpočet směrodatné odchylky fitovaných parametrů je použit lokálně linearizovaný model a dolní meze podle teorie Cramér-Rao. Výsledky práce byly úspěšně ověřeny na relaxometrii fixovaného potkaního mozku.
|
|
|
Automatic Processing of DCE-MRI Data
Karela, Jiří ; Mézl, Martin (referee) ; Jiřík, Radovan (advisor)
This master thesis deals with the issue of automatic processing of DCE-MRI data. It describes some important procedures and methods. The work is divided into theoretical part, practical part and conclusion. The theoretical part mainly describes some methods, on the basis of which the practical part was then solved. However, another theory related to the topic is also described here. The practical part then builds on the theory and solves the problem of automatic detection of arterial voxels and the concentration of contrast agent in the arteries. The algorithms are tested on rat brain data obtained from DCE-MRI. The conclusion serves as a summary and evaluation of our results. It also serves as a reflection on the implementation of our methods.
|
|
|
Segmentation of Cardiac MR Images
Dohnalová, Petra ; Mézl, Martin (referee) ; Jiřík, Radovan (advisor)
This diploma thesis focuses on the influence of myocardial fibrosis on cardiac activity, changes in end-diastolic and end-systolic volume, as well as changes in ejection fraction. The theoretical part is focused on studying the methods used in left ventricular segmentation. The goal is then to implement an algorithm suitable for left ventricular segmentation on the supplied dataset. Based on segmentation, the effect of myocardial fibrosis on the group of rats with induced fibrosis is monitored, at the same time the data are compared with the control group of healthy rats.
|
guest ::
RSS feed.