Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 38 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Degree of protein structure disorder in prokaryotic and eukaryotic organisms
Nováková, Zuzana ; Vondrášek, Jiří (vedoucí práce) ; Feidakis, Christos (oponent)
Paradigma vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů prošlo v posledních třiceti letech revolucí s objevem vnitřně neuspořádaných proteinů (IDP) a regionů (IDR). Tyto proteiny se ukázaly být klíčovými pro řadu buněčných procesů, včetně signalizace, interakcí mezi proteiny a buněčné regulace. Ačkoliv význam IDP/IDR pro funkci živých organismů je nesporný, jejich strukturní analýza představuje významnou výzvu. I přes pokroky v NMR spektroskopii a v algoritmech hlubokého učení pro predikci struktur proteinů zůstávají IDP/IDR stále relativně neznámou oblastí, se značnými mezerami ve znalostech o jejich chování a funkci v živých systémech. Vnitřně neuspořádané proteiny (IDP) se vyskytují ve všech živých organismech, ale jejich hojnost ukazuje na korelaci mezi složitostí organismů a stupněm neuspořádanosti proteinů. Prokaryotické organismy vykazují mnohem nižší výskyt IDPs než eukaryotické. Zvláště významný stupeň neuspořádanosti je pozorován u jednobuněčných parazitických protistů, což naznačuje, že IDP mají zásadní význam v patogenezi a průběhu nemocí jako je malárie a toxoplazmóza. U lidí jsou dysfunkce IDP spojeny s mnoha onemocněními, včetně neurodegenerativních chorob, jako je Parkinsonova a Alzheimerova nemoc, jako různé typy rakoviny. Porozumění těmto proteinům by mohlo významně ovlivnit vývoj...
Difference in amino acid distribution in sequences of structured and unstructured proteins
Sotáková, Patrícia ; Vondrášek, Jiří (vedoucí práce) ; Sanchez Rocha, Alma Carolina (oponent)
Nestrukturované proteiny jsou v dnešní době předmětem rostoucího zájmu. Vzhledem k probíhajícímu výzkumu, jež se snaží o popis vztahů mezi sekvencí a strukturou, je cílem této práce prozkoumat vlastnosti sekvencí aminoky- selin, které by mohly indikovat fingerprinty strukturovaných nebo neuspořá- daných proteinů. Identifikace těchto fingerprintů by mohla prohloubit naše pochopení nestrukturovaných oblastí či skládání proteinů. Kromě toho by tyto získané poznatky mohly pomoci při navrhování nových prediktorů hlu- bokého učení pro rozpoznávání nestrukturovanosti proteinů a proteinových domén. Statistická analýza byla provedena na sekvencích získaných z databází Protein Data Bank a DisProt. Součástí analýzy bylo porovnání proteinových sekvencí se sekvencemi uměle vygenerovanými s předpokladem aminokyseli- nové párové nezávislosti. Následně jsme identifikovali triplety dvou aminoky- selin a jejich vzdálenosti, jejichž výskyt se významně liší od vygenerovaného datasetu. Na základě této analýzy jsme triplety roztřídili do následujících kategorií: nadhodnocené, standardní a podhodnocené. Pozorované dvo- jice s mimořádnou frekvencí v dané vzdálenosti lze interpretovat jako fin- gerprint sekundární struktury, motivu, domény nebo jiné neznámé identi- fikace nestrukturovaných proteinů v závislosti na...
Studium proteas virů Zika a Dengue
Novotný, Pavel ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Vondrášek, Jiří (oponent)
Zika a Dengue jsou flaviviry šířící se v lidských populacích obývající tropické oblasti skrze komáří mezihostitele. Flaviviry způsobují horečky, které se mohou v případě Dengue rozvinout až do život ohrožující hemorrhagické formy. Existuje možná souvislost mezi těhotnými ženami nakaženými virem Zika a zvýšeným rizikem vzniku mikrocefalie u novorozenců. Flavivirové horečky se v dnešní době léčí hlavně symptomaticky, nicméně je zde snaha o vývoj látek blokující životní cyklus virů a jejich šíření v organismu. Vhodným cílem takových látek jsou specifické virové enzymy, například flavivirová proteasa. Tato serinová proteasa chymotrypsinového typu je tvořena heterodimerem flavivirových nestrukturních proteinů NS2B a NS3. Doména NS3 obsahuje také helikasu, tu je však možné pro studii samotné proteasy rekombinantně odstranit. Protein NS2B je transmembránový, s doménou NS3 však interaguje pouze hydrofilní, 40 aminokyselinový peptid. Ten funguje jako chaperon a podílí se na vazbě substrátu v aktivním místě. V této práci bylo studováno šest variant rekombinantních proteinů obsahující aktivační peptid NS2B a proteasovou doménu NS3. Tyto proteiny byly exprimovány a purifikovány. Čtyři varianty byly charakterizovány v enzymologických studiích, včetně testování možných inhibitorů. Toto testování odhalilo...
The study of the association behavior of the amphiphilic copolymers in solutions containing low molar compounds by means of computer simulations.
Šindelka, Karel ; Limpouchová, Zuzana (vedoucí práce) ; Slavíček, Petr (oponent) ; Vondrášek, Jiří (oponent)
Název: Studium asociačního chování amfifilních kopolymerů v roztocích obsa- hujících nízkomolekulární látky pomocí počítačových simulací Autor: Karel Šindelka Department: Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova Supervisor: Doc. Ing. Zuzana Limpouchová, Csc. Abstrakt Dizertační práce se zabývá studiem elektrostatické asociace v polymerních roz- tocích obsahujících blokové polyelektrolytové (PE) kopolymery spolu se surfak- tanty, neutrálními homopolymery nebo jinými opačně nabitými polyelektrolyty. Bylo ukázáno, že tvorba asociátů závisí nejen na kooperativních elektrostatických interakcích mezi opačně nabitými PE řetězci, ale i na charakteru amfifilních in- terakcí polyelektrolytů a na kompatibilitě kopolymerních bloků. Polyelektrolyty s nekompatibilními bloky tvoří jasně definované struktury s hydrofobním jádrem a rozpustnou slupkou, zatímco v případě polyelektrolytů s kompatibilními bloky vznikají velké nejasně definované " crew-cut" agregáty. V nestechiometrických směsích PE kopolymerů s nekompatibilními bloky jsou agregované nanočástice menší než ve stechiometrických směsích a tyto nanočástice jsou navíc nabité. Nestabilita větších agregátů závisí na způsobu zavedení pře- bytku náboje: největší...
Identification and modeling of gene expression regulatory networks during streptomycetes germination
Straková, Eva ; Vohradský, Jiří (vedoucí práce) ; Stopka, Pavel (oponent) ; Vondrášek, Jiří (oponent)
Streptomycety jsou studovány především kvůli své schopnosti produkovat antibiotika, ale také jako modelový bakteriální organismus s komplexním buněčným cyklem. V této práci byl systémově studován proces klíčení (germinace) Streptomyces coelicolor za použití transkriptomických a proteomických metod. Klíčení představuje základní vývojový přechod z klidového období buňky do vegetativní fáze růstu. Během počátečních 5,5 h klíčení byly ve 13 časových bodech měřeny změny exprese mRNA a celková vnitrobuněčná koncentrace proteinů, včetně monitorování aktuání proteosyntézy. Pro kvantifikaci transkriptu byla použita metoda DNA mikročipů, proteiny byly měřeny pomocí dvourozměrné gelové elektroforézy. Modelováním genové expresse byly rekonstruovány genetické sítě a identifikovány funkční skupiny genů regulované určitými sigma faktory. Výstupem modelování byl soubor parametrů, který umožnil simulovat kinetiku regulace mezi sigma faktory a regulovanými geny. Bylo zjištěno, že klíčovou roli během procesu hrají sigma faktory SigR a HrdD, jejichž regulony byly identifikovány. Z transkriptomických i proteomických dat vyplývá, že nejintenzivnější odezva buňky na vnější prostředí probíhá během první hodiny germinace, aktivací různých regulačních mechanismů. Pro porovnání globálních trendů v expresi genů/proteinů byla...
Intermolecular interactions in proteins
Kysilka, Jiří ; Vondrášek, Jiří (vedoucí práce) ; Ettrich, Rüdiger (oponent) ; Banáš, Pavel (oponent)
Mezimolekulové interakce v proteinech - Abstrakt Mgr. Jiří Kysilka Nekovalentní interakce jsou zodpovědné za folding proteinů i za molekulární rozpoznávání během interakce proteinů s dalšími molekulami, například s různými ligandy, dalšími proteiny či molekulami solventu. Abychom těmto procesům, kterých se proteiny účastní, mohli porozumět, je třeba kvalitního popisu nekovalentních interakcí. Většina metod, které jsou výpočetně dostupné pro biologicky zajímavé systémy, však má problém se správným popisem disperzního členu. V této práci je využito korekční schéma DFT/CC pro výpočet interakčních energií malých molekul interagujících s grafitickým povrchem. Tyto výsledky slouží jako benchmark pro interakci funkčních skupin proteinů s hydrofobním prostředím. V následující části práce je zkoumána role nekovalentních interakcí při procesech protein-protein interakce a hydratace proteinu. Na souboru 69 proteinových dimerů byly lokalizovány interakční interface a bylo charakterizováno jejich složení. Bylo ukázáno, že interface dává přednost rozvětveným hydrofobním aminokyselinám (Ile, Leu, Val) a aromatickým aminokyselinám (Phe, Tyr), zatímco vylučuje nabité aminokyseliny kromě Arg. Relativní preference pro výběr interakčního partnera je podobný pro aminokyseliny na interface i uvnitř proteinu, avšak interakce párů...
Interaction preferences in protein - DNA complexes
Jakubec, Dávid ; Vondrášek, Jiří (vedoucí práce) ; Berka, Karel (oponent)
Interakční preference v komplexes protein - DNA Dávid Jakubec Abstrakt Interakce proteinů s DNA jsou základem mnoha esenciálních biologických pochodů. Navzdory dosavadním snahám se zatím nepodařilo kompletně objasnit pravidla řídící rozpoznávání specifických úseků nukleových kyselin proteiny. V této práci se pokouším prozkoumat proces rozpoznávání DNA rozdělením složité sítě kontaktů na rozhraní protein - DNA do příspěvků jednotlivých párů aminokyselina - nukleotid. Tyto páry byly získány z exis- tujících struktur protein - DNA komplexů ve vysokém rozlišení a zpracovány bioinformatickými metodami a nástroji výpočetné chemie. Nově jsem zavedl kritéria specificity sprahující pozorované geometrické preference s relativní energetickou bilancí párů. Aplikací těchto kritérií jsem rozšířil knihovnu párů aminokyselina - nukleotid které se mohou podílet na přímém rozpoznávání sekvence. S cílem prozkoumat fyzikální základy pozorované specificity jsem vypočítal mapy elektrostatických potenciálů pro jednotlivé nukleotidy a vy- brané komplexy. 1

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 38 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Viz též: podobná jména autorů
1 Vondrášek, Jakub
1 Vondrášek, Jan
1 Vondrášek, Jiří Bc.
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.