|
|
EPR studium radikálových meziproduktů H-transferu z kyslíkatých, uhlíkatých a dusíkatých donorů.
Marešová, Renata ; Mazúr, Milan (oponent) ; Stopka, Pavel (oponent) ; Omelka, Ladislav (vedoucí práce)
V rámci dizertační práce byly studovány problémy přenosu vodíkového z vybraných typů fenolů, aromatických sekundárních aminů a sloučenin s kyselými CH vazbami. Tento proces byl iniciován účinkem redox činidel, především PbO2, v nepolárních rozpuštědlech. Výsledkem abstrakce vodíkového atomu je vznik radikálových meziproduktů, které byly detekovány metodou EPR spektroskopie. Vzhledem k tomu, že se jednalo většinou o vysoce nestabilní radikály, bylo nutné aplikovat techniku nepřímé detekce, t. zv. spin trapping. Uvedená metoda umožňuje interpretovat charakter generovaných radikálů na základě EPR parametrů aduktů, které vznikají jejich reakcí s vhodně zvolenými sloučeninami, spin trapy, které se přidávají do reakčního systému. Jako spin trapy byly použity především aromatické nitrososloučeniny. Jelikož EPR spektra radikálových aduktů jsou v mnoha případech velmi složitá, jejich interpretace byla možná jedině za použití simulace. Na tomto základě byly získány nové poznatky o charakteru adice fenoxylových radikálů na aromatické nitrososloučeniny, stabilitě alkylových substituentů v metyl substituovaných fenolech a charakteru C-radikálů generovaných ze substituovaných kumarinů a beta-diketonů. Zároveň byla u aromatických sekundárních aminů prokázána malá schopnost dusíkatých radikálů, primárních produktů štěpení NH vazeb, vstupovat do reakce se spin trapy.
|
|
|
Radikálové reakce rozpadu N-H, O-H a O-O vazeb účinkem homogenních a heterogenních redox činidel.
Majzlík, Petr ; Mazúr, Milan (oponent) ; Stopka, Pavel (oponent) ; Omelka, Ladislav (vedoucí práce)
Disertační práce byla zaměřena na EPR studium redox reakcí vybraných typů fenolů, sekundárních aminů a diperoxidických sloučenin.V ramci studia bylo použito několik redox činidel a práce probíhla jak v nepolárních tak i v malé míře v polárních rozpouštědlech. EPR spektra generovaných radikálových produktů byla interpretována na základě spektrální simulace. Studium radikálových reakcí za účasti fenolů bylo přednostně zaměřeno na chování para metyl substituovaných fenolů za účelem posouzení lability tohoto substituentu ve vztahu k použitým redox činidlům. Byla prokázána tendence k odštěpení vodíku z para metyl substituentu, jako paraleního mechanizmu k odštěpení vodíku z fenolické OH skupiny. Vznikající benzylové radikály byly nepřímo detekovány ve formě aduktů s aromatickými nitroso sloučeninami. Tyto adukty podléhají následným přeměnám, vedoucím k novým typům fenoxylových radikálů. Studium rozpadu NH vazeb bylo provedeno na skupině N,N´- parafenylendiaminů, 1-anilino-1-fenylpentan-3-onů a amino substituovaných 1,3-dimetyluracilů. Oxidací s 3-chloroperoxybenzoovou kyselinou byly od uvedených struktur připraveny příslušné nitroxylové radikály. V případě 1-anilino-1-fenylpentan-3-onů byly oxidací s PbO2 připraveny aminylové radikály, kterých přítomnost byla prokázána metodou spin trappingu s nitrosobenzenem. V rámci studia rozpadu peroxidických – O-O- vazeb byly metodou spin trappingu sledovány kyslíkaté radikály, generované z peroxidických sloučenin typu Luperoxidů v přítomnosti vybraných redox činidel. Z analýzy EPR spekter vyplývá, že primární alkoxylové radikály pravděpodobně podléhají fragmentaci, která v přítomnosti kyslíku vede ke vzniku sekundárních alkoxylových radikálů. Vznik kyslíkatých radikálů v průběhu rozkladu byl nepřímo potvrzen v přítomnosti modelových fenolických sloučenin, kdy v důsledku abstrakce vodíku z fenolické OH skupiny těmito radikály dochází k tvorbě fenoxylových radikálů
|
|
|
Proteomic architecture of sperm-egg interactions
Otčenášková, Tereza ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Petr, Jaroslav (oponent) ; Vrbacký, Marek (oponent)
Nedávné pokroky v proteomických metodách poskytují nové poznatky pro biologický výzkum a to včetně oblasti reprodukční biologie. Stanovení proteomického základu spermií je klíčové pro pochopení komplexního procesu interakcí gamet během oplození zahrnující akrozomální reakci. Napříč živočišnými taxony lze pozorovat značné rozdíly ve velikosti, tvaru a molekulárním složení spermií způsobené postkopulačním pohlavním výběrem a fylogenezí. První cílem této disertační práce je characterizovat proteinové složení akrozomu a zjistit tak jeho další funkční význam v interakci spermie a vajíčka. Dále se zaměřujeme na možné souvislosti mezi proteinovým složením spermií a morfologickou diverzifikací spermií, mírou výskytu kompetice spermií a fylogenetickou příbuzností zkoumaných druhů. Pro analýzy byli použiti samci odchycení v přírodě z přirozených populací druhů Mus musculus musculus, Apodemus flavicollis, Microtus arvalis (řád Hlodavci), Acrocephalus palustris, Chloris chloris, Phylloscopus collybita, Cinclus cinclus, Hirundo rustica a Taeniopygia guttata chovaní v zajetí (řád Pěvci). Jako hlavní metodologický přístup byla v celé práci použita nano kapalinová chromatografie spojená s tandemovou hmotnostní spektrometrií. Naše data ukazují, že biologické role akrozomu hlodavců nespočívají pouze v usnadňování...
|
|
|
Integrated multi-omics analysis of chemical signaling in wild rodents
Matějková, Tereza ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent) ; Bryja, Josef (oponent)
Bakterie žijící v symbióze se svým hostitelem v takzvaných mikrobiomech jsou jedním z hlavních pilířů evoluce živočichů, včetně evoluce jejich chemické komunikace. Fenotyp, genotyp a mikrobiom laboratorních živočichů chovaných po generace ve sterilních podmínkách se však od jejich divokých předků změnil, což vede k výrazným rozdílům mezi výsledky získanými z laboratorních organismů a z jejich divokých protějšků. Tato práce se zaměřuje na chemickou komunikaci u volně žijících hlodavců. Konkrétně zkoumá části těla, které se přímo podílí na chemické komunikaci (tj. ústa, pochva a střeva) a které jsou zároveň obývány mikrobiomy produkující chemické signály. Změny mikrobiomu, proteomu a metabolomu divokých myší jsou v této práci studovány pomocí sekvenování nové generace a nejmodernější proteomové a metabolomové chromatografie - hmotnostní spektrometrie. Práce analyzuje změny mikrobiomu v rámci přesunu divokých jedinců do zajetí, společného soužití divokých a laboratorních zvířat a také v kontextu hormonálních změn během estrálních cyklů. Dále tato práce diskutuje rozdíly a podobnosti v mikrobiomu, proteomu a metabolomu na úrovni různých druhů (Apodemus sp.), poddruhů (Mus musculus domesticus vs. musculus) a prostředí (přirozený vs. laboratorní původu). Výsledky ukazují, že mikrobiom zůstává během...
|
|
|
Evoluce morfologie spermií ptáků
Zemanová, Aneta ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Frolíková, Michaela (oponent)
Spermie je jedna z nejvariabilnějších buněk, která nese napříč druhy různé morfologické rozdíly a podléhá selekčním tlakům, díky nimž mohou být způsobeny morfologické změny. Vznikají různé morfologické adaptace a tím spermie získává šanci na úspěšné oplození. Hlavním cílem mé diplomové práce bylo zjistit, zda rozdíly v proteomech sledují úroveň kompetice spermií nebo spíše fylogenezi. Tato práce je zaměřená na analýzu morfologie spermií u různých druhů pěvců, zastoupení proteinů jak ve spermii, tak i v seminální tekutině a jejich zařazení do jednotlivých kategorií genové ontologie. Pro tuto studii bylo vybráno šest druhů pěvců: rákosník zpěvný (Acrocephalus palustris), skorec vodní (Cinclus cinclus), zvonek zelený (Chloris chloris), vlaštovka obecná (Hirundo rustica), budníček menší (Phylloscopus collybita) a zebřička pestrá (Taeniopygia guttata). U všech druhů bylo provedeno morfometrické měření spermií, kde největší variabilita byla zaznamenána ve střední části bičíku spermií. Pomocí hmotnostní spektrometrie byly analyzovány proteiny spermií a seminální tekutiny zvlášť a následně pomocí diskriminační analýzy určeny proteiny, které nejvíce od sebe odlišují vybrané druhy pěvců. Ze získaných dat je možné usuzovat, že spermie s delší střední částí mají více mitochondriálních proteinů, které jsou...
|
|
|
Chemická komunikace u myšic rodu Apodemus
Obstová, Lucie ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Vohralík, Vladimír (oponent)
Tato bakalářská práce pojednává o speciálním mazovém orgánu, sloužícím pravděpodobně k chemické komunikaci u čtyř druhů myšice rodu Apodemus - A. flavicollis, A. sylvaticus, A. agrarius a A. microps. Tento orgán se nachází na ventrální straně ocasu a označuje se tedy jako orgán kaudální. Kaudální orgán je tvořen značně zvětšenými mazovými žlázami. Vyvinut je zvláště u samců, ale samice a mláďata tento orgán vlastní také. Morfologická struktura orgánu je stejného základu bez ohledu na druh, pohlaví či věk, ovšem míra vývinu se mezi druhy liší. Orgán vylučuje sekret, jehož chemické složení není doposud známo, ovšem díky plynové chromatografii se zjistilo, že rozdíly ve složení sekretu se nacházejí jak mezi druhy, tak i vnitrodruhově. Tento sekret je v podstatě vizitkou jednotlivce, neboť s sebou nese informace o druhu, pohlaví, věku, či dokonce i populační příslušnosti. Funkce orgánu není stále známa. Mohl by sloužit ke značení teritoria, hrát roli v sociálních interakcích (myšleno agonistické chování) nebo být důležitou součástí kopulačního chování.
|
|
|
Faktory ovlivňující estrální cyklus myši domácí (Mus musculus)
Havrdová, Leona ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Němec, Pavel (oponent)
Faktory ovlivňující estrální cyklus myši domácí domácí (Mus musculus) Abstrakt Práce ve formě rešerše pojednává o faktorech ovlivňující estrální cyklus myši domácí (Mus musculus). Nosným tématem je zpracování modulace estrálního cyklu vlivem samčích či samičích chemických signálů. Podrobně jsou popsány známé fenomény - Bruceové, Whittenův a Lee-Boot efekt, spolu s nověji objevenými případy sociální modulace (vyvolání ovulace, role genotypu samce apod.). Dále se zabývá vlivy prostředí, především bisfenolu A v souvislosti s nežádoucím dopadem na reprodukční systém člověka, který je zkoumán právě na myších. Klíčová slova: estrus, feromon, MUP, Mus musculus, vomeronazální orgán
|
|
| |
|
|
Faktory ovlivňující spermatogenezi myší s použitím analýzy genové exprese
Suchan, Jan ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Hortová, Kateřina (oponent)
Spermatogeneze je velice specifický a komplexní proces, který reguluje a zároveň podléhá reprodukčnímu chování. Tyto procesy jsou ovlivňovány vnějšími faktory např. sociálními stimuly reprezentovanými kontaktem samce se samicí. Mezi živočichy s vysokou senzitivitou k chemickým signálům patří i myši. Prosazuje se u nich proto feromonální komunikace, která dále přes hormonální dráhy působí na expresní aktivitu v testikulární tkáni. Cílem regulace se pak stávají např. proteiny zapojené v imunitních drahách nebo kompetici. Fenotypová plasticita může probíhat na úrovni sekvence DNA, ale stejně tak se může projevovat na úrovni genové exprese. Proto mě zajímá, jestli faktory typu sociálního kontaktu dokáží zásadně změnit hodnotu exprese genů zapojených v drahách, které ovlivňují reprodukci. Zajímá mě také možnost, že by se změny v expresní úrovni určitých genů mohly podílet na speciačních událostech mezi druhy. V mojí diplomové práci byl prokázán vliv poměrně krátkodobého sociálního kontaktu samce se samicí na expresi genů biochemických drah zapojených přímo či nepřímo do spermatogeneze a dalších drah spojených s reprodukčním chováním. Stejně tak jsme nalezli geny, jejichž úroveň exprese se v testikulární tkáni liší mezi druhy Mus m. musculus a Mus m. domesticus. Tyto výsledky tak ukazují, že sociální interakce...
|
|
|
Identification and modeling of gene expression regulatory networks during streptomycetes germination
Straková, Eva ; Vohradský, Jiří (vedoucí práce) ; Stopka, Pavel (oponent) ; Vondrášek, Jiří (oponent)
Streptomycety jsou studovány především kvůli své schopnosti produkovat antibiotika, ale také jako modelový bakteriální organismus s komplexním buněčným cyklem. V této práci byl systémově studován proces klíčení (germinace) Streptomyces coelicolor za použití transkriptomických a proteomických metod. Klíčení představuje základní vývojový přechod z klidového období buňky do vegetativní fáze růstu. Během počátečních 5,5 h klíčení byly ve 13 časových bodech měřeny změny exprese mRNA a celková vnitrobuněčná koncentrace proteinů, včetně monitorování aktuání proteosyntézy. Pro kvantifikaci transkriptu byla použita metoda DNA mikročipů, proteiny byly měřeny pomocí dvourozměrné gelové elektroforézy. Modelováním genové expresse byly rekonstruovány genetické sítě a identifikovány funkční skupiny genů regulované určitými sigma faktory. Výstupem modelování byl soubor parametrů, který umožnil simulovat kinetiku regulace mezi sigma faktory a regulovanými geny. Bylo zjištěno, že klíčovou roli během procesu hrají sigma faktory SigR a HrdD, jejichž regulony byly identifikovány. Z transkriptomických i proteomických dat vyplývá, že nejintenzivnější odezva buňky na vnější prostředí probíhá během první hodiny germinace, aktivací různých regulačních mechanismů. Pro porovnání globálních trendů v expresi genů/proteinů byla...
|
host ::
RSS.