|
|
Charakterizace32,33-didehydroroflamykoinu - sekundárního metabolitu Streptomyces durmitorensis
Koukalová, Alena ; Černý, Jan (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent)
Streptomycety jsou půdní Gram-pozitivní vláknité bakterie, produkující širokou škálu pigmentů a biologicky aktivních látek včetně makrolidových antibiotik. Některé z nich jsou využívány v lékařství jako antibiotika a antimykotika, jiné se uplatňují v biologickém výzkumu jako molekuly vhodné pro fluorescenční značení membrán a detekci cholesterolu. Aktinomyceta Streptomyces durmitorensis (kmen MS405T ) je bakterie izolovaná z půdních vzorků národního parku Durmitor v Černé Hoře. Produkuje sekundární metabolit 32,33-didehydroroflamykoin (DDHR), který je strukturně velmi podobný roflamykoinu a příbuzný s široce využívaným makrolidem filipinem. DDHR vykazuje cytotoxickou aktivitu vůči savčím buňkám a kvasinkám Saccharomyces cerevisiae kmene EGY48, zároveň má zajímavé fluorescenční vlastnosti. Interaguje s buněčnými membránami, díky své fluorescenci umožňuje vizualizovat některé membránové struktury (např. lysozomy), způsobuje desintegraci membrán, což vede k přestavbě aktinového a tubulinového cytoskeletu a při vyšších koncentracích k nekróze buněk. Po vazbě na cholesterol v membránách se snižuje intenzita fluorescence DDHR. Molekula se vyznačuje schopností vizualizovat aberantní lysozomy, čehož lze potenciálně úspěšně využít v diagnostice některých lysozomálně střádavých chorob.
|
|
|
Lipid Membranes at the Nanoscale: Single-Molecule Fluorescence Approach
Koukalová, Alena ; Černý, Jan (vedoucí práce) ; Malínský, Jan (oponent) ; Benda, Aleš (oponent)
Komplexita buněčných membrán zdaleka není jen pouhé náhodné uskupení lipidů a proteinů, které odděluje buňku od okolního prostředí. Každá z tisíců různých složek membrán vykonává své specifické funkce důležité pro funkci celé buňky, neboť mnoho biologických procesů se odehrává právě na membránách. Pochopení těchto procesů na molekulové úrovni je cílem současného biologického výzkumu. Náš výzkum využívající detekci jednotlivých fluorescenčních molekul (např. FCS, FCCS, FLIM-FRET) přispěl k poznání laterální organizace membrán nebo mechanismu membránové fúze. Dále jsme odhalili mechanismus účinku membránově aktivního sekundárního metabolitu. Vzhledem k tomu, že je membránový systém živých buněk příliš složitý, byly naše experiment prováděny na modelových lipidových membránách, které umožňují studium lipid-lipidových a lipid-proteinových interakcí na molekulové úrovni kontrolovaným způsobem. První část této práce se zabývá studiem mechanismu působení sekundárního metabolitu didehydroroflamycoinu (DDHR) v membránách. Zjistili jsme, že DDHR je molekula tvořící póry v membránách a že je tato schopnost ovlivněna přítomností cholesterolu. Přímá vizualizace vlastní fluorescence DDHR ukázala jeho preferenční lokalizaci do oblastí membrán s vyšší uspořádaností lipidů. Druhá část práce je věnována studiu...
|
|
|
Funkční membránové mikrodomény v cytoplazmatické membráně bakterií
Švecová, Magdaléna ; Mikušová, Gabriela (vedoucí práce) ; Koukalová, Alena (oponent)
Funkční membránové mikrodomény jsou strukturní heterogenity v cytoplazmatické membráně bakterií, které dosahují velikosti až několika desítek nanometrů. Svým lipidovým a proteinovým složením i fluiditou se liší od zbytku membrány a do velké míry tak odpovídají eukaryotickým lipidovým raftům. Membránové mikrodomény obsahují strukturní homology eukaryotického flotilinu a také hopanoidy a karotenoidy jako funkční analogy cholesterolu v lipidových raftech eukaryot. V membránových mikrodoménách bakterií jsou lokalizovány proteiny účastnící se buněčného transportu, signalizace, sekrece, tvorby biofilmu nebo sporulace. Funkční membránové mikrodomény bakterií jsou specifickým místem pro vstup některých antibiotik do buňky. Rozrušení funkčních membránových mikrodomén můžeme navíc považovat za nový mechanismus boje proti bakteriálním infekcím způsobených patogeny rezistentními ke stávajícím antibiotikům. V nepřítomnosti membránových domén totiž dochází ke ztrátě aktivity proteinů, které pro svou funkci vyžadují prostředí mikrodomén, což může vést k inhibici růstu bakteriální buňky. Klíčová slova: Funkční membránové mikrodomény, cytoplazmatická membrána bakterií, kardiolipin, hopanoidy, flotiliny, rezistence bakterií k antibiotikům
|
|
|
Lipid Membranes at the Nanoscale: Single-Molecule Fluorescence Approach
Koukalová, Alena ; Černý, Jan (vedoucí práce) ; Malínský, Jan (oponent) ; Benda, Aleš (oponent)
Komplexita buněčných membrán zdaleka není jen pouhé náhodné uskupení lipidů a proteinů, které odděluje buňku od okolního prostředí. Každá z tisíců různých složek membrán vykonává své specifické funkce důležité pro funkci celé buňky, neboť mnoho biologických procesů se odehrává právě na membránách. Pochopení těchto procesů na molekulové úrovni je cílem současného biologického výzkumu. Náš výzkum využívající detekci jednotlivých fluorescenčních molekul (např. FCS, FCCS, FLIM-FRET) přispěl k poznání laterální organizace membrán nebo mechanismu membránové fúze. Dále jsme odhalili mechanismus účinku membránově aktivního sekundárního metabolitu. Vzhledem k tomu, že je membránový systém živých buněk příliš složitý, byly naše experiment prováděny na modelových lipidových membránách, které umožňují studium lipid-lipidových a lipid-proteinových interakcí na molekulové úrovni kontrolovaným způsobem. První část této práce se zabývá studiem mechanismu působení sekundárního metabolitu didehydroroflamycoinu (DDHR) v membránách. Zjistili jsme, že DDHR je molekula tvořící póry v membránách a že je tato schopnost ovlivněna přítomností cholesterolu. Přímá vizualizace vlastní fluorescence DDHR ukázala jeho preferenční lokalizaci do oblastí membrán s vyšší uspořádaností lipidů. Druhá část práce je věnována studiu...
|
|
|
Charakterizace32,33-didehydroroflamykoinu - sekundárního metabolitu Streptomyces durmitorensis
Koukalová, Alena ; Černý, Jan (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent)
Streptomycety jsou půdní Gram-pozitivní vláknité bakterie, produkující širokou škálu pigmentů a biologicky aktivních látek včetně makrolidových antibiotik. Některé z nich jsou využívány v lékařství jako antibiotika a antimykotika, jiné se uplatňují v biologickém výzkumu jako molekuly vhodné pro fluorescenční značení membrán a detekci cholesterolu. Aktinomyceta Streptomyces durmitorensis (kmen MS405T ) je bakterie izolovaná z půdních vzorků národního parku Durmitor v Černé Hoře. Produkuje sekundární metabolit 32,33-didehydroroflamykoin (DDHR), který je strukturně velmi podobný roflamykoinu a příbuzný s široce využívaným makrolidem filipinem. DDHR vykazuje cytotoxickou aktivitu vůči savčím buňkám a kvasinkám Saccharomyces cerevisiae kmene EGY48, zároveň má zajímavé fluorescenční vlastnosti. Interaguje s buněčnými membránami, díky své fluorescenci umožňuje vizualizovat některé membránové struktury (např. lysozomy), způsobuje desintegraci membrán, což vede k přestavbě aktinového a tubulinového cytoskeletu a při vyšších koncentracích k nekróze buněk. Po vazbě na cholesterol v membránách se snižuje intenzita fluorescence DDHR. Molekula se vyznačuje schopností vizualizovat aberantní lysozomy, čehož lze potenciálně úspěšně využít v diagnostice některých lysozomálně střádavých chorob.
|
|
|
Nástroje pro studium cholesterolu v biologických membránách
Koukalová, Alena ; Nováková, Olga (oponent) ; Černý, Jan (vedoucí práce)
Cholesterol je jednou z hlavních složek buněčných membrán většiny eukaryotických buněk, v nichž plní mnoho funkcí. Reguluje tekutost membrán, ovlivňuje aktivitu mnoha membránových proteinů a představuje prekurzor mnoha steroidních hormonů a žlučových kyselin. Protože cholesterol není sám o sobě barevný nebo fluorescenční, pro studium jeho lokalizace a distribuce v buňce je nutné ho vizualizovat například pomocí takzvaných reporérových molekul. Ty lze rozdělit do dvou skupin: sondy specificky vázající cholesterol a analogy cholesterolu. Mezi sondy řadíme enzym cholesterol oxidázu, který katalyzuje reakci cholesterolu s kyslíkem za vzniku produktu cholest-4-en-3-on a peroxidu vodíku a využívá se ke studiu organizace membrány a kinetiku flip-flop cholesterolu v plasmatické membráně, polyen filipin, tvořící fluorescenční komplexy s cholesterolem, které podávají informace o distribuci a lokalizaci cholesterolu v buňce. Thiolem aktivované cytolysiny a derivát perfrigolysinu O - BCθ-toxin - jsou vhodné ke studiu na cholesterol bohatých oblastí a lokalizace cholesterolu v membráně. Cyklodextriny (hlavně methyl- β-cyklodextrin) specificky vážou cholesterol i jeho analogy, díky tomu mohou sloužit jak k odstranění cholesterolu z membrány, tak i k efektivnímu vnášení jeho analogů do membrán. U fluorescenčních analogů...
|
|
|
České podnikatelské prostředí z pohledu švýcarských investorů
Kracík, Josef ; Müllerová, Františka (vedoucí práce) ; Koukalová, Alena (oponent)
Cílem mé diplomové práce bylo provést situační analýzu podnikatelského prostředí v České republice, určit jeho specifika a přidat i švýcarský pohled věc. Mým cílem bylo dále poskytnout informace firmám pocházejícím ze Švýcarska a usnadnit jim rozhodování zda vstoupit na český trh. Zvolil jsem metodu kvantitativní analýzy jednotlivých faktorů, které podnikatelské prostředí determinují. Tu jsem doplnil o kvalitativní analýzu podnikatelského prostředí v ČR ze švýcarského pohledu, kterou jsem provedl prostřednictvím individuálních interview se švýcarským velvyslancem v Praze, ředitelkou Obchodní komory Švýcarsko -- ČR a marketingovým ředitelem švýcarské firmy působící v ČR.
|
host ::
RSS.