|
|
Vliv mikrobiomu na patogenezi střevních onemocnění
Galanová, Natalie ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Hudcovic, Tomáš (oponent)
Střevní mikrobiota je významným faktorem ve vývoji některých onemocnění, k nimž patří i idiopatické střevní záněty (IBD, n = 127), Ulcerózní kolitida, Crohnova choroba, a kolorektální karcinom (CRC, n = 64). Součástí této práce je připravit klinický materiál různého typu (stolice, biopsie) k sekvenaci na platformě Illumina Miseq. Tohoto je dosaženo přes izolaci DNA, amplifikaci 16S a vnitřního přepisovaného mezerníku (ITS), normlaizaci a ligaci sekvenačních adaptorů. Cílem je pomcí sekvenačních dat popsat rozdíly v mikrobiomu zdravých a nemocných jedinců v případě IBD nebo zdravé a karcinomem zasažené tkáně u pacientů s CRC. Tuto práci tvoří i kultivační část, kdy jsou vzorky čerstvé stolice (n = 3) kultivovány při široké škále aplikovaných podmínek, jimiž je zjištěna ekofyziologická a druhová diverzita těchto vzorků klasickými a molekulárními metodami. Zároveň je spolehlivě taxonomicky určena diverzita kultivovatelných hub ve fekálních vzorcích amplifikací relevantních genů (ITS1, β tubulin, druhé největší podjednotky RNA polymerázy II., RPB2) a následnou oboustrannou sekvenací Sangerovou metodou. Vybrané druhy hub jsou zpracovány na lyzáty, kterými jsou stimulovány buněčné kultury myších makrofágů (RAW). Vliv hub na imunitní odpověď je tak studován in vitro a analyzován imunologickými metodami...
|
|
|
Role of bacteria and mucosal immune system and their interaction in the pathogenesis of inflammatory bowel disease
Du, Zhengyu ; Hudcovic, Tomáš (vedoucí práce) ; Prokešová, Ludmila (oponent) ; Kamanová, Jana (oponent)
Etiologie a patogeneze chronického zánětlivého onemocnění střevního traktu (IBD). není doposud zcela jasná. Je obecně přijato tvrzení, že zánět je důsledkem nepřiměřené imunitní reakce na antigeny rezidentní mikrobioty u geneticky citlivých jedinců. U pacientů s IBD dochází ke změnám ve složení střevní mikrobioty, kdy je většinou zvýšen výskyt jednoho druhu bakterie a naopak dochází ke snížení výskytu ostatních bakteriálních druhů. IBD je velmi komplexní onemocnění a pro pochopení jeho vzniku a rozvoje je nutné brat v úvahu také složité interakce mezi genetickými faktory, imunitním systémem, střevní mikrobiotou a životním prostředím. V předkládané dizertační práci jsme se zaměřili na interakci mezi střevní mikrobiotou spojenou s IBD a mukózním imunitním systémem. V gnotobiotickém myším modelu jsme zkoumali schopnost bakterií asociovaných s mukózou (MAB), které byly odebrány od pacientů s aktivním IBD, vyvolat spontánní kolitidu. Byl posuzován vliv těchto bakterií na vznik a vývoj experimentálně vyvolané kolitidy dextran sulfátem sodným (DSS). Spolu s analýzou složení střevní mikrobioty, původně bezmikrobních myší kolonizovaných MAB od IBD pacientů, jsme ukázali, že škodlivé bakterie mají schopnost zvyšovat náchylnost k DSS vyvolané kolitidě. Objasnili jsme mechanismus působení E. coli p 19 A, která...
|
|
|
Role mikrobioty v experimentálním myším modelu psoriázy
Jirásková Zákostelská, Zuzana ; Stehlíková, Zuzana ; Klimešová, Klára ; Rossmann, Pavel ; Dvořák, Jiří ; Novosádová, Iva ; Kostovčík, Martin ; Coufal, Štěpán ; Šrůtková, Dagmar ; Hudcovic, Tomáš ; Štěpánková, Renata ; Rob, F. ; Jůzlová, P. ; Herzogová, J. ; Tlaskalová-Hogenová, Helena ; Kverka, Miloslav
Myší model psoriázy a gnotobiotické techniky jsou velmi důležitými nástroji pro pochopení, jakou roli hrají střevní a kožní mikrobiota v patogenezi psoriázy. V našich experimentech jsme ukázali, že bezmikrobní myši, stejně tak jako konvenční myši léčené antibiotiky, mají nižší míru kožního zánětu, než myši kontrolní. Léčba širokospektrými antibiotiky vedla u myší k dramatickým změnám ve složení střevní mikrobioty, především jsme pozorovali extenzivní nárůst řádu Lactobacillales. Abychom zodpověděli otázku, zda má řád Lactobacillales potenciální efekt na tíži kožního zánětu, monokolonizovali jsme myši kmenem L. plantarum WCFS1. Také tyto monokolonizované myši vykazovali nižší míru zánětu, než myši konvenční. Abychom ale porozuměli tomu, jestli je mikrobiální dysbióza příčinou či následkem onemocnění, je třeba mikrobiální kolonizaci dále analyzovat.
|
|
|
Local steroidogenesis in peripheral tissues and its regulation
Langová, Veronika ; Ergang, Peter (vedoucí práce) ; Hudcovic, Tomáš (oponent)
Vrozené i adaptivní imunitní reakce jsou modulovány hormonálně, mimo jiné pomocí glukokortikoidů, a působením mikrobiomu, nicméně přesný mechanismus není zcela objasněn. Tato studie se zabývá vlivem mikrobiomu na de novo biogenezi a lokální regeneraci glukokortikoidů. Konkrétním předmětem analýzy je vliv komenzálů na expresi genů kódujících steroidogenní enzymy (Star, Cyp11a1, Hsd3b1, Cyp21a1, Cyp11b1) a enzym zajišťující regeneraci glukokortikoidů (Hsd11b1) v nadledvinách, tračníku, slezině a mesenteriálních lymfatických uzlinách. Studie byla provedena na konvenčních a bezmikrobních myších. Exprese všech 5 komponent de novo steroidogeneze byla pozorována pouze v nadledvinách a tračníku. V lymfatických orgánech byla pozorována především exprese Star, Cyp11a1 a Hsd3b1, naznačující pouze schopnost produkce progesteronu, nikoli jeho další konverzi na kortikosteron. Vlivem přítomného mikrobiomu došlo k poklesu exprese Star ve všech studovaných tkáních, exprese ostatních enzymů byla ovlivněna tkáňově specificky či ovlivněna nebyla. Konvenční myši vykazovaly zvýšenou expresi Hsd11b1 ve slezině, v ostatních orgánech exprese ovlivněna nebyla. Exprese Hsd11b1 nebyla ovlivněna ani in vitro stimulací Toll-like receptorů v imunitních buňkách izolovaných z mesenteriálních lymfatických uzlin. Z výsledků lze tedy...
|
|
|
Vliv mikrobiomu na patogenezi střevních onemocnění
Galanová, Natalie ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Hudcovic, Tomáš (oponent)
Střevní mikrobiota je významným faktorem ve vývoji některých onemocnění, k nimž patří i idiopatické střevní záněty (IBD, n = 127), Ulcerózní kolitida, Crohnova choroba, a kolorektální karcinom (CRC, n = 64). Součástí této práce je připravit klinický materiál různého typu (stolice, biopsie) k sekvenaci na platformě Illumina Miseq. Tohoto je dosaženo přes izolaci DNA, amplifikaci 16S a vnitřního přepisovaného mezerníku (ITS), normlaizaci a ligaci sekvenačních adaptorů. Cílem je pomcí sekvenačních dat popsat rozdíly v mikrobiomu zdravých a nemocných jedinců v případě IBD nebo zdravé a karcinomem zasažené tkáně u pacientů s CRC. Tuto práci tvoří i kultivační část, kdy jsou vzorky čerstvé stolice (n = 3) kultivovány při široké škále aplikovaných podmínek, jimiž je zjištěna ekofyziologická a druhová diverzita těchto vzorků klasickými a molekulárními metodami. Zároveň je spolehlivě taxonomicky určena diverzita kultivovatelných hub ve fekálních vzorcích amplifikací relevantních genů (ITS1, β tubulin, druhé největší podjednotky RNA polymerázy II., RPB2) a následnou oboustrannou sekvenací Sangerovou metodou. Vybrané druhy hub jsou zpracovány na lyzáty, kterými jsou stimulovány buněčné kultury myších makrofágů (RAW). Vliv hub na imunitní odpověď je tak studován in vitro a analyzován imunologickými metodami...
|
|
|
Mykobiom lidského trávicího traktu ve zdraví a nemoci
Galanová, Natalie ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Hudcovic, Tomáš (oponent)
Práce komplexním způsobem shrnuje poznatky o mykobiomu trávicího traktu člověka. Podává tak přehled o výskytu, diverzitě a četnosti hub v jednotlivých částech trávicí trubice, faktorech určujících složení jejích společenstev, interakcích s imunitním systémem, ostatními mikroby i mezi jednotlivými členy houbové komunity. Stručně naznačuje používanou metodologii při studiu daného předmětu spolu s výhodami jednotlivých postupů. Shrnuje a diskutuje současné znalosti o přirozeném mykobiomu, který se podílí na efektivním fungování organismu a to i v případech, kdy se tento podílí na vzniku a udržování stavu disbalance. Pro rod Candida, dominantní gastrointestinální rod, je shrnuta ekologie i podrobnější interakce s okolím. Střevní mykobiota je dle posledního výzkumu považována za důležitý faktor ve vývoji některých lokálních onemocnění, k nimž patří také idiopatické střevní záněty, ulcerózní kolitida a Crohnova choroba, nebo syndrom dráždivého tračníku. Ovšem také různá zdánlivě nesouvisející onemocnění jsou v posledních letech spojována se změnou ve střevním mykobiomu. Navíc se střevní komunita svou imunogenní podstatou podílí i na vzniku obraných reakcí v jiných částech těla. Klíčová slova: mykobiom, mikrobiota, sekvenování nové generace, ITS rDNA, diverzita, idiopatické střevní záněty, dráždivý tračník
|
|
|
Role of bacteria and mucosal immune system and their interaction in the pathogenesis of inflammatory bowel disease
Du, Zhengyu ; Hudcovic, Tomáš (vedoucí práce) ; Prokešová, Ludmila (oponent) ; Kamanová, Jana (oponent)
Etiologie a patogeneze chronického zánětlivého onemocnění střevního traktu (IBD). není doposud zcela jasná. Je obecně přijato tvrzení, že zánět je důsledkem nepřiměřené imunitní reakce na antigeny rezidentní mikrobioty u geneticky citlivých jedinců. U pacientů s IBD dochází ke změnám ve složení střevní mikrobioty, kdy je většinou zvýšen výskyt jednoho druhu bakterie a naopak dochází ke snížení výskytu ostatních bakteriálních druhů. IBD je velmi komplexní onemocnění a pro pochopení jeho vzniku a rozvoje je nutné brat v úvahu také složité interakce mezi genetickými faktory, imunitním systémem, střevní mikrobiotou a životním prostředím. V předkládané dizertační práci jsme se zaměřili na interakci mezi střevní mikrobiotou spojenou s IBD a mukózním imunitním systémem. V gnotobiotickém myším modelu jsme zkoumali schopnost bakterií asociovaných s mukózou (MAB), které byly odebrány od pacientů s aktivním IBD, vyvolat spontánní kolitidu. Byl posuzován vliv těchto bakterií na vznik a vývoj experimentálně vyvolané kolitidy dextran sulfátem sodným (DSS). Spolu s analýzou složení střevní mikrobioty, původně bezmikrobních myší kolonizovaných MAB od IBD pacientů, jsme ukázali, že škodlivé bakterie mají schopnost zvyšovat náchylnost k DSS vyvolané kolitidě. Objasnili jsme mechanismus působení E. coli p 19 A, která...
|
|
|
Gut microbiome and colorectal cancer
Tlaskalová-Hogenová, Helena ; Klimešová, Klára ; Zákostelská, Zuzana ; Kverka, Miloslav ; Hornová, Michaela ; Vannucci, Luca ; Štěpánková, Renata ; Hudcovic, Tomáš ; Kozáková, Hana ; Rossmann, Pavel
The work deals with metagenomic approaches that are currently being used to decipher the genome of the microbiota (microbiome), and, in parallel, functional studies are being performed to analyze the effects of microbiota on the host.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.