|
|
AGO-hook domény v metylaci DNA řízené malými RNA u Arabidopsis thaliana
Teznerová, Kateřina ; Čermák, Vojtěch (vedoucí práce) ; Moravec, Tomáš (oponent)
Metylace DNA řízená malými RNA (RdDM) je důležitá dráha, jež prostřednictvím navození metylace DNA reguluje genovou expresi a podílí se na obraně proti invazivním DNA elementům (zejména transposonům). Klíčovou roli v RdDM dráze hrají proteiny Argonaut (AGO) s malými RNA (sRNA), které jsou k cílové DNA sekvenčně komplementární. S proteiny Argonaut jsou schopné interagovat domény zvané AGO-hooky. U rostlin se v RdDM dráze uplatňují dva proteiny s AGO-hook doménami: NRPE1 a SPT5L. Na řešitelském pracovišti bylo nedávno objeveno, že součástí komplexu Pol V (stejně jako zmíněné dva proteiny) je ještě třetí protein SPT6L. Role SPT6L role dosud nebyla popsána, ale předpokládáme, že rovněž hraje roli v RdDM dráze. Tato práce se zabývá studiem všech tří AGO-hook domén přítomných v Pol V komplexu a jejich rolí v RdDM dráze u rostliny Arabidopsis thaliana, od přípravy mutantů postrádajících různé kombinace uvedených AGO-hook domén po studium jejich role a zastupitelnosti při metylaci DNA v různých lokusech. Klíčová slova AGO-hook, Arabidopsis thaliana, NRPE1, SPT5L, SPT6L, siRNA, epigenetické značení chromatinu, protein Argonaut
|
|
|
Role AGO-hook domény histonového chaperonu SPT6L v regulaci genové exprese
Kašpar, Tomáš ; Čermák, Vojtěch (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
AGO-hook domény přítomné u některých eukaryotických proteinů slouží k vazbě proteinů z rodiny ARGONAUTE (AGO). Proteiny AGO fungují v mnoha procesech regulujících expresi genů za pomoci jimi navázané malé RNA (sRNA). sRNA slouží k rozpoznání cílového komplementárního transkriptu. Tato práce si klade za cíl zjistit roli předpokládané AGO-hook domény proteinu SPT6L. SPT6L je transkripční elongační faktor z komplexu RNA polymerázy II (Pol II), kde slouží jako histonový chaperon a účastní se epigenetického značení histonů. SPT6L je u Arabidopsis thaliana jedním ze dvou paralogů proteinu SPT6, který je charakterizován právě přítomností AGO-hook domény, což je ryze rostlinné specifikum. Funkce této domény není u rostliny A. thaliana známá. Přesto by se dalo předpokládat, že tato doména bude zajišťovat navádění proteinů AGO do komplexu Pol II, čímž poté může umožnit regulaci modifikací chromatinu, či kotranskripčně ovlivňovat transkripty Pol II cílené sRNA. Tato práce nastiňuje funkci AGO-hook domény proteinu SPT6L u rostliny A. thaliana. Získané výsledky ukazují interakci AGO-hook domény proteinu SPT6L s AGO a její vliv na expresi a na zpracování transkriptů. Klíčová slova SPT6L, AGO-hook, transkripce, chromatin, Arabidopsis thaliana
|
|
|
RNA interference u rostlin
Čermák, Vojtěch ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Kulich, Ivan (oponent)
RNA interference je jedním z dějů, které umožňují v buňkách regulovat aktivitu genů. Tento proces je většinou spouštěn přítomností dvoušroubovicové RNA v buňce. Z takovéto RNA mohou být vyštěpovány duplexy malých RNA, většinou o délce 20-25 nukleotidů, za pomoci proteinu zvaného Dicer. Jednovláknové malé RNA uvolněné z těchto duplexů jsou základním kamenem RNA interference a lze je třídit do několika skupin na základě jejich biogeneze. U rostlin se setkáváme s miRNA a siRNA. Malé RNA asociují s proteinem zvaným Argonaut a navádějí jej na základě sekvenční komplementarity k cílové molekule. Argonaut může fungovat buďto sám nebo v komplexu s jinými proteiny. V závislosti na charakteru proteinů účastnících se tohoto děje spouští malé RNA různorodé procesy, které mohou vést ke štěpení mRNA (proces, na který stačí samotný komplex Argonaut a malá RNA), blokování translace nebo modifikacím chromatinu. S RNA interferencí se lze setkat u většiny Eukaryot, kde hraje roli ve vývoji organismů, jejich reakci na stres, úpravách chromatinu a také v obraně proti virům. U rostlin se setkáváme s rozmanitou škálou mechanismů, kterými může RNAi fungovat a kterým začínáme teprve postupně rozumět a doceňovat jejich význam.
|
|
|
Studium mechanismu posttranskripčního a transkripčního umlčování transgenů v buněčné linii tabáku BY-2
Čermák, Vojtěch ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Moravec, Tomáš (oponent)
RNA interference je jedním z mechanismů, který umožňuje buňkám regulovat aktivitu genů, ovlivňovat tvorbu a udržování heterochromatinu a chránit je před invazivními nukleovými kyselinami. U rostlin je RNA interference spouštěna přítomností dvoušroubovicové RNA, která je štěpena proteinem Dicer na malé RNA o délce převážně 20-24nt. Tyto malé RNA mohou v komplexu s proteinem Argonaut na základě sekvenční komplementarity řídit štěpení mRNA, blokování translace, či modifikace chromatinu. V důsledku tak může být genová exprese umlčována buď posttranskripčně (tím že je bráněno vzniku proteinu z již vytvořené mRNA, PTGS) a nebo transkripčně (tím že je bráněno vzniku transkriptu, TGS). Záměrem této práce bylo připravení různých způsobů spouštění posttranskripčního umlčování a porovnání jejich funkčnosti a účinnosti. Dalším krokem pak byla příprava systému, který by měl umožnit sledování jednotlivých kroků přechodu posttranskripčního umlčování na umlčování transkripční. Tyto tzv. indikátorové linie by měly dovolit sledovat časování a dynamiku tohoto procesu s využitím fluorescenčních proteinů. Připravovaný systém umožní také vyhodnocení různých faktorů na průběh tohoto procesu - jedním z nich je RNA-dependentní RNA polymeráza 6, která hraje hlavní roli v samovolném spouštění PTGS. V práci je použita jako modelový...
|
|
|
Regulace nástupu kvetení u dřevin
Čermák, Vladimír ; Mašková, Petra (vedoucí práce) ; Čermák, Vojtěch (oponent)
Nástup kvetení je pro dřeviny mírného pásu velice důležitý proces a jeho špatné načasování může způsobit poškození květů a ztrátu úrody. I když je tento proces dobře popsán u jednoletých bylin, jako je například Arabidopsis thaliana, u dřevin stále mnoho otázek zůstává nezodpovězených. Tato práce sumarizuje poznatky o mechanismech nástupu kvetení u dřevin, a to ve srovnání s poznatky dosaženými u modelových rostlin, zejména Arabidopsis thaliana, včetně faktorů zapojených v regulaci procesu kvetení. Konkrétně jsou to FT-like geny a TFL1- like geny, které hrají důležitou roli při regulaci indukce kvetení, a jsou proto podrobně diskutovány. U dřevin mírného pásu následuje po indukci kvetení, ještě před rozkvětem, období dormance. Periodická regulace tohoto stavu je řízena endogenně a krom jiných faktorů je ovlivněna expresí genů DAM. Genetické mechanismy regulující ukončení endodormance u dřevin jsou nápadně podobné vernalizaci u bylin. Hlubší pochopení procesů jako je indukce kvetení a ukončení endodormance nám může pomoci při vývoji kultivarů s modifikovanou dobou kvetení.
|
|
|
Efficiency, predictability and liquidity in the commodity futures markets
Čermák, Vojtěch ; Krištoufek, Ladislav (vedoucí práce) ; Čech, František (oponent)
Tato práce zkoumá efektivitu několika CME komoditních futures a její vztah k likviditě během desetiletého období. Cílem je najít ARMA model, který je lepší než šum z pohledu kvality předpovědi a dále provést analýzu likvidity daného trhu v případě že se nám podaří takový model nalézt. Toto je provedeno porovnáváním vybraných ARMA modelů ku šumu. K tomu je použit Diebolt - Mariano test na chyby v předpovědi získané pseudo out - of - sample analýzou za použití klouzavého okna s opětovnou regresí. Další analýza se zabývá vybranými faktory které mohou ovlivnit velikost DM statistiky. Hlavním zjištěním je, že pro téměř každou komoditu jsme schopni nalézt dostatečně malé období, kde je ARMA model lepší než šum. Pro většinu komodit je toto období tak malé, že na nemá vliv na hypotézu efektivních trhů. Jen pro palladium a lean hog futures jsme schopni nalézt toto období větší než rok. Tyto dvě komodity ukazují silné známky neefektivity, která vychází z toho, že schopnost predikovat není vyvážena sníženou likviditou v daném období.
|
|
|
Kinematický záznam jurské obdukce oceánské kůry v Západních Karpatech
Čermák, Vojtěch ; Jeřábek, Petr (vedoucí práce) ; Vojtko, Rastislav (oponent)
Práce je zaměřena na problematiku deformačního záznamu jurské subdukce meliatského oceánského prostoru v oblasti Západních Karpat. Tato oceánská doména se otevřela během středního triasu a k jejímu uzavírání došlo na hranici střední a svrchní jury. Dokladem existence oceánské domény jsou sedimentární horniny oceánského původu, glaukofanitizované bazalty a serpentinizované ultramafické horniny v oblasti předpokládané suturní zóny. Metabazalty, jejichž chemismus odpovídá přechodnému složení mezi bazalty středooceánských riftů a ostrovních oblouků, prodělaly vysokotlakou, nízkoteplotní metamorfózu, což dokládá, že byly během subdukce zataženy do velkých hloubek a později exhumovány do spodních partií akrečního klínu. Vlastní výzkum byl zaměřen na identifikaci deformačního záznamu v jednotkách jižního Gemerika, Meliatské jednotce (příkrov Bôrky) a Silickém příkrovu Na základě analýzy deformačních struktur byly ve studované oblasti identifikovány čtyři deformační události D1 - D4. Deformace D1 - D3, které se projevily různě v různých jednotkách, ukazují na zhruba východo-západní směr komprese související se subdukcí Meliatské oceánské desky, exhumací jejích částí do akrečního komplexu nad subdukční zónou a přesouváním těchto horninových komplexů přes jednotku Gemerika. Deformace D4 postihla všechny...
|
|
|
Dynamics and variability of induced transgene silencing in tobacco cell line BY-2
Čermák, Vojtěch ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Pečinka, Aleš (oponent) ; Lafon Placette, Clément (oponent)
RNA interference (RNAi) je důležitým mechanismem regulace genové exprese u rostlin. RNAi u rostlin je spouštěna přítomností dvouvláknové RNA (dsRNA), která je následně zpracována na malé RNA (sRNA) o délce 21-24 nt. Malé RNA po navázání na protein Argonaut (AGO) jsou schopné rozeznat cílovou molekulu na základě sekvenční komplementarity. Pokud je cílem mRNA, může ji AGO rozštěpit, nebo může blokovat translaci, což vede k posttranskripčnímu umlčení (PTGS). Pokud je cílem DNA, tak může navodit její metylaci, což vede k transkripčnímu umlčení (TGS), pokud dojde k metylaci v promotoru. Jednotlivé komponenty RNAi jsou celkem dobře popsány, ale méně je známo o vlivu odlišných typů dsRNA prekursorů na dynamiku RNAi. Ke studiu těchto aspektů RNAi jsme využili tabákovou buněčnou linii BY-2 s reportérovým genem pro GFP cíleným silencery s inducibilní expresí. Fungování silencerů bylo založeno na třech základních způsobech tvorby dsRNA: transkripcí antisense GFP (AS), GFP bez terminátoru (UT) a GFP v invertované repetici (IR). Tyto tři silencery spouštěly PTGS, čtvrtý silencer byla IR cílící na CaMV 35S promotor a spouštějící TGS. To nám umožnilo studovat RNAi od její iniciace, přes plné umlčení až po obnovení exprese při vysazení induktoru - vše relativně snadno analyzovatelné díky vysoce homogennímu...
|
|
|
Adversarial examples design by deep generative models
Čermák, Vojtěch ; Neruda, Roman (vedoucí práce) ; Pilát, Martin (oponent)
V této práci zkoumáme možnost tvorby nepřátelských vzorků pomocí generativních modelů. Použijeme generativní modely k vytvoření nepřátelských vzorků pomocí perturbace latentních vektorů a využití některých vlastností klasifikátoru. Součástí práce je návrh dvou algoritmů. První algoritmus využívá lineární interpolace v kombinaci s bisekcí k získání vzorků z rozhodovací hranice klasifikátoru. Druhý využívá gradient k vytvoření potenciálně nepřátelských vzorků, podobně jako algoritmus FGSM. Tyto algoritmy použijeme na datasety MNIST, SVHT a CIFAR a vytvoříme sadu potenciálně nepřátelských vzorků a ukážeme, že v nich existují vzorky, které člověk klasifikuje jinak než stroj. Dále ukážeme, že náš typ útoku dokáže obejít bežně používané obrany.
|
|
|
Analysis of stock market sentiment with social media
Čermák, Vojtěch ; Baruník, Jozef (vedoucí práce) ; Vacek, Pavel (oponent)
Práce zkoumá možnost využití sentimentu ve zprávách z Twitteru. K tomu navrhujeme nový přístup založený na přímém odhadu volatility na akciových trzích pomoci příznaků získaných vhodnou reprezentací textu. Porovnáváme standardní metody reprezentace textu a také nový přístup založený na agregaci vektorů slov vytvořených technikou vnoření slov. Ukazuje se, že přímé modelování proměnných na akciovém trhu je možné za pomocí většiny navrhovaných metod vektorizace. Silné výsledky metody založené na vnoření slov ukazují, že tato metoda je výbornou reprezentací sentimentu, protože nezávisí na množství zpráv, ale využívá sémantickou informaci v tweetech. Kromě toho jsme ukázali, že agregace vektorů z vnořených slov je vhodný postup pro reprezentaci velkých dokumentů.
|
host ::
RSS.