Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 6 záznamů.  Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Interactive clustering approaches in single-cell cytometry
Urban, Nicole Aemilia ; Šmelko, Adam (vedoucí práce) ; Stuchlý, Jan (oponent)
Průtoková cytometrie umožňuje monitorování velkých, různorodých bu- něčných populací za využití fluerescenčních markerů, díky čemuž je skvělý nástroj pro studium biologických vlastností krve a tkání a také v diagnos- tice v klinickém prostředí. Nedávné pokroky v metologii zdůrazňují auto- matické clusterování jako nástroj volby pro analýzu dat a bylo vytvořeno mnoho clusterovacích algoritmů vhodných pro řešení různých úloh. Bohužel aplikace takových algoritmů v biologii a medicíně zůstává výzvou, obzvláště pokud jednotlivé nástroje neposkytují uživatelsky přístupné interaktivní roz- hraní použitelné odborníky v oboru. Cílem této práce je zhodnotit současné možnosti vývoje interaktivního prostředi za užití programovacích prostředí. Hlavním cílem této práce je nadesignovat nový nástroj, který je postaven na předchozí metologii (iDendro, gMHCA), který umožní aplikaci zkoumané metologie na skutečných datasetech. Koncový uživatel by měl být schopen s daty komunikovat za použití vhodných vizualizačních technik způsobem který je snadný a intuitivní, aby získal biologicky relevantní výsledky.
Optimalizace a aplikace nelineárního spektrálního unmixingu v průtokové cytometrii
Nemec, Matěj ; Musil, Jan (vedoucí práce) ; Stuchlý, Jan (oponent)
Pokroky v oblasti prtokové cytometrie umoují její vyuití pro high-througput zpracování single-cell vzork a mení relativn velkého mnoství odliných marker. Pro efektivní vyuití této technologie je ale nezbytné unmixovat zmená bunná spektra a tím se zptn dobrat interpretovatelných výsledk. K eení unmixo- vacího problému se v souasnosti typicky vyuívají lineární dekonvoluní algo- ritmy, jak napíklad metoda nejmeních tverc, které ale mají problémy s opti- málním zpracováním variabilních zdroj umu pi mení vzorku. Cílem této práce je porovnat novou nelinearní unmixovací metodu nougad, která vyuíva algo- ritmus graidentního sestupu. Pro objektivní porovnání metod jsme vytvoili model, který generuje realistická data se známou 'pravdou', naimplemento- vali paralelizovanou verzi algoritmu nougad a Bayesovsky zoptimalizovali pís- luné hyperparametry. Algoritmy jsme porovnali prostednitvím nkolik rzných metrik. Ze srovnání jasn vyplívá, e nougad typicky podává lepí výsledky ne testované lineární algoritmy. Nougad se tedy zdá být lepí volbou pro praktické vyuití a zárove slibným kandidátem pro dalí optimalizaci a vývoj. 1
Studying lymphocyte development using mass cytometry
Novák, David ; Stuchlý, Jan (vedoucí práce) ; Špidlen, Josef (oponent)
Studium vývoje lymfocytů pomocí hmotnostní cytometrie Abstrakt Vývoj dospělých lymfocytů (podtypu bílých krvinek) je klíčový pro správnou funkci lidského imunitního systému. V současnosti lze studovat vývojové cesty po- mocí vysoce výkonných metod měření na úrovni jednotlivých buněk (single-cell). Hmotnostní cytometrie umožňuje studium imunologicky relevantních fenotypových a funkčních markerů ve velkém měřítku. V této práci představuji svůj osobní podíl na vývoji tviblindi, silného nástroje pro analýzu cytometrických dat zaměřenou na odhalení vývojových trajektorií. tviblindi je balíček napsaný v jazycích R, Python a C++. Poskytuje možnost integrace předchozích vědomostí a datových analýz založených na teorii grafů a algebraické topologii. Nástroj tviblindi je přístupný výzkumníkům v oblasti biologie bez přehledu v informatice a matemat- ice. Jedná se o příspěvek k rostoucímu počtu metod na poli trajectory inference (odhalování vývojových trajektorií) pro single-cell data. Mimoto shrnuji současné poznatky o vývoji T lymfocytů a provádím analýzu souboru dat z lidského thymu a periferní krve pomocí tviblindi a výsledky analýzy hodnotím. 1
Studying lymphocyte development using mass cytometry
Novák, David ; Stuchlý, Jan (vedoucí práce) ; Špidlen, Josef (oponent)
Studium vývoje lymfocytů pomocí hmotnostní cytometrie Abstrakt Vývoj dospělých lymfocytů (podtypu bílých krvinek) je klíčový pro správnou funkci lidského imunitního systému. V současnosti lze studovat vývojové cesty po- mocí vysoce výkonných metod měření na úrovni jednotlivých buněk (single-cell). Hmotnostní cytometrie umožňuje studium imunologicky relevantních fenotypových a funkčních markerů ve velkém měřítku. V této práci představuji svůj osobní podíl na vývoji tviblindi, silného nástroje pro analýzu cytometrických dat zaměřenou na odhalení vývojových trajektorií. tviblindi je balíček napsaný v jazycích R, Python a C++. Poskytuje možnost integrace předchozích vědomostí a datových analýz založených na teorii grafů a algebraické topologii. Nástroj tviblindi je přístupný výzkumníkům v oblasti biologie bez přehledu v informatice a matemat- ice. Jedná se o příspěvek k rostoucímu počtu metod na poli trajectory inference (odhalování vývojových trajektorií) pro single-cell data. Mimoto shrnuji současné poznatky o vývoji T lymfocytů a provádím analýzu souboru dat z lidského thymu a periferní krve pomocí tviblindi a výsledky analýzy hodnotím. 1
Moderní matematické metody ve studiu imunitní rekonstituce a imunodeficiencí
Stuchlý, Jan ; Kalina, Tomáš (vedoucí práce) ; Šinkora, Jiří (oponent) ; Štěpánek, Ondřej (oponent)
V této práci p edstavujeme nové metody anal˝zy a integrace cytometrick˝ch dat ze öirokého spektra problém se vztahem k imunodeficiencím a poruchám krvetvorby. CVID 6 (respektive 8) barevná pr toková cytometrie je pouûita k imnuno- fenotypizaci rozsáhlé kohorty (88) CVID pacient . Automatická anal˝za "pro- bability binning" ukazuje stabilitu a vnit ní provázanost imunofentotypu CVID pacient . Definovali jsme podskupinu CVID pacient , která vykazuje v˝raznou senescenci, aktivaci imunitního systému a podobn˝ klinick˝ obraz (trombocyto- penie, plicní fibróza a bronchiektázie), kter˝ kvantitativn koreluje s imunofeno- typem. Anal˝za bun ného proteomu Vytvo ili jsme techniky, které umoû ují multiplexní (tisíce protilátek najednou) anal˝zu lidského proteomu pomocí afi- nitní proteomiky, rychlou anal˝zu a zpracování dat. Tyto techniky jsme apliko- vali na anal˝zu zm n proteomu lidsk˝ch bun n˝ch linií a charakterizaci prote- omu akutních leukemií. Ukazujeme dosud nepopsanou stabilitu proteomu v rámci subcelulárních lokalizací a prezentujeme teoretick˝ a praktick˝ základ pro stan- dardizaci a validaci protilátek pro pouûití v afinitní proteomice. Topologická anal˝za cytometrick˝ch dat Multiparametrická hmotnostní cytometrie umoû uje popsat sloûité topologické vztahy bun k v r zn˝ch v˝vo- jov˝ch stádiích....

Viz též: podobná jména autorů
2 Stuchlý, Jan
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.