|
|
Evoluce systému RAYT/REP u bakterií rodu Stenotrophomonas
Staněk, Tadeáš ; Nunvář, Jaroslav (vedoucí práce) ; Zahradník, Jiří (oponent)
REP (repetitivní extragenové palindromy) jsou krátké DNA elementy nacházející se v mezigenových oblastech řady bakterií, běžně ve stovkách kopií na genom. Neschopny vlastní mobilizace jsou REP šířeny pomocí RAYT (REP asociovaná tyrosinová transpozáza). Stenotrophomonas jsou gamaproteobakterie s širokou ekologickou nikou. RAYT/REP systémy jsou u těchto bakterií rozšířené, u 102 kmenů bylo celkem nalezeno přes 132 tisíc elementů. V genomech koexistuje několik sekvenčních tříd REP, pro vysokou početnost daného REP je zásadní přítomnost asociovaného RAYT. REP jsou lokalizovány v "REP lokusech", řadě intergenových oblastí s vysokou evoluční dynamikou - v daném lokusu se mění počty, sekvence i orientace REP. Kromě genomových ostrovů chybí REP v oblasti terminace replikace, v regionu vykazujícím nestandardní evoluční dynamiku (proměnlivý počet a pořadí genů), pravděpodobně související se segregací chromozomu. Stenotrophomonas jsou bohaté na inserční sekvence (IS). Bylo identifikováno 35 unikátních IS a ověřen cíl jejich inzerce. Zástupci deseti IS specificky insertují do REP, další čtyři IS cílí do YPAL (Yersinia palindromické elementy) - intergenových DNA motivů doposud známých jen u rodu Yersinia. Celkem 14 z 35 IS u Stenotrophomonas cílí na intergenové motivy, počtem kopií přitom tvoří 75% všech IS....
|
|
|
Bakteriální REP elementy
Staněk, Tadeáš ; Nunvář, Jaroslav (vedoucí práce) ; Zahradník, Jiří (oponent)
Inserční sekvence jsou nejmenším typem mobilních genetických elementů. Jsou tvořeny specifickými terminálními sekvencemi, mezi kterými je umístěn gen pro transpozázu, enzym, s jehož pomocí jsou schopny se propagovat genomem. REP elementy jsou krátké repetitivní sekvence hojně zastoupené v řadě bakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech genomu. Mají strukturu palindromu, díky tomu ve formě ssRNA či ssDNA vytváří vlásenku. V hostitelském genomu lze nalézt stovky těchto elementů. Ty jsou často ve shlucích vytvářejících vyšší strukturní jednotky: REPIN, mající strukturu REP-mezera-REP, nebo BIME se strukturou iREP-mezera-iREP. Tyto struktury jsou asociované s RAYT, tyrozinovou nukleázou příbuznou rodině IS200/IS605 transpozáz. Jedná se o domestikovaný enzym propagující REP elementy skrze genom. Sama přítomnost REP elementů má vliv na jak na translaci, tak transkripci přilehlých genů. Krom toho REP interagují s proteiny důležitými pro fyziologii buňky. Práce se zabývá rozšířením REP elementů, jejich vlastnostmi, funkcí v buňce a jejich asociací s RAYT nukleázou. Dále práce shrnuje poznatky o RAYT a jejich podobnostech a rozdílech v porovnání s ostatními rodinami transpozáz. Klíčová slova: REP elementy, BIME, REPIN, RAYT, IS200/IS605, Y1 transpozázy, mobilní genetické elementy
|
host ::
RSS.