Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 23 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Využití mikroskopie atomárních sil při morfologické a fyzikálně-chemické analýze mikrobiálních buněk a buněčných komponent
Blaňka, Ondřej ; Smilek, Jiří (oponent) ; Slaninová, Eva (vedoucí práce)
Cílem bakalářské práce byla charakterizace bakteriálních buněk Rhodospirillum rubrum, které produkují polyhydroxyalkanotáty (PHA) a Rhodospirillum rubrum phaC bez schopnosti produkce intracelulárních granulí PHA pomocí mikroskopie atomárních sil. Dále byly touto metodou také charakterizovány izolované polyhydroxyalkanoátových granulí v jejich nativním stavu. Při přípravě vzorků, konkrétně pro fixaci bakteriálních buněk i izolovaných PHA granulí byl využit Poly-L-lysin, který byl aplikován na oplazmovaná podložní sklíčka při koncentraci 0,01 mg/ml. Testovaným hrotem byl hrot MLCT – A. První získanou charakteristikou byly topografické snímky buněk Rhodospirillum rubrum a Rhodospirillum rubrum phaC a izolovaných PHA granulí. Bakteriální buňky a PHA granule byly dále charakterizovány pomocí Youngova modulu. Pro jeho získání byla navrhnuta metoda, při které byly nejprve snímány celé buňky, respektive PHA granule, a následně bylo v případě buněk provedeno měření zaměřené na jednotlivá místa na buňce. Naměřená data byla nejprve vyhodnocena v softwaru JPK Data Processing pomocí Hertzova modelu aproximace dat. Toto vyhodnocení se ukázalo jako nespolehlivé, proto byla navrhnuta druhá metoda, při které se k vyhodnocení použily směrnice přímek získaných se strmých částí křivky „extend“. Jako spolehlivější měření bylo zvoleno měření celých buněk, protože u něj vycházely menší odchylky a byly získány informace o celém povrchu buňky či granule. Směrnice Rhodospirillum rubrum dosahovala hodnoty (4,5±1,5) nN/µm a pro Rhodospirillum rubrum phaC (14,1±4,4) nN/µm. Z toho byl potvrzen předpoklad, že buňky Rhodospirillum rubrum obsahující PHA granule vykazují rozdílnou tuhost oproti buňkám Rhodospirillum rubrum phaC bez přítomnosti PHA granulí. Směrnice pro izolované PHA granule byla stanovena (9,0±1,0) nN/µm. Při jejím porovnání se směrnicemi bakteriálních buněk vyplývá, že PHA granule vykazují tuhost, která se nachází v rozmezí mezi tuhostí Rhodospirillum rubrum a Rhodospirillum rubrum phaC.
In-situ analysis of photosynthetic pigments in bacterial cells
Janošec, Juraj ; Vodička, Juraj (oponent) ; Slaninová, Eva (vedoucí práce)
This bachelor's thesis deals with the design and characterization of an appropriate combination of methods for the analysis of photosynthetic pigments in a model organism that produces such pigments. Specifically, the microorganism Rhodospirillum rubrum was investigated, which, in addition to photosynthetic pigments, also produces significant products such as potential plastic substitutes called polyhydroxyalkanoates. Structural and quantitative composition of the pigments was analyzed under different cultivation conditions with respect to light conditions. The methods used included spectroscopic techniques, particularly UV-VIS spectroscopy. Specifically, single-beam and double-beam UV-VIS spectroscopy in transmission and diffuse transmission modes, as well as fluorescence spectroscopy, were employed. These methods confirmed the presence of bacteriochlorophyll and several carotenoids, with the highest representation being of spirilloxanthin.
Zapojení polyhydroxyalkanoátů do stresové odpovědi termofilní bakterie Schlegelella thermodepolymerans
Berger, Matyáš ; Nováčková, Ivana (oponent) ; Slaninová, Eva (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce je zaměřena na zkoumání vlivu rozdílných stresových faktorů na bakterii Schlegelella thermodepolymerans, která je schopná produkce polyhydroxyalkanoátů. V tomto případě ve formě poly(3-hydroxybutyrátu). Vybranými stresovými faktory byly teplotní šok, opakované zmrazení a rozmrazení. Posledním stresovým faktorem byl osmotický stres, vyvolaný roztoky chloridu sodného o různé koncentraci. V teoretické části byly charakterizovány polyhydroxyalkanoáty, termofilní organismy, mechanismy jednotlivých stresů a metody analýzy polyhydroxyalkanoátů. V experimentální části byly porovnány dva kmeny termofilní bakterie Schlegelella thermodepolymerans, a to M 15344 a DSM 15344. Byla porovnána odolnost vůči stresu obou kmenů, měřením viability za pomocí metody průtokové cytometrie. Během měření byl sledován nárůst optické hustoty, a za pomocí GC-FID byl stanoven obsah P(3HB) v biomase. Morfologické změny způsobené stresy byly pozorovány pomocí metod elektronové mikroskopie Cryo-SEM a STEM. Kmen DSM 15344 vykazoval lepší růst a produkci P(3HB), než kmen M 15344, který naopak lépe odolával vystavenému stresu.
Produkce kopolymeru poly(3-hydroxybutyrát-co-3-hydroxyhexanoát) s využitím vybraných zástupců rodu Aeromonas
Čeparová, Klára ; Slaninová, Eva (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá studiem produkce polyhydroxyalkanoátů (PHA) bakteriemi rodu Aeromonas. Pro tuto práci byly vybrány čtyři bakteriální kmeny: Aeromonas aquatica (DSM 100827), Aeromonas bivalvium (DSM 19111), Aeromonas hydrophila (CCM 7770) a Aeromonas cavernicola (CCM 7641). Nejprve byla ověřena přítomnost genu phaC zodpovědného za syntézu PHA pomocí polymerázové řetězcové reakce (PCR). U tří ze čtyř vybraných kmenů (A. aquatica, A. bivalvium, A. hydrophila) byla přítomnost genu phaC potvrzena. Kmen A. cavernicola neobsahoval gen phaC. U kmenů s potvrzenou přítomnosti genu phaC byla dále sledována syntéza PHA na různých uhlíkatých substrátech. Cílem práce byla optimalizace kultivačních podmínek bakteriálních kultur pro syntézu PHA. Byla sledována produkce polyhydroxybutyrátu (PHB) a poly(3-hydroxybutyrát-co-3-hydroxyhexanoát) P(3HB-co-3HHx). Vyhodnocení přítomnosti a koncentrace polymeru ve vzorcích získané biomasy probíhalo pomocí plynové chromatografie. Ke kultivaci byly jako uhlíkaté substráty použity kyselina dekanová, kyselina kapronová, kyselina oktanová, glukóza, sacharóza a fruktóza. Nejvyšší koncentrace jak PHB, tak kopolymeru P(3HB-co-3HHx) byly zaznamenány na produkčním médiu s přídavkem kyseliny dekanové v koncentraci 1 g/l, a to u A. aquatica. Z cukernatých substrátů byla nejúspěšnější kultivace na sacharóze, kdy byla naměřena nejvyšší hodnota koncentrace biomasy.
Studium metabolismu polyhydroxyalkanoátů bakterie Rhodospirillum rubrum
Pacasová, Viktorie-Alexandra ; Byrtusová, Dana (oponent) ; Slaninová, Eva (vedoucí práce)
Předložená diplomová práce je zaměřena na produkci polyhydroxyalkanoátů (PHA) u bakterie Rhodospirillum rubrum, na porovnání divokého PHA produkujícího (R. rubrum) a mutantního PHA neprodukujícího kmene z pohledu morfologie buněk. Tyto bakteriální kmeny byly rovněž podrobeny vybraným stresům a byl u nich stanoven vliv PHA na stresovou odpověď s využitím pokročilých analytických technik. Použité dva kmeny byly nejprve kultivovány za různých podmínek, lišících se přístupem světla, kyslíku, dobou kultivace a substrátem. Poté byl zkoumán vliv kultivačních podmínek a obsahu PHA na odolnost vůči vybraným stresorům – zvýšené teplotě, osmotickému stresu a cyklům opakovaného mražení. Nejprve byly kmeny kultivovány za aerobních podmínek ve tmě po dobu 48 a 72 h. U těchto vzorků byla zkoumána životaschopnost pomocí fluorescenční sondy (propidium jodid) metodou průtokové cytometrie a zároveň bylo zkoumáno porušení buněk pomocí elektronové mikroskopie. Dále byl proveden obdobný experiment, při kterém byl divoký a mutantní kmen kultivován v mikroaerobních podmínkách na světle po dobu 120 h za účelem produkce pigmentů (bakteriochlorofyl a a karotenoidy). Pro stanovení extrahovaných pigmentů byla použita UV-VIS spektroskopie. U obou bakteriálních kmenů byl také stanoven vliv doby a podmínek kultivace na stresovou odpověď pomocí průtokové cytometrie a elektronové mikroskopie. V experimentální části práce byla potvrzena schopnost produkce kopolymeru P(3HB-co¬-3HV) u divokého kmene R. rubrum. Také byla potvrzena hypotéza o protektivní vlastnosti PHA granulí při vystavení mrazícím cyklům. Naopak při vystavení osmotickému stresu nebyla protektivní funkce PHA prokázána.
Biotechnologická produkce PHA pomocí vybraných termofilních bakterií
Marková, Lucie ; Slaninová, Eva (oponent) ; Pernicová, Iva (vedoucí práce)
Hlavními tématy této závěrečné práce jsou produkce PHA kopolymerů a studium metabolismu termofilního rodu Aneurinibacillus. Teoretická část se z velké části zaobírá obecnými vlastnostmi a vznikem PHA, dále pak bakteriemi produkujícími PHA, zejména extrémofily, a poslední kapitola je věnována konkrétně bakteriálnímu rodu Aneurinibacillus a dosavadním znalostem o těchto producentech PHA. Praktická část je zaměřena na testování PHA syntázy těchto bakterií, která vykazuje schopnost syntézy široké škály monomerů. S využitím kmenů AFN2 a AH30 byly syntetizovány různé neobvyklé kopolymery s obsahem 3HB, 3HV, 4HB, 4HV, 5HV, a dokonce i šestiuhlíkaté 3HHx a 4HHx. To vypovídá o velice rozsáhlé nespecifitě tohoto enzymu. Kopolymery byly syntetizovány díky přídavkům různých prekurzorů z řad laktonů, diolů a organických kyselin. Tyto prekurzory byly přidávány do minerálního média, které vytvářelo prostředí s limitujícím obsahem dusíku, nebo do komplexního média, které bakteriím poskytlo veškeré potřebné prvky v dostatečné koncentraci. PHA byly produkovány na obou zvolených médiích. Bakterie rodu Aneurinibacillus tedy pro syntézu PHA nevyžadují nutně prostředí s limitujícím obsahem dusíku. Za zmínku stojí výsledek kultivace kmene AFN2 na komplexním médiu s přídavkem glukózy a -valerolaktonu. Biomasa za těchto podmínek narostla do koncentrace 4,2 g/l a množství syntetizovaného PHA dosáhlo hodnoty 2,6 g/l. Tento kopolymer obsahoval bezmála 60 mol. % monomeru 4HB. V závěru experimentální části byly z testovaných prekurzorů vybrány dvě dvojice lakton-diol, které byly posléze mezi sebou porovnávány. PHA produkované na médiích s přídavky těchto prekurzorů byly následně izolovány a charakterizovány. Bylo u nich stanoveno monomerní složení a molekulová hmotnost. Kopolymery syntetizované v přítomnosti laktonů vykazovaly vždy vyšší hodnotu molekulové hmotnosti, což lze vysvětlit alkoholytickou aktivitou PHA syntázy bakterií rodu Aneurinibacillus.
Využití techniky AFM při studiu biologických vzorků
Khýrová, Markéta ; Smilek, Jiří (oponent) ; Slaninová, Eva (vedoucí práce)
Předmětem bakalářské práce bylo studium Gram-negativních bakterií se schopností akumulovat polyhydroxyalkanoáty pomocí mikroskopie atomárních sil. V rámci experimentální části práce byly zkoumány bakteriální kmeny Cupriavidus necator H16 a jeho mutantní kmen Cupriavidus necator PHB-4, Rhodospirillum rubrum a Halomonas halophila. Konkrétním cílem bylo optimalizovat tuto mikroskopickou metodu pro výzkum jak bakterií na vzduchu, tak živých bakterií v jejich přirozeném prostředí. Optimalizace byla provedena s ohledem na jednoduchost, časovou náročnost a reprodukovatelnost provedení měření. Pro měření na vzduchu byla zvolena imobilizace 10× zředěné bakteriální suspenze vysušením na skleněném substrátu. Skenování bylo provedeno pomocí hrotu TESPA-V2 se sníženou konstantou tuhosti v QITM módu. V rámci měření bakteriálních vzorků v kapalině byly zkoumány různé postupy imobilizace bakterií na skleněném substrátu pomocí Poly-L-lysinu a Poly(ethyleniminu). Jako nejvhodnější fixace byla zvolena metoda s využitím Poly-L-lysinu. Pro měření v QITM módu v kapalném prostředí byly voleny hroty MLCT – A nebo SNL – B s konstantou tuhosti okolo 0,1 N/m. Nakonec byl proveden pokus o zisk informací o adhezi a Youngově modulu vysušených i živých bakterií s ohledem na předpokládané ovlivnění mechanických vlastností buněk s rozdílným obsahem polyhydroxybutyrátu u bakteriálních kmenů Cupriavidus necator H16 a Cupriavidus necator PHB-4.
Use of microcalorimetric techniques in the study of stress adaptation of microorganisms
Korfantová, Stanislava ; Slaninová, Eva (oponent) ; Krouská, Jitka (vedoucí práce)
This bachelor thesis uses microcalorimetric techniques to study stress adaptation of wild strain of H. halophila and H. halophila strain adapted to lower salinity of medium in the environment of levulinic acid, which occurs naturally in hydrolysates of lignocellulosic materials. These can serve as inexpensive substrates on which H. halophila is capable of producing polyhydroxybutyrate. Microcalorimetric measurements showed that the wild-type H. halophila strain could adapt to levulinic acid to a concentration of 5 g/l. The adapted strain, which was assumed to have poorer stress management based on lower PHB yields, could adapt to all observed concentrations. The results were compared with a conventional method that confirmed the results of microcalorimetry. Microcalorimetry has been evaluated as a universal and susceptible method that is suitable for studying the metabolic activity of microorganisms. To better interpret the obtained microcalorimetric results, it is necessary to supplement the technique with information from other analytical techniques. The bachelor thesis uses spectrophotometric and gravimetric determination and gas chromatography with a flame ionization detector to characterize the wild and adapted strain before monitoring the adaptation to levulinic acid. The techniques offered enriching information to supplement the microcalorimetry outputs.
Studium metabolismu polyhydroxyalkanoátů u bakterie Rhodospirillum rubrum
Rubanová, Blanka ; Vodička, Juraj (oponent) ; Slaninová, Eva (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá studiem metabolismu polyhydroxyalkanoátů (PHA) u bakterie Rhodospirillum rubrum za odlišných podmínek kultivace. Podmínky se lišily v míře aerace (aerobní, anaerobní, mikroaerobní) a v přítomnosti světelného zdroje (světelná kultivace, temnostní kultivace). Nejprve byly navrženy a otestovány různé objemy média pro nejrychlejší a nejvhodnější kultivaci inokula. Následně byly porovnávány kultivace Rhodospirillum rubrum za různých podmínek z hlediska obsahu PHA pomocí plynové chromatografie. Pro lepší charakterizaci růstu a metabolismu bakterií byly kromě plynové chromatografie použity další doplňkové metody, jako například průtoková cytometrie, UV-VIS spektroskopie (transmisní a difúzně transmisní mód). Z hlediska morfologie buněk byla využita fluorescenční mikroskopie a kryo-skenovací elektronová mikroskopie. Dále byla zkoumána schopnost bakterií syntetizovat barevné pigmenty (karotenoidy a bakteriochlorofyl a). Bakterie byly kultivovány na odlišných typech média (tekuté, pevné), barevné pigmenty byly následně extrahovány a byly vypočtena jejich koncentrace. Pro měření barevných pigmentů byla dále použita UV-VIS spektroskopie, Ramanova spektroskopie a infračervená spektroskopie s Fourierovou transformací (FTIR).
Využití moučných červů (Tenebrio molitor) k isolaci polyhydroxyalkanoátů z bakteriálních biomas a současné produkci potravin
Najbrtová, Johana ; Slaninová, Eva (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá využitím moučného červa (Tenebrio molitor) k izolaci polyhydroxyalkanoátů z bakteriálních biomas a současné produkci potravin. Bakterie Cupravidus necator H16 a Schlegelella thermodepolymerans byly použity k přípravě polyhydroxyalkanoáty (PHA) obsahující bakteriální biomasy. V rámci práce byla zjišťována schopnost moučných červů izolovat PHA z bakteriální biomasy různých typů. Nejprve byl zjištěn obsah PHA a hrubých bílkovin v jednotlivých typech biomasy. Následně byly provedeny dva pokusy biologické izolace, v obou případech byly výsledky porovnány s kontrolním vzorkem, který konzumoval otruby. Sledována byla konverze krmiva do formy fekálních pelet, kde nejlepší výsledky měl vzorek moučných červů krmených sušenou biomasou C. necator H16. Dále byl hodnocen úbytek hmotnosti za dobu pokusu, procento přeživších, množství nezkonzumovaného krmiva a počet zakuklených jedinců. Fekální pelety získané biologickou izolací měly nízký obsah PHA, a proto byly podrobeny přečištění. Činidlo s nejlepšími výsledky bylo 0,1 M NaOH. Další částí této práce bylo určit obsah hrubých bílkovin v červí moučce vyrobené z moučných červů z pokusu dvě. Nejvyšší zastoupení bílkovin měl vzorek krmený biomasou vyprodukovanou bakterií Schlegelella thermodepolymerans.

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 23 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.