|
|
Studium chování buněk na nanostrukturovaných TiO2 površích
Poláková, Kateřina ; Urbánková, Kateřina (oponent) ; Fohlerová,, Zdenka (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem interakce buněk na nanostrukturovaných površích z oxidu titaničitého, které jsou vytvářené pomocí elektrochemické metody zvané anodická oxidace. V teoretické části je vytvořen přehled výroby nanostrukturovaných povrchů pomocí metody anodické oxidace. Je zmíněn vliv vnějších faktorů na geometrické parametry struktur a popis metod charakterizace struktur. Dále je zpracován přehled využití pro biomedicínské aplikace a popis interakce buněk s povrchem. V praktické části je uveden postup výroby nanoporézních a nanotubulárních struktur na tenkých vrstvách titanu přímou metodou anodické oxidace, u kterých je sledován vliv vnějších faktorů. Dále je uveden postup a výroba tyčinkovitých struktur a nanoteček, vytvářených pomocí aluminové šablony (AAO), na kterých je následně provedeno studium chování buněk, které zahrnuje testy adheze, zkoumání morfologie adherovaných buněk, testy proliferace a diferenciace. Struktury jsou v rámci zkoumání interakce buněk s nanostruktutovanou vrstvou porovnávány s hladkým povrchem oxidu titaničitého.
|
|
|
Fluorescent Nanoprobes Emitting in Near-Infrared Region for Biomedical Applications
Kvaková, Klaudia ; Cígler, Petr (vedoucí práce) ; Bogdanowicz, Robert (oponent) ; Poláková, Kateřina (oponent)
Hlavním cílem této práce je podrobný výzkum fluorescenčních nanosond emitujících v blízké infračervené oblasti a jejich využití v biomedicíně. Jsou studovány zejména fluorescenční nanodiamanty (FND) a zlaté nanoklastry (AuNC). Nejprve byl zkoumán potenciál FND pro in vivo vizualizaci sentinelových lymfatických uzlin v myším modelu. Tato studie ukázala, že FND modifikované manózou vykazují vyšší internalizaci makrofágy a lepší retenci v sentinelových lymfatických uzlinách v porovnání s výchozími FND. Kromě využití v bio-zobrazování byly FND použity i pro přesné měření teploty v buňkách s difrakčním rozlišením. V této práci byly FND použity jako sondy pro lokální měření změn teploty v důsledku aktivity hipokampálních neuronů. Dále byl zkoumán potenciál AuNC, jakožto možných fluorescenčních značek pro značení a zobrazování buněk. Jednoduchou syntetickou cestou byly připraveny stabilní AuNC. Dalšími modifikacemi pomocí různých ligandů bylo dosaženo zvýšení intenzity fotoluminiscence a prodloužení doby života fotoluminiscence. Práce dále popisuje reverzibilní světelně a tepelně indukované účinky na fotoluminiscenční vlastnosti syntetizovaných AuNC. Bylo též prokázáno zesílení fotoluminiscence AuNC pomocí použití konjugace s plazmonickým systémem - zlatými nanotyčemi. Nakonec byla dosažena internalizace...
|
|
|
Metabarcoding and environmental sequencing projects
Kandaurova, Ekaterina ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Poláková, Kateřina (oponent)
Práce se zaměřuje na využití metabarcodingu v projektech odhalujících biologickou diverzitu a jeho aplikace v různých biologických oborech. Práce shrnuje principy a představuje základní pracovní postup v metabarcodingu, včetně výběru konkrétních molekulárních markerů pro různé skupiny organismů a bioinformatického zpracování dat. Práce rovněž diskutuje limity metabarcodingu, jako jsou nedostatečná standardizace, "primer bias" nebo cílení na metabolicky neaktivní organismy, a potenciální strategie pro překonání těchto překážek. Praktické využití metabarcodingu je demonstrováno na příkladech projektů zaměřených na sekvencování, jako jsou Human Microbiome Project nebo expedice TARA Oceans. Potenciál využití metabarcodingu pro výzkumné účely je diskutován z pohledu paleontologie, analýzy stravy a ochrany přírody. Celkově se práce zaměřuje na posouzení potenciálu metabarcodingu jako efektivního nástroje a mohla by sloužit jako počáteční vodítko pro ty, kteří mají zájem využít metabarcodingu pro svou vědeckou práci. Klíčová slova: metabarcoding, eDNA, molekulární markery, NGS, bioinformatika, biodiverzita.
|
|
|
The diversity of anaerobic ciliates from the subclass Scuticociliatia and their symbionts
Poláková, Kateřina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
Nálevníci jsou v hypoxických a anoxických prostředích nejdiverzifikovanější protistní skupinou a často zde vstupují do symbióz s prokaryoty. Ačkoliv byla rozmanitost anaerobních nálevníků dlouhodobě přehlížena, jejich zástupce najdeme ve většině tříd nálevníků. Tato práce se soustřeďuje na anaerobní nálevníky z podtřídy Scuticociliatia, opomíjenou skupinu patřící do diverzifikované třídy Oligohymenophorea. Objevili jsme novou anaerobní linii nálevníků v rámci této podtřídy, v které byl dosud molekulárně popsán pouze jediný druh. Ukázali jsme, že se jedná o diverzifikovanou linii, která velmi pravděpodobně představuje nový řád. Díky sběru mnoha vzorků sladkovodních a mořských anoxických sedimentů vznikla na našem pracovišti největší sbírka kultur anaerobních skutikociliátů na světě. To nám umožnilo osekvenovat gen pro 18S rRNA 55 kultur skutikociliátů a studovat jejich morfologii pod světelným mikroskopem a různými metodami barvení stříbrem. Mimo to jsme využili techniky transmisní a skenovací elektronové mikroskopie ke studiu ultrastruktury jak nálevníků, tak i symbiontů. K identifikaci symbiontů jsme využili také další metody, jako jsou sekvenace mikrobiomu nálevníků či fluorescenční in-situ hybridizace. Jelikož všichni studovaní zástupci této linie hostí prokaryotické symbionty, došli jsme k...
|
|
|
Liniová plasticita leukemických buněk
Slámová, Lucie ; Mejstříková, Ester (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent)
Liniový přesmyk z lymfoidní do myeloidní linie během léčby B prekurzorové akutní lymfoblastické leukemie (BCP ALL) je raritní a byl dosud popisován především u pacientů s přestavbou MLL genu. Podařilo se nám objevit zcela novou skupinu BCP ALL, u které dochází k liniovému přesmyku do monocytoidní linie během časné fáze léčby - swALL ("switching" ALL). U žádného pacienta se swALL fenoménem jsme nenašli přestavbu genu MLL. Zastoupení swALL pacientů mezi BCP ALL bylo neočekávaně vysoké (3-4%). Všichni swALL pacienti měli aberantní expresi antigenu CD2 (LFA-2). Zvýšená exprese C/EBPα genu a hypomethylace CEBPA promotoru byly přítomny u většiny swALL pacientů již při diagnóze onemocnění, dříve než jsme pozorovali liniový přesmyk. U pacientů se swALL jsme identifikovali v průběhu liniového přesmyku subpopulaci buněk exprimujících současně B lymfoidní a monocytární znaky. V průběhu transdiferenciace typicky dochází k zvýšení exprese cytokinových receptorů pro M-CSF a GM-CSF. Liniový přesmyk je možné rekapitulovat v in vivo a v in vitro podmínkách. Dětští pacienti se swALL odpovídají pomaleji na iniciální léčbu, často vyžadují intenzivnější léčbu, ale jejich prognóza se zdá být srovnatelná s "ostatními" BCP ALL. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
| |
|
|
Fúzní geny TEL/AML1, BCR/ABL a TEL/ABL u dětských akutních lymfoblastických leukemií
Žaliová, Markéta ; Trka, Jan (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Pospíšilová, Dagmar (oponent)
Leukémie představují skupinu maligních onemocnění charakterizovaných klonální expanzí transformovaných hematopoetických buněk s poruchou diferenciace a deregulací buněčné proliferace. Dle liniového původu dělíme leukémie na lymfoidní a myeloidní, dle průběhu onemocnění na akutní a chronické. Na rozdíl od situace u dospělých převažují v dětském věku leukémie akutní. Nejčastějším typem, se kterým se setkáváme v 80% všech případů dětských leukémií, je akutní lymfoblastická leukémie (ALL). Samotná ALL pak představuje 25% ze všech malignit v dětství a je tak vůbec nejčastější malignitou tohoto věkového období. Incidence ALL v České republice je přibližně 3 nové případy na 100 000 dětí (tj. ve věku 0-18 let) ročně s vrcholem výskytu mezi 1. a 5. rokem života. Dětská ALL zahrnuje skupinu značně heterogenních onemocnění s odlišným biologickým a klinickým chováním. Akutní lymfoblastické leukémie klasifikujeme pomocí morfologických, imunofenotypových a genetických znaků. Na základě morfologie lymfoblastů určuje tradiční FAB klasifikační systém 3 podtypy ALL: L1 (nejčastější podskupina, 70-80% dětských ALL), L2 a L3. Dle liniově příslušných znaků rozlišujeme ALL B-buněčného a T-buněčného původu. Přibližně 80% všech dětských ALL pochází z nezralých B- buněčných prekurzorů (B-cell precursor; BCPALL)a tyto se dále dělí...
|
|
|
Prokaryotičtí symbionti volně žijících anaerobních protist
Poláková, Kateřina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Anaerobní prvoci jsou organismy obývající ředí bez přítomnosti kyslíku. Najdeme je anoxických habitatech jako jsou mořské a sladkovodní sedimenty, komunální skládky, nesmíme opomenout zástupce žijící v bachoru přežvýkavců, trávicím traktu švábů a dalších živočichů. Většinou mají anaerobní deriváty mitochondrií, často hydrogenosomy, organely produkující vodík. Metabolismus anaerobních prvoků je ve srovnání s aerobními organismy méně efektivní Časté interakce anaerobních ický my však mohou Symbiózy mezi anaerobními běžné a vznikly u zástupců mnoha anaerobních linií. žít buď endosymbioticky, uvnitř buňky hostitele, nebo ektosymbioticky, na povrchu hostitelské buňky. Dvě ekologicky významné skupiny prokaryot si dokázaly osvojit život symbiotickém vztahu volně žijícími anaerobními prvoky anogenní archebakterie, osídlující hlavně , využívají vodík nické sloučeniny k anu a síran redukující bakterie, žijící hlavně na povrchu buněk, využívají vodík a různé organické sloučeniny k redukci síranu na sulfan. Velmi málo se ví o bližším charakteru těchto vztahů druhové identitě a hostitelské specifitě prokaryotických symbiontů. Další výzkum je nutný pro pochopení fenoménu symbióz v anoxickém světě. Klíčová slova: anaerobní prvoci symbióza anogenní archebakterie síran redukující bakterie
|
|
|
Studium regulačních vlastností onkogenních mikroRNA za normálních a patologicky změněných podmínek s cílem využít znalosti k odhalení nových tumorů.
Dusílková, Nina Borisovna ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Rohoň, Peter (oponent)
Onkogenní mikroRNA (miRNA) jsou malé molekuly RNA, které inhibují posttranslační regulační mechanismy na epigenetické úrovni. miRNA jsou často deregulovány u malignit a díky své stabilitě jsou detekovatelné v nebuněčných frakcích periferní krve. V naší laboratoři jsme provedli několik studií, které zkoumaly a využívaly miRNA jako biomarkery pro různé hematologické nádory (např. chronická lymfocytární leukémie, Hodgkinův lymfom) a solidní nádory (např. karcinom prsu). Cílem těchto studií bylo zjistit souvislost miRNA s patofyziologickými a klinickými aspekty jednotlivých onemocnění. Zde jsme potvrdili význam konkrétních miRNA nebo jejích komplexů při sledování onemocnění. Kombinací klinických, molekulárně biologických a statistických analýz se nám podařilo najít soubory miRNA, které nad očekávání plnily nejen diagnostickou, ale i prognostickou roli. Tato práce se zaměřuje na výzkum mikroRNA v diagnostice hematologické malignity - primárního kožního T-buněčného lymfomu (CTCL). V tomto onemocnění byla prokázána nádorová specifita některých miRNA. Jejich aberantní exprese ve vzorcích tkání pacientů s CTCL získaných z kožních biopsií správně odlišila maligní onemocnění od kontrolních vzorků nezhoubných kožních lézí. Zde jsme si položili otázku, zda by tyto miRNA mohly být použity jako plazmatické...
|
|
|
Identification and Characterization of Genetic Aberrations in Acute Childhood Leukemia
Lukeš, Julius ; Kubričanová Žaliová, Markéta (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Dětské akutní leukémie jsou geneticky komplexní poruchy hematopoézy. U většiny pacientů se vyskytují rekurentní či náhodné aberace, jejichž pečlivá funkční charakterizace je zásadní pro pochopení role, kterou hrají v procesu leukemogeneze. Naším cílem byla identifikace a charakterizace genetického pozadí dvou leukemických entit. Transientní myeloproliferativní porucha (TMD) je preleukémie, která postihuje 10% novorozenců s Downovým syndromem. Trisomie 21 chromozomu a in-utero získané mutace v genu GATA1 jsou kauzální pro vznik TMD a společně představují ideální "více-zásahový" model leukemogeneze. Zaměřili jsme se na zkoumání alternativního mechanismu vzniku TMD bez účasti trisomie 21. U jedinečného případu TMD jsme jako potenciálně spouštěcí aberace popsali nové delece v genech GATA1 a JAK1. Delece D65_C228 v GATA1 způsobuje tvorbu poškozené izoformy, u níž se předpokládá ztráta transaktivační schopnosti a rovněž částečná ztráta vazby ke specifickým vazebným místům v DNA, což může stačit ke spuštění TMD. Námi provedená podrobná charakterizace delece F636 v JAK1 zpochybňuje význam této aberace pro patogenezi TMD. Analýza signalizace JAK/STAT odhalila pokles kinázové aktivity po ztrátě F636. Růst buněk Ba/F3, které vytvářejí poškozený JAK1, je závislý na cytokinech, podobně jako je tomu u buněk...
|
host ::
RSS.