|
|
Současné genomické a cytogenomické metody v analýze chromozómových přestaveb
Buryšová, Sára ; Sember, Alexandr (vedoucí práce) ; Mandáková, Terezie (oponent)
Chromozómové přestavby jsou jedním z hlavních mechanizmů evoluce eukaryotických genomů a mohou významně přispět k reprodukční izolaci a diverzifikaci, včetně evoluce komplexních znaků přispívajících např. k lokální adaptaci. Jsou to strukturní změny vedoucí ke změně morfologie a/nebo počtu chromozómů, které mohou mít přímý vliv na evoluci a expresní profily genů, četnost a distribuci rekombinace v genomu a funkční dynamiku procesů v interfázním jádře. Mohou být ovšem také podstatou (nebo doprovodným jevem) vrozených vad a nádorového bujení. Studium chromozómových přestaveb a mechanizmů jejich vzniku souvisí s identifikací a charakterizací oblastí, kde došlo ke dvouvláknovému zlomu a opětovnému spojení částí chromozómů. Jednou z možností je analyzovat chromozómy a mezidruhové změny v uspořádání vazebných skupin/syntenních bloků pomocí cytogenetických a cytogenomických metod (např. mezidruhovým mapováním celochromozómových hybridizačních sond). Detailnější vhled přináší srovnávací genomika, v dnešní době zastoupená především tzv. metodami třetí generace (platformy firem PacBio a Oxford Nanopore Sequencing), často v kombinaci s dalšími pokročilými metodami jako jsou Hi-C nebo optické mapování. Cílem této bakalářké práce je shrnout současné přístupy v analýze chromozómových přestaveb (včetně...
|
|
|
Chromosomal collinearity and karyotype evolution in crucifers (Brassicaceae)
Mandáková, Terezie
Čeleď brukvovitých (Brassicaceae, Crucifereae) patří k největším rostlinným čeledím; zahrnuje 49 tribů, 321 rodů a 3660 druhů. Zájem vědců o tuto čeleď vzrostl především díky ustanovení huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana) modelovým druhem a sekvenování jeho genomu, které odstartovalo mimo jiné bouřlivý rozvoj srovnávací fylogenomiky a cytogenomiky, včetně úspěšného zavedení metody malování chromosomů (chromosome painting, CP) huseníčku a jejího rozšíření na další zástupce čeledi brukvovitých (srovnávací malování chromosomů, comparative chromosome painting, CCP). Metoda CCP umožňuje studium chromosomové kolinearity, rozpoznání přestaveb a rekonstrukci struktury karyotypů. Brukvovité jsou jedinou rostlinnou čeledí, u níž je v tomto rozsahu metoda CCP použitelná. Srovnávací cytogenetické mapy brukvovitých rostlin tak představují unikátní typ dat o evoluci rostlinných karyotypů a genomů. Předkládaná disertační práce se věnuje evoluci karyotypu v čeledi brukvovitých studované pomocí metody srovnávacího malování chromosomů. Úvod disertační práce je rozdělen na čtyři části. První kapitola představuje chromosomy, karyotypy, jejich variabilitu a evoluci ovlivněnou chromosomovými přestavbami a polyploidií. Druhá metodická část pojednává o principech malování chromosomů. Stěžejní třetí kapitola...
|
|
| |
|
|
Chromosomal collinearity and karyotype evolution in crucifers (Brassicaceae)
Mandáková, Terezie
Čeleď brukvovitých (Brassicaceae, Crucifereae) patří k největším rostlinným čeledím; zahrnuje 49 tribů, 321 rodů a 3660 druhů. Zájem vědců o tuto čeleď vzrostl především díky ustanovení huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana) modelovým druhem a sekvenování jeho genomu, které odstartovalo mimo jiné bouřlivý rozvoj srovnávací fylogenomiky a cytogenomiky, včetně úspěšného zavedení metody malování chromosomů (chromosome painting, CP) huseníčku a jejího rozšíření na další zástupce čeledi brukvovitých (srovnávací malování chromosomů, comparative chromosome painting, CCP). Metoda CCP umožňuje studium chromosomové kolinearity, rozpoznání přestaveb a rekonstrukci struktury karyotypů. Brukvovité jsou jedinou rostlinnou čeledí, u níž je v tomto rozsahu metoda CCP použitelná. Srovnávací cytogenetické mapy brukvovitých rostlin tak představují unikátní typ dat o evoluci rostlinných karyotypů a genomů. Předkládaná disertační práce se věnuje evoluci karyotypu v čeledi brukvovitých studované pomocí metody srovnávacího malování chromosomů. Úvod disertační práce je rozdělen na čtyři části. První kapitola představuje chromosomy, karyotypy, jejich variabilitu a evoluci ovlivněnou chromosomovými přestavbami a polyploidií. Druhá metodická část pojednává o principech malování chromosomů. Stěžejní třetí kapitola...
|
host ::
RSS.