Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 12 záznamů.  1 - 10další  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Molekulové simulace nukleace ledu
Pluhařová, Eva ; Jungwirth, Pavel (vedoucí práce) ; Kolafa, Jiří (oponent)
Název práce: Molekulové simulace nukleace ledu Autor: Eva Pluhařová Katedra: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie PřF UK Vedoucí diplomové práce: doc. Mgr. Pavel Jungwirth, DSc., ÚOCHB AV ČR, v.v.i. e-mail vedoucího: pavel.jungwirth@uochb.cas.cz Abstrakt: Pomocí simulací molekulové dynamiky jsme systematicky studovali homogenní nukleaci ledu v čisté vodě a dále vliv přítomnosti povrchově aktivních látek na tento děj. Jako modely surfaktantů byly použity kyselina pentanová a pentanol. Čistá voda začíná mrznout převážně v podpovrchové vrstvě, která se přizpůsobí zvětšení objemu během tvorby ledu lépe než molekuly v objemu kapaliny. Alkohol ovlivňuje homogenní nukleaci více než kyselina. Voda pokrytá neuspořádanou vrstvou pentanolu vykazuje zanedbatelnou preferenci pro podpovrchovou nukleaci a delší nukleační čas ve srovnání s čistou vodou, zatímco přítomnost kyseliny pentanové nesnižuje výrazně podpovrchovou preferenci pro začátek mrznutí ani nemění nukleační čas. Rozdíly mezi vlivem různých funkčních skupin jsme se pokusili vysvětlit na základě jejich schopnosti orientovat molekuly vody a měnit jejich pohyblivost. Skutečnost, že různé surfaktanty mají na homogenní nukleaci ledu různý vliv, je významná z hlediska tvorby mraků ve vyšších vrstvách atmosféry, do níž se během spalování biomasy uvolňuje...
On a molecular theory of water
Jirsák, Jan ; Nezbeda, Ivo (vedoucí práce) ; Hrubý, Jan (oponent) ; Kolafa, Jiří (oponent) ; Jungwirth, Pavel (oponent)
Souhrn Voda je nejdůleŽitějšíkapalirrou na Zelni, ale pŤes nesmírnéúsilíjsrne jíještě zcela neporozumě]i. U vody byla potvrzena Ťad'a termodynamických anomá]ií (napŤ. maximum hustoty pŤi 4.C) a jejich výskyt byl intuitivně dán do sou- vislosti se si]nou mezimolekulární asociativní siiou, tj. vodíkovou vazbou' }íicméně,dosud neb5,la zformuIována rigorózní mo]ekuiární teorie. Předkláclaná práce se snažínavrhnout a aplikovat rigorózní statisticko- -mechanický přístrrp k vodě' Tento přístup je za|oŽen na nedávných po- znatcích, žestruktura asociativních tekutin je určena předevšímkrr{tkoáo- sa}rovýnri silanri (jak odpudivýrni, tak přitažlivýrni). Tato skutečnostnám umoŽňuje aplikovat poruchovou teorii a pouŽít krátkodosahový model jako referenci. Vlastnosti krátkodosahového referenčníhomodelu jsou potéodhad- nuty pomocí jednoduchého, tzv. primitivního, modelu. Primitivní modely se analyticky konstruují tak, aby reprod.ukovaly struktury krátkodosahového referenčníhomode]u a přítom zachovaly jednoduchost interakcí dostatečnou k teoretickému popisu' Příspěvek primitivního modelu vyjádřený Werthei- movotl TPT2 je použit jako referenčníčlenv poruchovém rozvoji. Stavová r.ovnice se potonr doplní o disperzní a dipól-clipólový korekčníčlen' Hlavní výsledky práce jsou následující: (i) Je vyietŤováno chování jedno- duché...
Modelování interakcí bílkovin s ionty a membránami
Kadlec, Jan ; Jungwirth, Pavel (vedoucí práce) ; Kolafa, Jiří (oponent)
Protein rekoverin, lokalizovaný ve vnějším segmentu membrán v tyčinkách v oku, je zapojen do adaptace na světlo a tmu. Tento vápníkový senzor podléhá při změně koncentrace vápníku konformační změně a dochází k vysunutí posttranslačně modifikovaného N-konce, myristoylu, ven z jádra proteinu. Následně rekoverin zakotví za pomoci myristoylu do membrány. Vazba rekoverinu na membránu je reverzibilní a závisí na koncentraci vápníku a konformaci rekoverinu. Tato práce se zabývá energetikou tohoto procesu s cílem objasnit, jakou měrou myristoylová modifikace na vazbu rekoverinu na membránu přispívá. Konkrétně se věnuje profilu volné energie zasunutí samotného myristamidu do membrány a elektrostatického příspěvku z vazby nemyristovaného rekoverinu namembránu. Dále se práce zaobírá vzájemným porovnáním těchto výsledků i konfrontací s experimentálními daty. K výpočtům profilů volné energie jsou využity metody molekulové dynamiky a deštníkového vzorkování. Tato práce též přispívá k objasnění procesu zanořování myristamidu do membrány a k pochopení fungování dosud nepopsaného procesu konformační změny rekoverinu a jeho následné vazby na membránu.
Modelování interakcí bílkovin s ionty a membránami
Kadlec, Jan ; Jungwirth, Pavel (vedoucí práce) ; Kolafa, Jiří (oponent)
Protein rekoverin, lokalizovaný ve vnějším segmentu membrán v tyčinkách v oku, je zapojen do adaptace na světlo a tmu. Tento vápníkový senzor podléhá při změně koncentrace vápníku konformační změně a dochází k vysunutí posttranslačně modifikovaného N-konce, myristoylu, ven z jádra proteinu. Následně rekoverin zakotví za pomoci myristoylu do membrány. Vazba rekoverinu na membránu je reverzibilní a závisí na koncentraci vápníku a konformaci rekoverinu. Tato práce se zabývá energetikou tohoto procesu s cílem objasnit, jakou měrou myristoylová modifikace na vazbu rekoverinu na membránu přispívá. Konkrétně se věnuje profilu volné energie zasunutí samotného myristamidu do membrány a elektrostatického příspěvku z vazby nemyristovaného rekoverinu namembránu. Dále se práce zaobírá vzájemným porovnáním těchto výsledků i konfrontací s experimentálními daty. K výpočtům profilů volné energie jsou využity metody molekulové dynamiky a deštníkového vzorkování. Tato práce též přispívá k objasnění procesu zanořování myristamidu do membrány a k pochopení fungování dosud nepopsaného procesu konformační změny rekoverinu a jeho následné vazby na membránu.
On a molecular theory of water
Jirsák, Jan ; Nezbeda, Ivo (vedoucí práce) ; Hrubý, Jan (oponent) ; Kolafa, Jiří (oponent) ; Jungwirth, Pavel (oponent)
Souhrn Voda je nejdůleŽitějšíkapalirrou na Zelni, ale pŤes nesmírnéúsilíjsrne jíještě zcela neporozumě]i. U vody byla potvrzena Ťad'a termodynamických anomá]ií (napŤ. maximum hustoty pŤi 4.C) a jejich výskyt byl intuitivně dán do sou- vislosti se si]nou mezimolekulární asociativní siiou, tj. vodíkovou vazbou' }íicméně,dosud neb5,la zformuIována rigorózní mo]ekuiární teorie. Předkláclaná práce se snažínavrhnout a aplikovat rigorózní statisticko- -mechanický přístrrp k vodě' Tento přístup je za|oŽen na nedávných po- znatcích, žestruktura asociativních tekutin je určena předevšímkrr{tkoáo- sa}rovýnri silanri (jak odpudivýrni, tak přitažlivýrni). Tato skutečnostnám umoŽňuje aplikovat poruchovou teorii a pouŽít krátkodosahový model jako referenci. Vlastnosti krátkodosahového referenčníhomodelu jsou potéodhad- nuty pomocí jednoduchého, tzv. primitivního, modelu. Primitivní modely se analyticky konstruují tak, aby reprod.ukovaly struktury krátkodosahového referenčníhomode]u a přítom zachovaly jednoduchost interakcí dostatečnou k teoretickému popisu' Příspěvek primitivního modelu vyjádřený Werthei- movotl TPT2 je použit jako referenčníčlenv poruchovém rozvoji. Stavová r.ovnice se potonr doplní o disperzní a dipól-clipólový korekčníčlen' Hlavní výsledky práce jsou následující: (i) Je vyietŤováno chování jedno- duché...
Conformational behavior of branched polymers
Wang, Xiu ; Limpouchová, Zuzana (vedoucí práce) ; Cifra, Peter (oponent) ; Kolafa, Jiří (oponent)
Dizertační práce se zabývá studiem konformačního chování větvených polymerů v prostorově omezených prostředích. Konformační chování polymerů v omezeném prostředí závisí nejenom na jejich složení a architektuře, ale také na sterickém omezení a na interakci polymerních segmentů s ohraničující stěnou. Lepší porozumění komplexní souhře entropických a entalpických efektů pomáhá vysvětlit chromatografickou separaci z mikroskopického hlediska. Protože velikost polymerního klubka závisí na jeho architektuře, samotná rozměrově vylučovací chromatografie (SEC) často neumožňuje separaci vzorku obsahujícího polymery různých architektur, dokonce ani v případě homopolymerů. Vzhledem k tomu že interakce polymerů se stěnami pórů závisí silně na jeho architektuře, moderní chromatografické metody často kombinují SEC s interakční chromatografií. Detailní znalost konformačního chování větvených polymerů nabízí možnost využití komplikujících dějů v nových speciálních chromatografických aplikacích. Bylo ukázáno, že souhra entalpických a entropických vlivů v prostorově omezených prostředích je mnohem složitější než v samotném roztoku, protože dochází ke snížení entropie v důsledku prostorového omezení a ke změnám entropie a entalpie v důsledku interakce polymeru s povrchem. V důsledku rozdílné deformovatelnosti lineárních...
Self assembly of polyelectrolytes in aqueous solution (dissipave particle dynamics)
Šindelka, Karel ; Limpouchová, Zuzana (vedoucí práce) ; Kolafa, Jiří (oponent)
Název: Spontánní asociace (dissipative particle dynamics) Autor: Karel Šindelka Ústav: Faculty of science, Charles University in Prague Školitel: Doc. Ing. Zuzana Limpouchová, CSc. Konzultant: Doc. Ing. Martin Lísal, DSc. Abstrakt V diplomové práci je studována spontánní asociace ekvimolární směsi kladně a záporně nabitých symetrických blokových kopolymerů s jedním polyelektroly- tovým blokem (silný polykation nebo silný polyanion) a jedním dobře rozpustným blokem ve vodných roztocích pomocí zhrubeného modelu a disipativní částicové dynamiky (DPD). V první části diplomové práce jsou popsány základy DPD simulací a správnost implementace elektrostatických interakcí do DPD metody je ukázána na příkladu kondenzace protiiontů (Manningovy kondenzace). Ve druhé stěžejní části je studován vliv rozpustnosti obou bloků, jejich nekom- patibility a vzájemné souhry různých sil na elektrostatickou asociaci. Pro srovnání jsou uvedeny také simulace odpovídajících neutrálních systémů. DPD studie ukázala, že jak rozpustnost polyelektrolytového bloku tak nekompatibilita bloků hrají při elektrostatické asociaci důležitou roli. Přítomnost opačných nábojů na různých řetězcích přispívá k agregaci a vede k vyššímu agregačnímu...
Molekulové simulace nukleace ledu
Pluhařová, Eva ; Kolafa, Jiří (oponent) ; Jungwirth, Pavel (vedoucí práce)
Název práce: Molekulové simulace nukleace ledu Autor: Eva Pluhařová Katedra: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie PřF UK Vedoucí diplomové práce: doc. Mgr. Pavel Jungwirth, DSc., ÚOCHB AV ČR, v.v.i. e-mail vedoucího: pavel.jungwirth@uochb.cas.cz Abstrakt: Pomocí simulací molekulové dynamiky jsme systematicky studovali homogenní nukleaci ledu v čisté vodě a dále vliv přítomnosti povrchově aktivních látek na tento děj. Jako modely surfaktantů byly použity kyselina pentanová a pentanol. Čistá voda začíná mrznout převážně v podpovrchové vrstvě, která se přizpůsobí zvětšení objemu během tvorby ledu lépe než molekuly v objemu kapaliny. Alkohol ovlivňuje homogenní nukleaci více než kyselina. Voda pokrytá neuspořádanou vrstvou pentanolu vykazuje zanedbatelnou preferenci pro podpovrchovou nukleaci a delší nukleační čas ve srovnání s čistou vodou, zatímco přítomnost kyseliny pentanové nesnižuje výrazně podpovrchovou preferenci pro začátek mrznutí ani nemění nukleační čas. Rozdíly mezi vlivem různých funkčních skupin jsme se pokusili vysvětlit na základě jejich schopnosti orientovat molekuly vody a měnit jejich pohyblivost. Skutečnost, že různé surfaktanty mají na homogenní nukleaci ledu různý vliv, je významná z hlediska tvorby mraků ve vyšších vrstvách atmosféry, do níž se během spalování biomasy uvolňuje...
Molecular Simulations of Surfaces of Aqueous Solutions
Vácha, Robert ; Jungwirth, Pavel (vedoucí práce) ; Kolafa, Jiří (oponent) ; Barvík, Ivan (oponent)
This thesis consists of 18 papers, in which we investigated the behavior of molecules and ions at aqueous interfaces by means of molecular dynamics (MD) simulations. We started our simulations with the surface of neat water, where we investigated the behavior of hydronium and hydroxide ions, i.e., the products of autolysis of water that are of 10�7M concentration in pure water. The results, ranging from ab initio high level calculations on water clusters and ab initio dynamics on small systems to statistically converged classical molecular dynamics simulations are mutually consistent47,48,50. The observed surface adsorption of hydronium is also consistent with the surface selective spectroscopy experiments (VSFG, SHG, PES)45,51,55{59, surface tension measurements60, and with _-potential measurements of acidic solutions62,63. The spectroscopy and surface tension experiments are also in agreement with the weak surface repulsion/non-accumulation of hydroxide observed in our simulations. However, there are macroscopic measurements, such as higher pH electrophoretic mobility measurements, titration of oil emulsions, and thin _lm stability experiments that indicate a negative charge on air/water and oil/water interfaces 61{71. Even though these experiments do not directly reveal the chemical nature or...

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 12 záznamů.   1 - 10další  přejít na záznam:
Viz též: podobná jména autorů
2 Kolafa, Jan
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.