Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 5 záznamů.  Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
New functionalized nucleic acids for application in chemical biology
Kielkowski, Pavel ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Stiborová, Marie (oponent) ; Moravcová, Jitka (oponent)
5 Abstrakt Tato práce je zaměřena na syntézu modifikovaných 2'-deoxyribonukleosid trifosfátů, jejich inkorporaci do DNA a aplikaci v chemické biologii. Byla vyvinuta syntéza "douhlavých" nukleosidů a nukleosid trifosfátů, které obsahují ethynylový nebo propargylový můstkem mezi dvěmi bázemi. (Cytosin-5-yl)ethynyl, 3-(cytosin-1-yl)prop-1-yn-1-yl a 3-(5- fluorcytosin-1-yl)prop-1-yn-yl substituované pyrimidiny a 7-deazaadeniny 2'- deoxyribonukleosidů a nukleosid trifosfátů byly připraveny palladiem katalyzovanou cross- coupling reakcí ve vodném prostředí. Tyto 2'-deoxyribonukleosid trifosfáty obsahující dvě nukleobáze jsou dobrými substráty pro DNA polymerasy v primer extension reakci a PCR a tudíž vhodné pro přípravu DNA s cytosinem nebo 5-fluorcytosinem ve velkém žlábku, která tak napodobuje nukleobázi vyjmutou ven z DNA dvoušroubovice. Byla také vyzkušena metoda pro testování inhibice DNA methyltransferáz. Dále, bylo vyvinuto přechodné chránění DNA proti štěpení restrikčními endonukleázami (RE) za pomocí (trialkylsilyl)ethynyl modifikované DNA. Bylo dokázáno, že všechny připravené (trialkylsilyl)ethnyl-modifikované 7-deaza-2'-deoxyadenosin trifosfáty se inkorporují do DNA KOD XL polymerásou v primer extension reakci a nebo pomocí PCR. Podmínky potřebné pro odchránění trialkylsilylové chránicí skupiny byly...
Competitive incorporations of modified versus natural nucleotides by DNA polymerases
Kielkowski, Pavel ; Hocek, Michal
A series of 7-substituted 7-deazaadenosine and 5-substituted cytosine triphosphates were tested in competitive incorporations with different DNA polymerases with their natural analogs and analyzed using restriction endonucleases and compared with steady state kinetics of the modified and natural dNTPs. Data sets correlation is up to 99 % and gave us to find modified dATPs with high incorporation ratios.
Polymerase synthesis of base-modified DNA: New methods and new applications
Balintová, Jana ; Daďová, Jitka ; Kielkowski, Pavel ; Ménová, Petra ; Vaníková, Zuzana ; Riedl, Jan ; Raindlová, Veronika ; Fojta, Miroslav ; Hocek, Michal
Diverse base-modified oligonucleotides and double-stranded DNA molecules were prepared by polymerase incorporation of modified nucleoside triphosphates. The methods include primer extension, PCR, nicking enzyme amplification reaction and mixed incorporations. The modified nucleic acids were used in redox and fluorescence labelling and coding, as well as regulation of binding and cross-linking with proteins.
Polymerase synthesis of modified DNA containing cytosine in major groove
Kielkowski, Pavel ; Hocek, Michal
(Cytosine-5-yl)ethynyl derivatives of pyrimidine and 7-deazaadenine 2-deoxyribonucleosides and nucleoside triphosphates (dNTPs) were prepared by aqueous Sonogashira coupling. All modified dNTPs were excellent substrates for DNA polymerases to give DNA bearing acetylene- linked cytosine(s) in the major groove.
Polymerase construction of base-modified DNA for chemical biology
Hocek, Michal ; Macíčková-Cahová, Hana ; Kielkowski, Pavel ; Raindlová, Veronika ; Kalachová, Lubica ; Riedl, Jan ; Balintová, Jana ; Ménová, Petra
An efficient two-step methodology for construction of base-modified DNA was developed based on aqueous-phase cross-coupling reactions of halogenated nucleoside triphosphates (dNTPs) followed by polymerase incorporation. A number of diverse chemical modifications have been successfully incorporated in this way for the use in chemical biology (modulation of cleavage by restriction enzymes, interactions with diverse DNA-binding proteins and bioconjugations).

Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.