|
New functionalized nucleic acids for application in chemical biology
Kielkowski, Pavel ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Stiborová, Marie (oponent) ; Moravcová, Jitka (oponent)
5 Abstrakt Tato práce je zaměřena na syntézu modifikovaných 2'-deoxyribonukleosid trifosfátů, jejich inkorporaci do DNA a aplikaci v chemické biologii. Byla vyvinuta syntéza "douhlavých" nukleosidů a nukleosid trifosfátů, které obsahují ethynylový nebo propargylový můstkem mezi dvěmi bázemi. (Cytosin-5-yl)ethynyl, 3-(cytosin-1-yl)prop-1-yn-1-yl a 3-(5- fluorcytosin-1-yl)prop-1-yn-yl substituované pyrimidiny a 7-deazaadeniny 2'- deoxyribonukleosidů a nukleosid trifosfátů byly připraveny palladiem katalyzovanou cross- coupling reakcí ve vodném prostředí. Tyto 2'-deoxyribonukleosid trifosfáty obsahující dvě nukleobáze jsou dobrými substráty pro DNA polymerasy v primer extension reakci a PCR a tudíž vhodné pro přípravu DNA s cytosinem nebo 5-fluorcytosinem ve velkém žlábku, která tak napodobuje nukleobázi vyjmutou ven z DNA dvoušroubovice. Byla také vyzkušena metoda pro testování inhibice DNA methyltransferáz. Dále, bylo vyvinuto přechodné chránění DNA proti štěpení restrikčními endonukleázami (RE) za pomocí (trialkylsilyl)ethynyl modifikované DNA. Bylo dokázáno, že všechny připravené (trialkylsilyl)ethnyl-modifikované 7-deaza-2'-deoxyadenosin trifosfáty se inkorporují do DNA KOD XL polymerásou v primer extension reakci a nebo pomocí PCR. Podmínky potřebné pro odchránění trialkylsilylové chránicí skupiny byly...
|
| |
|
Polymerase synthesis of base-modified DNA: New methods and new applications
Balintová, Jana ; Daďová, Jitka ; Kielkowski, Pavel ; Ménová, Petra ; Vaníková, Zuzana ; Riedl, Jan ; Raindlová, Veronika ; Fojta, Miroslav ; Hocek, Michal
Diverse base-modified oligonucleotides and double-stranded DNA molecules were prepared by polymerase incorporation of modified nucleoside triphosphates. The methods include primer extension, PCR, nicking enzyme amplification reaction and mixed incorporations. The modified nucleic acids were used in redox and fluorescence labelling and coding, as well as regulation of binding and cross-linking with proteins.
|
| |
| |