|
|
Algoritmy pro detekci anomálií v datech z klinických studií a zdravotnických registrů
Bondarenko, Maxim ; Blaha, Milan (oponent) ; Schwarz, Daniel (vedoucí práce)
Daná diplomová práce se zabývá problematikou detekci anomálií v datech z klinických studií a zdravotnických registrů. Cílem práce je provedení literární rešerše problematiky kvality dat ve zdravotnickém výzkumu a realizace vlastního algoritmu detekce anomálních záznamů založeného na metodách strojového učení v reálných klinických datech z běžících nebo uzavřených klinických studií či registrů. V praktické části je popsán realizovaný algoritmus detekce, který se skládá z několika častí: import datového souboru z informačního systému, předzpracování a transformace importovaných datových záznamů s proměnnými různých datových typů na numerické vektory, využití známých statistických metod pro detekce outlierů a hodnoceni kvality a přesnosti algoritmu. Výsledkem zpracování algoritmu je vektor parametrů obsahujících anomálií, který má usnadnit práci správci dat. Tento algoritmus je navřen pro rozšíření palety funkcí informačního systému (CLADE-IS) o automatické monitorování kvality dat detekcí anomálních záznamů.
|
|
|
Revize elektronické karty diabetika na Klinice diabetologie IKEM
Fialová, Lenka ; Blaha, Milan (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Karta diabetika je elektronický medicínský záznam na Klinice diabetologie Institutu klinické a experimentální medicíny (IKEM). Jedná se o komplexní záznam o pacientovi, obsahující klinická a statistická data. Problémem karty diabetika je její obsáhlost a tedy i zdlouhavost vyplňování lékařskými pracovníky. Kvůli tomu klesá i její využitelnost. V práci je popsána tvorba programového modulu, který vede ke vzniku inovované karty diabetika vnořené do ambulantní zprávy a hlavně k novému uživatelskému rozhraní, pomocí něhož se zadávají do karty data. Dále jsou popsány další postupy mající za úkol podpořit implementaci do systému Zlatokop, nemocničního informačního systému v IKEM. Součástí je i zhodnocení přínosů této karty a přiblížení současného stavu tohoto projektu. Před popisem samotného řešení se práce věnuje ozřejmění základních oblastí týkajících se karty diabetika. Jedná se o obor elektronického zdravotnictví, speciálně potom v oblasti elektronického zdravotního záznamu, dále o oblast databází se zaměřením na Caché, databázi používanou v systému Zlatokop. Práce také podává základní informace o onemocnění diabetes mellitus a o základních principech uživatelského prožitku.
|
|
|
Algoritmy pro detekci anomálií v datech z klinických studií a zdravotnických registrů
Bondarenko, Maxim ; Blaha, Milan (oponent) ; Schwarz, Daniel (vedoucí práce)
Daná diplomová práce se zabývá problematikou detekci anomálií v datech z klinických studií a zdravotnických registrů. Cílem práce je provedení literární rešerše problematiky kvality dat ve zdravotnickém výzkumu a realizace vlastního algoritmu detekce anomálních záznamů založeného na metodách strojového učení v reálných klinických datech z běžících nebo uzavřených klinických studií či registrů. V praktické části je popsán realizovaný algoritmus detekce, který se skládá z několika častí: import datového souboru z informačního systému, předzpracování a transformace importovaných datových záznamů s proměnnými různých datových typů na numerické vektory, využití známých statistických metod pro detekce outlierů a hodnoceni kvality a přesnosti algoritmu. Výsledkem zpracování algoritmu je vektor parametrů obsahujících anomálií, který má usnadnit práci správci dat. Tento algoritmus je navřen pro rozšíření palety funkcí informačního systému (CLADE-IS) o automatické monitorování kvality dat detekcí anomálních záznamů.
|
|
|
Detekce a analýza pohybu očí
Křístek, Jakub ; Blaha, Milan (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá pohyby očí, problematikou jejich snímání a zpracováním vzniklých biosignálů. V teoretické části je popsána anatomie a elektrofyziologie oka, okohybné svaly, jejich pohyby a jsou stručně popsány i jiné metody snímání těchto pohybů, než je použitá elektrookulografie. V druhé části jsou navrženy dva experimenty a provedeno měření na skupině deseti osob. Data z měření jsou uložena a zpracována v programovém prostředí Matlab, statisticky vyhodnocena a výsledky interpretovány.
|
|
|
Analýza cytologických snímků
Pavlík, Jan ; Blaha, Milan (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na automatizaci procesu diferenciálního rozpočtu leukocytů v periferní krvi založeném na zpracování obrazů. Zabývá se návrhem celého procesu zpracování digitálních snímků – od snímání a předzpracování snímků, segmentace jádra a cytoplazmy, výběrem příznaků a klasifikátoru, včetně jeho testování na sadě obrazů, která byla nasnímána také v rámci této práce. V teoretické části práce jsou popsány dostupné segmentační metody a klasifikační postupy. Tato práce se v praktické části zabývá segmentačními procesy, které mají za úkol separovat jádro a cytoplazmu leukocytů. Na základě těchto vyhrazených struktur je provedena jejich statistická analýza. Podle reprezentativních statistických parametrů je vybrán soubor příznaků. Tato data pak vstupují do klasifikačního procesu, realizovaného třemi umělými neuronovými sítěmi. Celkem bylo hodnoceno 5 tříd leukocytů: neutrofilní granulocyty, lymfocyty, monocyty, eozinofilní a bazofilní granulocyty. Senzitivita a specificita klasifikace u 4 z 5 (neutrofilní granulocyty, lymfocyty, monocyty, eozinofilní granulocyty) buněčných populací je vyšší než 90 %. Senzitivita klasifikace bazofilních granulocytů byla vyhodnocena na 75 % a specificita na 67 %. Celková schopnost klasifikace byla otestovaná na 111 buňkách a vykazovala přibližně 91% úspěšnost. Všechny algoritmy jsou realizovány v prostředí MATLAB.
|
|
|
3D vizualiazace a deep learning v mapách Stabilního katastru Čech
BLÁHA, Milan
Bakalářská práce s názvem "3D vizualizace a deep learning v mapách Stabilního katastru Čech" se věnuje několika cílům. Prvním cílem je seznámení se stabilním katastrem a deep learningem. U těchto termínů je představena jejich charakteristika, význam a další náležitosti. Dalším cílem je představení charakteristiky sledovaného území. Zde řeší jeho základní charakteristiku, historický vývoj, fyzickogeografickou stránku, obyvatelstvo, sídla a vybranou obec. Dále představuje pracovní postup při tvorbě praktické části. V praktické části popisuje vyhotovené 2D a 3D vizualizace vybrané části obce Nové Vsi u Klikova, které jsou vytvořené na základě originálních map stabilního katastru z roku 1827. Zmíněné vizualizace jsou vytvořené v programu ArcGIS Pro. Dále v praktické části tato práce poukazuje na možné využití těchto vizualizací, map stabilního katastru a deep learningu v praxi.
|
|
| |
|
|
Využití erytrocytaferézy k léčbě pacientů s hereditární hemochromatózou
Řeháček, Vít ; Bláha, Milan (vedoucí práce) ; Gašová, Zdenka (oponent) ; Penka, Miroslav (oponent)
SOUHRN ÚVOD: Hereditární hemochromatóza (HH), jedno z nejčastějších dědičných onemocnění euroamerické populace, je onemocnění způsobené zvýšenou absorpcí železa ze střeva bez ohledu na výši jeho aktuální zásoby v organismu, nadbytečné železo se ukládá v tkáních a orgánech a je příčinou jejich významného poškození. Léčba HH spočívá v pravidelných odběrech krve, aktivace erytropoézy vede k utilizaci nadbytečného železa a k normalizaci jeho zásob. Standardním způsobem odběru krve jsou venepunkce, alternativní metodou s možností odběru násobného množství erytrocytů při jednom výkonu je erytrocytaferéza. Cílem výzkumu bylo vytvořit soubor nemocných s nově diagnostikovanou HH, aplikovat erytrocytaferézy, ověřit jejich účinnost, optimalizovat a standardizovat léčbu s cílem snížit u pacientů hladinu feritinu v indukční fázi léčby pod 50 μg/l a následně udržovat hladinu feritinu pod 100 μg/l v udržovací fázi. SOUBOR NEMOCNÝCH A METODIKA: Soubor nemocných byl vytvořen ve spolupráci s hepatologickými pracovišti hradeckého regionu, testováním příbuzných pacientů s HH a screeningem dárců krve. Pro erytrocytaferézu byl použit přístroj Haemonetics MCS+ (Haemonetics Corp., Braintree, MA, USA), jehož SW dokáže přizpůsobit odběr erytrocytů na míru každému pacientovi. Odběry v indukční fázi byly prováděny s plánovaným...
|
|
|
Detekce a ex vivo eliminace reziduálních nádorových buněk Ewingova sarkomu perzistujících v autologních štěpech hematopoetických kmenových buněk
Sumerauer, David ; Eckschlager, Tomáš (vedoucí práce) ; Štěrba, Jaroslav (oponent) ; Bláha, Milan (oponent) ; Trněný, Marek (oponent)
Nádory u dětí a adolescentů jsou relativně vzácná onemocnění. Představují méně než 1% nádorů dospělých, standardizovaná incidence se pohybuje v rozmezí 80-140 nemocných na milion dětí (Lewis, I.J., 2003). Uvádí se, že v rozvinutých zemích onemocnění přibližně jedno z 650 dětí mladších 15 let věku zhoubným nádorovým onemocněním. Nejčastějším typem nádorového onemocnění dětského věku jsou leukémie (30%), následují nádory centrálního nervového systému (20%), maligní lymfomy (13%), neuroblastom (8%), nádory ledvin (6%), nádory měkkých tkání (6%), nádory kostí (5%) a další (retinoblastom, germinální nádory, nádory jater atd.). Epiteliální nádory, které jsou nejčastějšími nádory dospělých pacientů, představují pouze 1-2% z nádorů u dětí (Koutecký, J., 2002, Lewis, I.J., 2003). Odlišný histogenetický původ se u dětských nádorů projevuje na jedné straně agresivním růstem a časným metastazováním většiny nádorů, na druhé straně vyšší citlivostí k protinádorové léčbě (Koutecký, J., 2002, Helman, L.J., Malkin, D., 2005). Řada dříve fatálních onemocnění je zařazením moderní multimodální léčby léčitelná a plně vyléčitelná. V současné době se na specializovaných pracovištích dětské hematoonkologie, při použití všech dostupných léčebných modalit, daří vyléčit 60-80% pacientů bez ohledu na typ a rozsah nádorového onemocnění...
|
|
|
Metody molekulární a buněčné biologie ve výuce na středních školách
Blaha, Milan ; Ehler, Edvard (vedoucí práce) ; Pavlasová, Lenka (oponent)
Výuka buněčné a molekulární biologie je omezována finančními a materiálními limity i nedostatkem odborného vzdělání. Tyto problémy mohou být překonány spolupráci školy s vědeckou institucí nebo univerzitou. Vědci vyučují ve vybraných kurzech pořádaných pod záštitou střední školy, případně umožňují žákům vyššího sekundárního vzdělávání stáže na svých pracovištích. Prvním cílem této práce je popsat vlastnosti letní školy, které její účastnici považují za klíčové. Druhým cílem je provést čtyři laboratorní cvičení zaměřená na molekulární biologii v rámci zájmového kroužku vzniklého při gymnáziu. Výsledky kvalitativního šetření provedeného mezi účastníky letní školy ukázaly na význam lidí stejného zájmu. Žákovské hodnocení laboratorních úloh uskutečněných v zájmovém kroužku ukázalo, že tyto úlohy jsou proveditelné a žáky pozitivně přijímány. Práce rovněž poukazuje na význam spolupráce mezi školou a akademickou sférou. Klíčová slova: molekulární biologie, DNA, střední školy, nadaní žáci
|
host ::
RSS.